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Processamento de dados de sísmica rasa para caracterização de estruturas sedimentares em depósitos do Rio Amazonas

Processo:17/03018-9
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência: 01 de abril de 2017 - 31 de dezembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Geociências - Geofísica
Pesquisador responsável:Renato Paes de Almeida
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Geociências (IGC). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/50260-6 - Estruturação e evolução da biota amazônica e seu ambiente: uma abordagem integrativa, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Rio AmazonasDeposição de sedimentosProcessamento de dados
Resumo
O Rio Amazonas é um rio ativo de grande porte com um sistema fluvial complexo e com modelos de evolução controversos. O estudo de interpretação de elementos arquiteturais e análises de fácies podem auxiliar no entendimento de grandes rios e contribuir para os modelos de evolução da Bacia Amazônica. Há diversos trabalhos que comparam rios ativos com o registro geológico, porém há uma escassez de dados coletados em rios ativos de grande porte. Com objetivo de tornar mais eficaz a interpretação de grandes depósitos fluviais ativos e compará-los com rochas sedimentares de ambiente fluvial do passado, foram introduzidos métodos geofísicos que permitem analisar de maneira indireta a subsuperfície das barras e do canal ativo. A aplicação de equipamentos de sísmica rasa (BOMMER, CHIRP e PES - Parametric Echo Sound) e GPR (Ground Penetrating Radar) possuem funções diferentes e permitem identificar desde pequenas estruturas sedimentares recentes e até estruturas maiores, em maior profundidade (isso depende da frequência em que cada equipamento opera). Porém, os dados obtidos por tais equipamentos precisam passar por um processamento antes de poderem ser interpretados, assim este projeto busca aprimorar essa etapa com o uso de softwares adequados para cada equipamento e determinar qual o melhor instrumento para cada tipo de investigação. (AU)

Estudos de biodisponibilidade de xenobióticos naturais e sintéticos em modelos in vitro

Processo:16/06366-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência: 01 de março de 2017 - 28 de fevereiro de 2018
Área do conhecimento:Ciências da Saúde - Farmácia - Farmacognosia
Pesquisador responsável:Norberto Peporine Lopes
Beneficiário:
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50265-3 - Metabolismo e distribuição de xenobióticos naturais e sintéticos: da compreensão dos processos reacionais a geração de imagens teciduais, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Espectrometria de massasFarmacocinéticaProdutos naturais
Resumo
O estudo da biodisponibilidade de uma substância candidata a fármaco é de extrema relevância, no qual o conhecimento do metabolismo e da absorção são fatores importantes na avaliação da segurança e eficácia do composto alvo, bem como na compreensão das propriedades farmacocinéticas do mesmo.Os xenobióticos podem sofrer metabolização como uma das principais vias de eliminação do organismo humano, o que afeta diretamente a sua biodisponibilidade. A principal função do metabolismo de fase I é promover o aumento da polaridade do xenobiótico pela adição de grupos funcionais, oxidação e/ou hidrólise, facilitando sua eliminação, principalmente pela via renal.Neste contexto, alguns modelos in vitro vêm sendo utilizados com o intuito de reproduzir as reações de biotransformação que ocorrem em humanos, como microssomas hepáticos, superssomas, frações citosólicas e frações S9 de fígado. Além disso, o uso de sistemas biomiméticos empregando catalisadores organometálicos, como as metaloporfirinas, vem sendo amplamente utilizados, uma vez que se trata de metodologias éticas e eficazes para os estudos preliminares do metabolismo de um composto de interesse. Em geral, os modelos in vitro possibilitam o isolamento dos metabólitos a um custo aceitável, facilitando a identificação e caracterização estrutural dos possíveis metabólitos formados.Além do metabolismo, a absorção é um importante passo que pode limitar a ação farmacológica de um composto. Como a via oral é aceita como a mais conveniente para a administração de fármacos, é necessário que este seja absorvido pelo trato gastrointestinal para que exerça seu efeito. Para uma rápida avaliação da permeabilidade, muitos métodos in vitro foram desenvolvidos com diferentes níveis de complexidade e sofisticação, como sistemas lipídicos artificiais (PAMPA), tecidos de animais (segmentos intestinais de porco e intestino de ratos invertido) e culturas celulares (Caco-2, TC-7, MDCK, 2/4/A1). A linhagem celular de adenocarcinoma de cólon humano Caco-2 é o modelo in vitro mais bem estabelecido para a previsão da absorção de xenobióticos, amplamente empregado em pesquisas acadêmicas e pelas indústrias farmacêuticas.A escolha de um sistema in vitro mais adequado para realizar, tanto os estudos de metabolismo, como de absorção, depende de vários fatores, como semelhança in vivo, custo, disponibilidade do modelo, considerações éticas e finalidade da aplicação dos resultados. A obtenção de dados que sejam válidos e que possam ser extrapolados de forma realística é fundamental para o avanço nas pesquisas do projeto temático (Processo FAPESP n° 2014/50265-3). (AU)

