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Desenvolvimento de um código computacional para a análise de moléculas quirais através do dicroísmo circular vibracional

Processo:16/07787-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência (Início): 01 de outubro de 2016
Situação:Interrompido
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química - Físico-química
Pesquisador responsável:Sergio Emanuel Galembeck
Beneficiário:
Instituição-sede: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50265-3 - Metabolismo e distribuição de xenobióticos naturais e sintéticos: da compreensão dos processos reacionais a geração de imagens teciduais, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Química teóricaSimulação por computadorTeoria do funcional da densidadeDicroísmo circular vibracional
Resumo
Este projeto tem como foco o desenvolvimento de um código computacional para a análise da conformação, e configuração de sistemas moleculares quirais em solução, utilizando dicroísmo circular vibracional (VCD). O programa será utilizado como instrumento para melhorar a aplicabilidade do VCD em um contexto industrial. Para isto, utilizaremos novos métodos computacionais baseados numa metodologia DFT de sub-sistemas. Com um consequente aumento da velocidade destes cálculos, ampliaremos as possibilidades de estudo para sistemas com números maiores de átomos. Também desenvolveremos uma interface gráfica que facilitará uma rápida e objetiva interpretação de espectros VCD. Em trabalhos experimentais, várias metodologias, como a ressonância aumentada VCD, têm sido reportadas de forma a ampliar a intensidade do sinal VCD, sendo este um requerimento para reduzir o tempo de medida e assim possibilitar o monitoramento de processos químicos. No presente estudo, utilizaremos estes métodos de forma a criar instrumentos de valor prático através da implementação de expressões apropriadas em um código computacional. Descrições teóricas atuais ainda negligenciam detalhes vibracionais. Aqui, nós usaremos teoria de resposta para um diferente e mais completo método de descrever VCD, levando em conta estas estruturas vibracionais. (AU)

Ecologia bêntica da Baía do Araçá: análise da fauna associada ao sedimento e da relação ambiente biodiversidade

Processo:16/10810-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência: 01 de setembro de 2016 - 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Antonia Cecília Zacagnini Amaral
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50317-5 - Biodiversidade e funcionamento de um ecossistema costeiro subtropical: subsídios para gestão integrada, AP.BTA.TEM
Assunto(s):BiodiversidadeEcologia marinhaMacrobentosEcologia de comunidades
Resumo
A Baía do Araçá (São Sebastião, São Paulo, Brasil) é um dos ecossistemas costeiros de maior diversidade biológica da costa de brasileira. Entretanto, essa área sofre recorrentes impactos antrópicos e estudos integrados são necessários para a sua conservação. A análise de comunidades bentônicas de sedimentos marinhos tem se tornado uma importante ferramenta para a avaliação e monitoramento da qualidade ambiental. Nesse contexto, o objetivo desse projeto é caracterizar as comunidades biológicas associadas ao sedimento da Baía do Araçá, investigando como elas são estruturadas e suas relações com diferentes fatores, incluindo processos hidrodinâmicos, contaminantes, controle geomorfológico e variáveis espaciais e bióticas. (AU)

Delimitação dos serviços e funções ecossistêmicas da Baía do Araçá

Processo:16/09566-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência: 01 de junho de 2016 - 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Oceanografia - Oceanografia Biológica
Pesquisador responsável:Alexander Turra
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto Oceanográfico (IO). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50317-5 - Biodiversidade e funcionamento de um ecossistema costeiro subtropical: subsídios para gestão integrada, AP.BTA.TEM
Assunto(s):EcossistemasHidrodinâmicaManguezaisEcologia de ecossistemasEcologia de interaçõesEconomia ecológicaConectividade (ecologia)
Resumo
A Baía do Araçá, situada em São Sebastião/SP, possui ecossistemas representativos da região sudeste da costa brasileira em termos de costões rochosos, manguezais e praias arenosas. Sabemos que estes ambientes têm influência econômica regional e são responsáveis pelo fornecimento de diversos serviços ecossistêmicos, definidos como as funções providas pelo meio e que têm potencial de beneficiar populações humanas de maneira direta ou indireta. Dentre eles, os que identificam, dentro da estrutura de pensamento do Millenium Ecosystem Assesment, os serviços e as funções que os ecossistemas provêm são notadamente importantes para compreender a relação entre estes aspectos e o bem-estar humano local e regional. Porém, alguns serviços ecossistêmicos, como por exemplo, a conectividade entre manguezais, são pouco avaliados historicamente, de maneira que é necessária a realização de estudos sistematizados. Assim, este projeto possui as seguintes perguntas norteadoras: Quais são os serviços e funções ecossistêmicas da Baía do Araçá? Quais os principais fatores da relação entre os sistemas ecológicos e econômicos nesta região? Com o objetivo de respondê-las serão analisados dados de produtividade primária, da hidrodinâmica local, da qualidade da água, das interações tróficas e, por meio de questionários semiestruturados, será investigada a percepção das comunidades tradicionais acerca da conectividade entre o manguezal da Baía do Araçá e outros manguezais. Este projeto pretende dar subsídios para o estabelecimento da relação entre função, serviço ecossistêmico e valor econômico. (AU)

