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IX curso de verão em bioinformática: decodificando o DNA não-codificador

Processo: 12/22644-4
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Organização de Reunião Científica
Vigência: 28 de janeiro de 2013 - 08 de fevereiro de 2013
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Humana e Médica
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Houtan Noushmehr
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Assunto(s):Genomas  Biologia computacional 

Resumo

Este curso de verão é oferecido anualmente e atualmente está em sua 9 ª edição, em sua concepção tem promovido o estudo e discussão em torno de um tema multidisciplinar biológico (ênfase no genoma). O tema do curso neste ano está relacionado com a análise em larga-escala do transcriptoma genômico utilizando dados de "next-generation sequencing (NGS)", que permite obter informação sobre o genoma inteiro, relacionado tanto as suas regiões codificadoras quanto as não-codificadoras, permitindo assim conhecer melhor os mecanismos envolvidos na regulação gênica. A ênfase do curso desse ano será papel das regiões não-codificadoras ativas especificamente em câncer. O curso dará oportunidade para os estudantes discutirem e desenvolverem estratégias computacionais e investigação experimental. Além disso, oferecerá fundamentes para os estudantes trabalharem com ferramentas e recursos de bioinformática para analisar dados de NGS (RNAseq, ChIPseq, Whole-genome-Seq, etc.). A estratégia didática para atingir tais objetivos é a formação de grupos de aproximadamente 5 alunos de diferentes áreas de formação, os quais irão realizar atividades práticas em cima de uma questão biológica relevante relacionada ao tema do curso, possibilitando assim, a aplicação do conhecimento obtido durante as aulas teóricas. Objetivos específicos:. Aplicar os conhecimentos adquiridos ao longo das aulas teóricas em atividades práticas, após discussão em grupo da melhor estratégia a ser adotada, incluindo: 1. Implementação dos métodos computacionais; 1.1 Obtenção de dados de sequenciadores de nova geração que estejam disponíveis; 1.2 Pré-processamento dos dados; 1.3 Alinhamento das sequências contra o genoma referência; 1.4 Estabelecer critérios de inclusão e exclusão de acordo com o resultado do alinhamento; 1.5 Estabelecer critérios para caracterização de transcriptoma; 1.6 Anotação funcional dos genes afetados; 2. Avaliação dos resultados obtidos e pesquisa bibliográfica na literatura. (AU)