Dinâmica espacial e temporal da microbiota ativa na ciclagem do metano em um solo amazônico após conversão da floresta em pastagem

Processo:16/24695-6
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Doutorado Direto
Vigência: 01 de março de 2017 - 30 de setembro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia de Ecossistemas
Pesquisador responsável:Tsai Siu Mui
Beneficiário:
Instituição-sede: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50320-4 - Dimensões US-BIOTA - São Paulo: pesquisa colaborativa: integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo de áreas de alteração do uso da terra em florestas tropicais, AP.BTA.TEM
Assunto(s):MetanogêneseMicrobiologia ambiental
Resumo
A bacia Amazônica concentra 40% da floresta tropical do mundo, participando da regulação do clima global e fluxo de gases atmosféricos, incluindo os de efeito estufa (CO2, CH4, N2O). Mais de 15% da área florestal da Amazônia tem sido convertida para uso com agricultura e pecuária, dos quais cerca de 80% são ocupados com pastagens. Tais conversões têm impactado sobre a microbiota do solo e suas relações com o clima. Neste sentido, este trabalho visa avaliar o impacto da conversão de florestas Amazônicas em pastagem na dinâmica de consumo e produção de CH4 pela microbiota ativa do solo. Para tanto, métodos biogeoquímicos, moleculares e isotópicos e serão combinados para a caracterização de comunidades microbianas metanogênicas (acetoclástica e hidrogenotrófica) e metanotróficas e suas relações com o fluxo de CH4. Propõe-se o uso de uma abordagem espaço-temporal em solos sob floresta primária, e pastagens de diferentes idades na Amazônica Ocidental brasileira. Câmaras automatizadas para mensuração do fluxo do CH4, conectadas a um espectrômetro de cascada quântica a laser (analises isotópico em tempo real), junto ao sequenciamento massivo de DNA permitirão obter dados inéditos para os solos Amazônicos, os quais serão combinados utilizando bioinformática e métodos estatísticos. É esperado com os resultados desse estudo elucidar em mais detalhes o papel das comunidades microbianas envolvidas com a produção e consumo de CH4 em solos sob os diferentes usos na região da Amazônia, integrando analises moleculares e isotópicos. Estes resultados poderão subsidiar novas estratégias de manejo do solo amazônico, visando a mitigação das emissões de CH4. (AU)

Utilização de testes fenotípicos e moleculares para identificação de bactérias com capacidade de biodegradar hidrocarbonetos