Biodiversidade e funcionamento de um ecossistema costeiro Subtropcal: subsídios para gestão integrada

Processo:16/09087-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de junho de 2016 - 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Antonia Cecília Zacagnini Amaral
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50317-5 - Biodiversidade e funcionamento de um ecossistema costeiro subtropical: subsídios para gestão integrada, AP.BTA.TEM
Resumo
A região costeira vem sofrendo pressões de diferentes origens, tipos e magnitudes quecomprometem serviços ambientais e levam a perda de qualidade de vida da população quedepende direta ou indiretamente de seus recursos. O gerenciamento costeiro tem como metaintegrar interesses econômicos, sociais e ambientais e buscar a sustentabilidade desta região.Entretanto, a tomada de decisão recai sobre a necessidade de um entendimento amplo e aomesmo tempo profundo do sistema a ser manejado, como preconiza a Agenda 21, integraçãode conhecimento inexistente na costa brasileira. Neste sentido este projeto tem como objetivorealizar uma pesquisa efetivamente integrada e orientada por esta demanda para entendercomo uma região costeira funciona em termos sistêmicos, considerando processos físicos,biológicos e sociais, como circulação, transporte de sedimentos, interações tróficas, fluxos dematéria e energia, produção e dinâmica pesqueira, entre outros temas. Adicionalmente, esteestudo irá caracterizar os serviços ambientais prestados por este ambiente, incluindo oseconômicos e não econômicos bem como os diretos e indiretos, com destaque para aquelesderivados da biodiversidade marinha, e avaliar a importância socioeconômica da região. Porfim, pretende elaborar, participativamente, propostas de ação visando a sustentabilidade daregião. Como estratégia de execução este projeto considerará a baía do Araçá como modelo deestudo que poderá ser transposto para outras regiões. A obtenção e a análise desses dados deforma simultânea, por tipo de habitat, permitirá investigar essa região sob uma óticaintegrada, ou seja, as questões relacionadas com o estado atual da área e sua importânciaecológica, social, econômica e política, permitindo um diálogo entre ciência e tomadores dedecisão. A complexidade do tema demanda, portanto, que o projeto seja estruturado emmódulos de estudo: 1- Sistema Planctônico; 2- Sistema Nectônico; 3- Sistema Bentônico; 4-Sistema Manguezal; 5- Hidrodinâmica; 6- Dinâmica Sedimentar; 7- Interações Tróficas; 8-Diagnóstico Pesqueiro; 9- Identificação e Valoração dos Serviços Ecossistêmicos; 10- GestãoIntegrada; e 11- Modelagem Ecológica. Esta proposta constitui-se ainda em uma iniciativa deintegração de diferentes áreas do conhecimento, pesquisadores e instituições de ensino epesquisa, estratégica para formação de recursos humanos, produção de conhecimento eampliação da competência do Estado de São Paulo para estudos em biodiversidade,conservação e gestão marinha (AU)

Determinação de macronutrientes foliares (N,P,K,Ca e mg) em espécies não arbóreas do cerrado sensu stricto

Processo:16/09445-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de junho de 2016 - 31 de dezembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Botânica - Fisiologia Vegetal
Pesquisador responsável:Davi Rodrigo Rossatto
Beneficiário:
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/18049-6 - Diversidade de estratégias ecofisiológicas em comunidades herbáceas de cerrado sensu stricto: um estudo de caso envolvendo distintas condições ambientais, AP.BTA.JP
Assunto(s):NitrogênioEcofisiologia vegetalCerradoFósforo
Resumo
A presente proposta foca na determinação de nutrientes foliares em espécies não arbóreas do cerrado na Estação Ecológica de Assis (Assis - SP) e Reserva Ecológica do IBGE (Brasília - DF) A bolsista irá se dedicar ao preparo de amostras em laboratório para determinação de nutrientes foliares (N, P, K, Ca e Mg) utilizando técnicas tradicionais. Esses dados serão utilizados para compreender estratégias nutricionais foliares de plantas não arbóreas do cerrado típico. (AU)

Levantamento de Gastrotricha no Litoral de São Paulo e filogenia de Macrodasyidae Remane, 1927 por meio de evidência total

