Projetos de pesquisa e publicações científicas apoiadas pela FAPESP
- Auxílios à Pesquisa
- Auxílios Regulares
- Auxílios Temáticos
- Jovens Pesquisadores (JP)
- Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão (CEPID)
- Auxílios pontuais (curta duração)
- Bolsas
- Programas voltados a Temas Específicos
- Pesquisa em Bioenergia (BIOEN)
- Mudanças Climáticas Globais
- Pesquisa em Biodiversidade (BIOTA)
- Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (SIHESP)
- Tecnologia da Informação no Desenvolvimento da Internet Avançada (TIDIA) (Programa vigente de 2001 a 2012)
- Cooperação Interinstitucional de Apoio à Pesquisa sobre o Cérebro (CINAPCE)
- Rede de Biologia Estrutural em Tópicos Avançados de Ciências da Vida (Smolbnet)
- Genoma (Programa vigente de 1997 a 2008)
- Rede de Diversidade Genética de Vírus (VGDN) (Programa vigente de 2000 a 2005)
- Programas de Pesquisa direcionados à Aplicação (Empresas e Governo)
- Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE)
- Pesquisa em Empresas de Pequeno Porte
- Consórcios Setoriais para Inovação Tecnológica (CONSITEC)
- Políticas Públicas
- Sistema Paulista de Parques Tecnológicos
- Pesquisa em Centros de Ciências do Estado de São Paulo
- Apoio à Propriedade Intelectual (PAPI/NUPLITEC)
- Programas de Percepção Pública da Ciência
- Programas de Infraestrutura de Pesquisa