Processo:16/23639-5
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Iniciação Científica
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de dezembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia - Biologia e Fisiologia dos Microorganismos
Pesquisador responsável:Cristina Viana Niero
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Ciências Ambientais, Químicas e Farmacêuticas (ICAQF). Universidade Federal de São Paulo (UNIFESP). Campus Diadema. Diadema, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:11/50870-6 - Estudos da diversidade microbiana no Parque Zoológico do Estado de São Paulo, AP.BTA.TEM
Assunto(s):BactériasDioxigenasesHidrocarbonetosBiotransformaçãoBiodegradaçãoCompostagemBiorremediação
Resumo
O petróleo é um produto composto, que além de muito importante economicamente, se destaca também pelo seu potencial poluidor, através contaminação de solo e água, sendo um desafio para o saneamento ambiental. Uma alternativa para a remoção desses compostos é a biorremediação, que consiste em biotransformá-los em compostos menos tóxicos e em alguns casos sem toxicidade. Assim, a caracterização de microrganismos capazes de degradar estes compostos tóxicos mostra-se importante para o tratamento dos resíduos industriais gerados. Em projeto anterior realizado em nosso laboratório, foi possível isolar e identificar 10 microrganismos provenientes de compostagem que apresentaram capacidade de crescer em presença de n-hexadecano, um hidrocarboneto linear. Os isolados foram identificados como Aquamicrobium sp (MTZ026 e 027), Bacillus shackletonii (MTZ094), Gordonia sp. (MTZ041, 052, 053, 055 e 056) e Gordonia sihwensis (MTZ095 e 096). É importante destacar que nenhum destes microrganismos possui descrição de patogenicidade, característica desejável para utilização de um organismo como biorremediador. Assim, este projeto visa padronizar e comparar dois testes fenotípicos para avaliar a capacidade de estes isolados degradarem hidrocarbonetos. O primeiro método fenotípico, denominado como Dupla Camada consiste em verter o meio semi-sólido contendo o hidrocarboneto em estudo sobre uma camada de meio sólido para em seguida semear os microrganismos. A degradação do composto pelo microrganismo será observada pela presença de um halo transparente ao redor da colônia bacteriana. O segundo método a ser aplicado, o ensaio de 2,6-diclorofenol indofenol (2,6-DCPIP), consistirá no uso de um indicador de oxi-redução que detecta a oxidação do NADH em NAD+, reação esta que se encontra relacionada à degradação de hidrocarbonetos em bactérias. Além disso, será verificada a presença dos genes que codificam para alcano-1-monooxigenases, citocromo P450 (subfamília CYP153) e dioxigenases, descritos como os principais responsáveis pela degradação inicial de hidrocarbonetos, por PCR utilizando oligonucleotídeos degenerados já descritos pela literatura. A cepa de referência M. vanbaalenii PYR1 DSM7251 será utilizada como controle positivo dos testes. A padronização dos testes fenotípicos será útil para triagem de bancos de isolados, buscando identificar microrganismos candidatos à aplicação biotecnológica. Cabe ressaltar que nosso grupo de pesquisas participa como colaborador no Projeto Temático FAPESP no. 2011/508706 intitulado "Estudo da diversidade microbiana do Parque Zoológico do Estado de São Paulo" o qual tem o objetivo geral de coletar, analisar e prospectar dados moleculares de três microbiomas: compostagem, lago e fezes de macacos bugios. Desde então, investiga microrganismos com capacidade de degradar hidrocarbonetos provenientes do processo de compostagem com o objetivo de selecionar pelo menos dois microrganismos com características de interesse para sequenciamento de seus genomas (nível draft) e após análise dos resultados por meio de técnicas de bioinformática, verificar a existência de possíveis produtos com aplicações biotecnológicas. A motivação em analisar a capacidade de degradação de hidrocarbonetos a partir de microrganismos provenientes de compostagem se deu pela particularidade da Unidade de Produção de Composto Orgânico (UPCO) da Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP), que processa matéria orgânica de várias origens como: excremento de aproximadamente 3.500 animais, carcaças, sedimentos de água do lago, restos de cama de animais, resíduos alimentares, resíduos de poda dos jardins do parque e restos vegetais. Diante destes dados e sabendo que o processo de compostagem ocorre predominantemente pela ação dos microrganismos residentes, espera-se que este nicho ecológico tenha microrganismos com capacidade de degradar os mais diversos compostos, incluindo os hidrocarbonetos. (AU)

Estruturação e evolução da biota amazônica e seu ambiente: uma abordagem integrativa

Processo:17/00465-4
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de julho de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia Aplicada
Pesquisador responsável:Lúcia Garcez Lohmann
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/50260-6 - Estruturação e evolução da biota amazônica e seu ambiente: uma abordagem integrativa, AP.BTA.TEM
Assunto(s):BiotaAmazôniaAnálise genéticaAnálise de sequência de DNA
Resumo
O projeto consiste em viagens a campo e coletas da flora da biota Amazônica. Após estas coletas o material será levado para laboratório o qual será preparado para as análises genéticas. Irão ser feitas extrações de DNA, todas as amostras serão amplificadas. Após a amplificação e purificação das regiões de interesse, o produto purificado deverá ser preparado para envio para o sequenciamento. (AU)