Processo:16/06135-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de maio de 2016 - 28 de fevereiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
Pesquisador responsável:André Rinaldo Senna Garraffoni
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/23856-0 - Reconstrução filogenética de Gastrotricha baseada em dados moleculares e morfológicos, AP.BTA.JP
Assunto(s):FilogeniaMeiofauna
Resumo
A presente proposta constitui parte do estudo da biodiversidade de Gastrotricha marinho e de água do no Brasil, e tem como principais finalidades à identificação das espécies deste táxon encontradas no litoral de São Paulo, por meio do estudo da anatomia interna e externa e formulação de uma hipótese filogenética mais consistente para uma das famílias de gastrótricos marinhos mais abundantes do litoral de São Paulo. Ainda com relação ao estudo taxonômico, além de ampliar o conhecimento sobre esse grupo, sobretudo no que se refere às distribuições geográficas, será o passo inicial para estudos filogenéticos e ecológicos posteriores. Serão realizadas coletas em Ubatuba, Caraguatatuba, São Sebastião e Santos. O estudo da morfologia utilizará técnicas de microscopia óptica, microscopia eletrônica de varredura (MEV), transmissão (MET) e laser confocal. Para a reconstrução filogenética serão utilizados dados morfológicos e moleculares, sendo a última análise realizada através do uso de protocolos padrões de extração e amplificação de genes de nucleares e mitocondriais. Os exemplares encontrados serão depositados no Museu de Zoologia da UNICAMP. (AU)

Composição e abundância de larvas de lepidópteros associadas à Piper spp. (Piperales: Piperaceae) na Mata de Santa Genebra, SP

Processo:16/01380-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência: 01 de abril de 2016 - 31 de dezembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia
Pesquisador responsável:André Victor Lucci Freitas
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50316-7 - Dimensões US-BIOTA São Paulo: diversidade de interações multi-troficas quimicamente mediadas em gradientes nos trópicos, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Animais herbívorosLepidopteraPiperLagartas
Resumo
Insetos herbívoros e suas plantas hospedeiras correspondem, juntos, a mais da metade de toda a riqueza de espécies conhecida. As interações entre estes é complexa e fundamental na manutenção de diversos processos ecológicos e evolutivos em comunidades naturais. Entre os insetos que apresentam hábito fitófago, os estágios imaturos de Lepidopteros (lagartas) são frequentes e, muitas vezes dominantes, em comunidades de insetos herbívoros. No entanto, a falta de dados empíricos, especialmente no que se refere à estrutura de comunidades de insetos herbívoros, tem impossibilitado a compreensão e o estabelecimento de padrões gerais de especificidade e riqueza. Assim, este projeto apresenta como principais objetivos verificar a composição e abundância de lagartas, e caracterizar quantitativamente a herbivoria, em duas espécies do gênero Piper (Piperales: Piperaceae), o qual é considerado como um modelo para estudos fitoquímicos, ecológicos e evolutivos. O trabalho será desenvolvido na "ARIE Mata de Santa Genebra" (Campinas, SP). Serão amostrados, arbitrariamente, 30 indivíduos de P. amalago e 30 indivíduos de P sp. 2. Destes, 15 para cada espécie serão utilizados para a coleta de dados de composição e abundância de larvas de Lepidoptera, e 15 serão utilizados para a quantificação da herbivoria foliar através de estimativas visuais. De modo geral e com base em outros estudos similares, espera-se como resultado a ocorrência de uma ou poucas espécies dominantes de lagartas, as quais correspondem a mais de 30% do total de indivíduos inventariados, e são encontradas durante a maior parte do ano. (AU)

Matrizes com informação macroecológica e ferramentas de análises para inferir a evolução de nicho em Staurozoa (Cnidaria)

Processo:16/04203-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de abril de 2016 - 31 de agosto de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Biologia Geral
Pesquisador responsável:Antonio Carlos Marques
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50242-5 - Dimensões da vida marinha: padrões e processos de diversificação em cnidários planctônicos e bentônicos, AP.BTA.TEM
Assunto(s):NichoEvolução animalCoelenterata
Resumo
Esta proposta tem por objetivo a capacitação técnica em métodos de elaboração de matrizes de dados de variáveis macroecológicas a partir de bases de dados on-line e registros da literatura, para posterior análise evolutiva. O técnico compilará registros de variáveis bióticas, climáticas e geofísicas de espécies da classe Staurozoa e, posteriormente, realizará análises evolutivas. As atividades permitirão a familiarização com processos de busca da informação e preparação das matrizes de dados. Nossa expectativa é recolher a informação de pelo menos 4 variáveis macroecológicas e inferira dinâmica evolutiva do nicho da classe Staurozoa. Essas informações e estudos são fundamentais para proposição de hipóteses de diversificação do grupo, objetivos estes inseridos no projeto temático "Dimensões da vida marinha: padrões e processos de diversificação em cnidários planctônicos e bentônicos" (FAPESP 2011/50242-5). (AU)

