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Alterações na metilação do DNA e acessibilidade da cromatina associadas a gliomas com fenótipo metilador de ilhas CpG (G-CIMP) alto e baixo

Processo: 16/12329-5
Linha de fomento:Bolsas no Exterior - Estágio de Pesquisa - Doutorado Direto
Vigência (Início): 01 de outubro de 2016
Vigência (Término): 30 de setembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Medicina
Pesquisador responsável:Houtan Noushmehr
Beneficiário:Thaís Sarraf Sabedot
Supervisor no Exterior: Laila M. Poisson
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Local de pesquisa : Henry Ford Health System, Estados Unidos  
Vinculado à bolsa:16/06488-3 - Análise integrativa do epigenoma de gliomas com fenótipo metilador de ilhas CpG (G-CIMP) alto e baixo: caracterização e desenvolvimento, BP.DD
Assunto(s):Biologia computacional   Epigênese genética   Metilação de DNA   Glioma

Resumo

Gliomas malignos são tumores cerebrais altamente heterogêneos caracterizados por padrões variáveis de progressão e recorrência. A Organização Mundial da Saúde estabeleceu fatores histológicos e moleculares para a classificação de gliomas em 2016, sendo a mutação nos genes IDH o biomarcador mais preditivo. Até então, esta alteração estava associada a um bom prognóstico e altas taxas de metilação do DNA em ilhas CpG (G-CIMP). Entretanto, um estudo recente demonstrou uma nova classificação para tumores G-CIMP: G-CIMP baixo, com níveis menores de metilação do DNA associados com uma sobrevivência significativamente pior e anormalidade em genes da via do ciclo celular, e G-CIMP alto, com níveis mais elevados de metilação do DNA e melhor evolução clínica. Além disso, existem evidências que demonstram uma potencial progressão de G-CIMP alto para G-CIMP baixo. O objetivo deste projeto é estudar o mecanismo de progressão através de amostras de G-CIMP obtidas a partir do sequenciamento completo do genoma por bissulfito (WGBS) para avaliar mudanças na metilação do DNA que podem levar a alterações na acessibilidade da cromatina, causando uma desregulamentação de genes codificadores de proteína. Este trabalho exigirá a geração de novos dados e integração com dados publicamente disponíveis, a fim de conseguir uma melhor compreensão do perfil epigenético de amostras de G-CIMP baixo e G-CIMP alto. (AU)

Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
MALTA, TATHIANE M.; DE SOUZA, CAMILA F.; SABEDOT, THAIS S.; SILVA, TIAGO C.; MOSELLA, MARITZA S.; KALKANIS, STEVEN N.; SNYDER, JAMES; CASTRO, ANA VALERIA B.; NOUSHMEHR, HOUTAN. Glioma CpG island methylator phenotype (G-CIMP): biological and clinical implications. NEURO-ONCOLOGY, v. 20, n. 5, p. 608-620, MAY 2018. Citações Web of Science: 1.
DE SOUZA, CAMILA FERREIRA; SABEDOT, THAIS S.; MALTA, TATHIANE M.; STETSON, LINDSAY; MOROZOVA, OLENA; SOKOLOV, ARTEM; LAIRD, PETER W.; WIZNEROWICZ, MACIEJ; IAVARONE, ANTONIO; SNYDER, JAMES; DECARVALHO, ANA; SANBORN, ZACHARY; MCDONALD, KERRIE L.; FRIEDMAN, WILLIAM A.; TIRAPELLI, DANIELA; POISSON, LAILA; MIKKELSEN, TOM; CARLOTTI, JR., CARLOS G.; KALKANIS, STEVEN; ZENKLUSEN, JEAN; SALAMA, SOFIE R.; BARNHOLTZ-SLOAN, JILL S.; NOUSHMEHR, HOUTAN. A Distinct DNA Methylation Shift in a Subset of Glioma CpG Island Methylator Phenotypes during Tumor Recurrence. CELL REPORTS, v. 23, n. 2, p. 637-651, APR 10 2018. Citações Web of Science: 0.
MALTA, TATHIANE M.; SOKOLOV, ARTEM; GENTLES, ANDREW J.; BURZYKOWSKI, TOMASZ; POISSON, LAILA; WEINSTEIN, JOHN N.; KAMINSKA, BOZENA; HUELSKEN, JOERG; OMBERG, LARSSON; GEVAERT, OLIVIER; COLAPRICO, ANTONIO; CZERWINSKA, PATRYCJA; MAZUREK, SYLWIA; MISHRA, LOPA; HEYN, HOLGER; KRASNITZ, ALEX; GODWIN, ANDREW K.; LAZAR, ALEXANDER J.; STUART, JOSHUA M.; HOADLEY, KATHERINE A.; LAIRD, PETER W.; NOUSHMEHR, HOUTAN; WIZNEROWICZ, MACIEJ; NETWORK, CANCER GENOME ATLAS RES. Machine Learning Identifies Stemness Features Associated with Oncogenic Dedifferentiation. Cell, v. 173, n. 2, p. 338+, APR 5 2018. Citações Web of Science: 2.

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