Influência de processos ecológicos e evolutivos na estruturação de comunidades de anfíbios em diferentes escalas espaciais e temporais

Processo:16/25729-1
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de julho de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia - Ecologia Teórica
Pesquisador responsável:Fernando Rodrigues da Silva
Beneficiário:
Instituição-sede: Centro de Ciências e Tecnologias para a Sustentabilidade (CCTS). Universidade Federal de São Carlos (UFSCAR). Sorocaba, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:13/50714-0 - Influência de processos ecológicos e evolutivos na estruturação de comunidades de anfíbios em diferentes escalas espaciais e temporais, AP.BTA.JP
Assunto(s):AnuraFilogeniaEcologia de comunidadesComunidades animais
Resumo
Em cada um dos três anos que ocorrer campanhas de campo selecionarei dois bolsistas de TT3 que auxiliarão nas expedições de campo, atividades de laboratório, inclusão de dados no SinBIOTA e inclusão dos exemplares coletados na coleção Científica DZSJRP. Um dos bolsistas atuará junto à equipe da UNESP-S. J. do Rio Preto, sob a supervisão da Profa. Dra. Denise de C. Rossa Feres, membro da equipe de pesquisadores do projeto. Enquanto o outro bolsista atuará junto à equipe da UFSCar-campus Sorocaba, sob minha supervisão. Considerando a abrangência das regiões que serão amostradas (Figura 1) e o número de dias (63 por ano) para as pesquisas de campo em cada região, julgo pertinente a necessidade de apoio técnico para ambas as equipes. (AU)

Divulgando as ações do projeto ECOFOR do Programa BIOTA/FAPESP

Processo:17/00377-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 30 de novembro de 2017
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Ecologia
Pesquisador responsável:Carlos Alfredo Joly
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:12/51872-5 - ECOFOR: Biodiversidade e funcionamento de ecossistemas em áreas alteradas pelo homem nas Florestas Amazônica e Atlântica, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Redes sociais
Resumo
O projeto tem como objetivo a divulgação das ações do Projeto ECOFOR no em sua região de atuação no Estado de São Paulo. A divulgação ocorrerá nos jornais das cidades onde as pesquisas de campo ocorrem, por um site a ser criado e alimentado pelo bolsista, pelo Facebook, que também será alimentado com textos do jornalista, e através de folders elaborados em parceria com os pesquisadores e distribuídos nas propriedades visitadas pelos mesmos. Com isso, espera-se que o conhecimento sobre o ECOFOR nas comunidades envolvidas aumente, despertando o interesse pela área de estudo e a consciência sobre os temas abordados (AU)

Assistência de campo para amostrar as serpentes alvo para estudos com veneno - com especial ênfase na Floresta Atlântica

Processo:16/25020-2
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de janeiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Zoologia - Taxonomia dos Grupos Recentes
Pesquisador responsável:Hussam El Dine Zaher
Beneficiário:
Instituição-sede: Museu de Zoologia (MZ). Universidade de São Paulo (USP). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/50127-5 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: scales of biodiversity: integrated studies of snake venom evolution and function across multiple levels of diversity, AP.BTA.TEM
Resumo
O trabalho de campo representará um importante segmente em nosso projeto (2016/50127-5), tendo como objetivo amostrar a diversidade ecológica, filogenética e de venenos entre as linhagens de serpentes brasileiras. O bolsista será treinado nos métodos específicos de obtenção, coleta e manutenção de serpentes, auxiliando a equipe nas expedições. (AU)

Análise do conteúdo nitrogenado em áreas sob ação atrófica na Floresta Amazônica e atlântica utilizando de ferramentas metabolômicas