Filogeografia comparada, filogenia, modelagem paleoclimática e taxonomia de répteis e anfíbios neotropicais

Processo:15/26746-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de março de 2016 - 30 de setembro de 2016
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
Pesquisador responsável:Miguel Trefaut Urbano Rodrigues
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biociências (IB). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50146-6 - Filogeografia comparada, filogenia, modelagem paleoclimática e taxonomia de répteis e anfíbios neotropicais, AP.BTA.TEM
Assunto(s):RépteisAnfíbiosFilogeografiaFilogenia
Resumo
Este projeto visa dar continuidade e ampliar os horizontes da linha interdisciplinar de pesquisa do laboratório de Herpetologia voltada para o estudo da sistemática e da evolução da herpetofauna neotropical e da biogeografia histórica de répteis, anfíbios e pequenos mamíferos neotropicais. De modo a agilizarmos a coleta de dados moleculares do projeto é indispensável contarmos com um bolsista de apoio técnico com nível superior para nos auxiliar com os procedimentos de extração, amplificação e sequenciamento de DNA. De acordo com os objetivos do programa de Capacitação Técnica e do Projeto Temático, faz-se necessário um profissional com conhecimentos teóricos de Genética, Evolução e Biologia Molecular. A extração de DNA a partir de amostras de fígado e músculo, congeladas ou preservadas em etanol, será realizada através do protocolo de extração salina. A amplificação dos fragmentos gênicos do DNA mitocondrial e nuclear pela técnica de PCR (Polymerase Chain Reaction) seguirá as condições previamente padronizadas pelos pesquisadores. Os produtos da amplificação serão caracterizados em gel de agarose 2% e os produtos individuais de PCR serão purificados com Shrimp Alkaline Phosphatase (SAP, 1u/ml) e Exonuclease I (10 u/ml) e a reação de seqüenciamento será feita com o kit BigDye Mix Terminator (Perkin Elmer). Os fragmentos de fita dupla serão seqüenciados utilizando-se o sistema "Perkin Elmer ABI PRISM Dye Terminator Cycle Sequencing Ready Reaction" (PE Applied Biosystems). Os procedimentos básicos a serem desenvolvidos estão apresentados na parte metodológica do projeto. Os registros de todo o material coletado durante o projeto será inserido no programa SINBIOTA. Além disso, serão inseridos os dados obtidos durante 12 campanhas de amostragem realizadas sob minha coordenação em projeto patrocinado por FURNAS CENTRAIS ELÉTRICAS. Estas correspondem a excelentes coleções de répteis, anfíbios, aves e mamíferos obtidas em 8 localidades (quatro delas foram amostradas no período úmido e seco) ao longo de um transecto latitudinal da Mata Atlântica dos Estados de São Paulo e Paraná. Os dados serão extraídos de nossos relatórios e conferidos com a numeração correspondente do Museu de Zoologia da USP. (AU)

Sistemática do raro gênero Stylochaeta (Gastrotricha:Dasydytidae) no Brasil

Processo:15/25066-0
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência: 01 de fevereiro de 2016 - 31 de janeiro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
Pesquisador responsável:André Rinaldo Senna Garraffoni
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/23856-0 - Reconstrução filogenética de Gastrotricha baseada em dados moleculares e morfológicos, AP.BTA.JP
Assunto(s):Água doceFilogenia
Resumo
Gastrotricha são microinvertebrados aquáticos (com menos de 1 mm) e importantes componentes do bentos e fitofauna de habitats de agua doce e marinho. Apesar do grande número de populações em distintos ambientes, este táxon não é muito estudado, possivelmente pelo seu diminuto tamanho e fragilidade de seus corpos, o que torna seu estudo difícil. O táxon é composto por mais de 750 espécies, tradicionalmente dividido em duas ordens Chaetonotida (majoritariamente de água doce) e Macrodasyida (majoritariamente marinha). O gênero Stylochaeta (Chaetonotida: Dasydytidae) possui apenas 4 espécies descritas e todas para a Europa. Durante coletas em lagos urbanos na cidade de Paulína (SP) foi encontrado vários espécimes desse gênero. Dessa forma, o presente projeto pretende realizar a descrição desta espécie, provavelmente nova, além de construir uma hipótese filogenética para o gênero (AU)
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