Processo:16/13292-8
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Pós-Doutorado
Vigência: 01 de fevereiro de 2017 - 31 de janeiro de 2019
Área do conhecimento:Ciências Exatas e da Terra - Química - Química Orgânica
Pesquisador responsável:Norberto Peporine Lopes
Beneficiário:
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Farmacêuticas de Ribeirão Preto (FCFRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:14/50265-3 - Metabolismo e distribuição de xenobióticos naturais e sintéticos: da compreensão dos processos reacionais a geração de imagens teciduais, AP.BTA.TEM
Assunto(s):Espectrometria de massasMetabolômicaRessonância magnética nuclear
Resumo
A degradação da diversidade biológica decorrente de ações antrópicas em florestas tropicais brasileiras (Selva Amazônica e Mata Atlântica) é um problema histórico e afeta importantes serviços ecológicos para bem-estar humano. O entendimento limitado de áreas humano-modificadas em florestas tropicais, quanto ao seu funcionamento e a habilidade para prover serviços ecológicos críticos a longo prazo ressaltam a necessidade por novas pesquisas como parte essencial de qualquer estratégia de manutenção da diversidade biológica, atenuação climática e provisão de serviços que suportam a vida. Neste contexto, o presente projeto visa o desenvolvimento de uma estratégia integrada de trabalho, na busca de uma melhor compreensão sobre o funcionamento de ecossistemas humano-modificados, especialmente de florestas tropicais (Amazônia e Floresta Atlântica).I. Mérito da Intelectual: tradicionalmente, características morfo-fisio-fenotípicas são utilizadas como forma avaliação de estratégias de sobrevivência (em plantas) em ecossistemas intactos e perturbados. Contudo, o uso exclusivo desses atributos negligencia o entendimento, a nível molecular, de vários eventos biológicos que modulam os organismos (da genômica a metabolômica) e, consequentemente os ecossistemas. Neste sentido, esta proposta tem como objetivo o uso da abordagem metabolômica para a determinação de quimiomarcadores associados as diferentes estratégias de sobrevivência em ambientes intactos e humano-modificados. O alvo do estudo se concentra na determinação qualitativa e quantitativa do conteúdo nitrogenado (não-proteico) na busca por correlações entre os compostos do metabolismo primário (assimilação de nitrogênio e aminoácidos) e secundários (alcaloides, aminas, amidas, compostos cianogênicos entre outros) e como estes pode modulam as estratégias econômicas de sobrevivência.II. Impacto: Considerando o paradigma de uso sustentável dos recursos naturais, uma premissa fundamental dos programas de conservação biológica, a abordagem visa auxiliar na compreensão do funcionamento de ecossistemas íntegros e degradados por meio do desenvolvimento e aplicação de métodos simples e robustos para a identificação e quantificação relativa dos compostos nitrogenados gerados por diferentes perfis metabolômicos.III. Integração: A abordagem integrativa da presente proposta envolve pesquisadores das principais universidades e institutos de pesquisa estaduais paulistas, em conjunto com parceiros internacionais em cooperações já estabelecidas, sob diferentes áreas do conhecimento com um objetivo em comum: desenvolver e aplicar metodologias em metabolômica visando a compreensão dos fenômenos ambientais associados à degradação de áreas humano-modificadas. Esta proposta é essencialmente multidisciplinar e idealiza promover novos conhecimento para conservação e valoração da biodiversidade. (AU)

Produção de material educacional e suporte científico para popularização dos resultados da pesquisa Escaladas da Biodiversidade

Processo:16/24849-3
Linha de fomento:Bolsas no Brasil - Programa Capacitação - Treinamento Técnico
Vigência: 01 de janeiro de 2017 - 31 de dezembro de 2017
Área do conhecimento:Interdisciplinar
Convênio/Acordo:NSF - Dimensions of Biodiversity e BIOTA
Pesquisador responsável:Erika Hingst-Zaher
Beneficiário:
Instituição-sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo, SP, Brasil
Vinculado ao auxílio:16/50127-5 - Dimensions US-BIOTA São Paulo: scales of biodiversity: integrated studies of snake venom evolution and function across multiple levels of diversity, AP.BTA.TEM
Assunto(s):BiodiversidadeCobrasGenética animalDivulgação científicaOrganização da informação
Resumo
O objetivo deste projeto é organizar e adaptar o conteúdo científico produzido durante o desenvolvimento da pesquisa científica, a fim de produzir textos e materiais que serão apresentados ao público: visitantes de museus e grupos escolares. Esses incluem manuais, pastas, filmes digitais, sites, blogs, aplicativos e mídias sociais. Toda a pesquisa e produção de conteúdos será realizada no Museu Biológico do Instituto Butantan, pelo beneficiário TT3, em estreita colaboração com a equipe de pesquisadores, estudantes e docentes do museu. (AU)
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