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Resumo

Gastrotricha é um filo de microinvertebrados aquáticos comumente encontrados em ambientes aquáticos dulcícolas e marinhos do mundo todo. Apesar de serem abundantes, este táxon não é muito conhecido, possivelmente pelo seu diminuto tamanho e fragilidade de seus corpos. A grande maioria dos gastrótricos apresentam hábitos de vida bentônico, seja ela associada ao sedimento ou ao perifíton. A exceção a esse hábito é visto em espécimes da família Dasydytidae, um grupo que contém raros organismos que desenvolveram o hábito de vida semi-planctônico. Apesar dos poucos estudos de cunho filogenético, a hipótese mais aceita é que o táxon seja monofilético. Contudo, as relações de parentes entre os 7 gêneros de Dasydytidae, e suas respectivas monofilias, praticamente nunca foram testadas sob um viés filogenético. Assim, o objetivo do presente estudo é elucidar a relação filogenética das 32 espécies de Dasydytidae baseado em dados morfológicos, além de testar a monofilia dos 7 gêneros. Além disso, pretende-se realizar coletas em novas localidades, descrever formalmente o morfótipo de Dasydytidae descoberto anteriormente (Processo FAPESP Nº2015/25066-0) e sequenciar os genes mitocondrial COI e os ribosomais 18S e 28S desse novo morfótipo, bem como da espécie recém descrita Haltydites pseudosquamatus Minowa & Garraffoni, 2017. (AU)

Resumo

Este projeto irá determinar como inovações secundárias fundamentais dentro dos venenos contribuem com a diversificação nas serpentes avançadas e testar possíveis vieses nos caminhos genéticos que moldaram a rápida evolução fenotípica dos venenos, de forma a compreender o mecanismo que norteia a diversificação no grupo. Primeiro, testaremos a relação entre diversidade e ações de venenos e as taxas de diversificação genética, utilizando mais de 100 espécies das três famílias de serpentes venenosas que ocorrem nos Estados Unidos e no Brasil, coletadas em áreas de biodiversidade excepcionalmente alta. Usando dados de transcriptômica, espectrometria de massas quantitativa e ensaios funcionais vamos estimar a filogenia, quantificar a função e complexidade de venenos, além de testar a relação entre a diversificação dos ciados e a composição dos venenos. Em seguida, iremos avaliar a genética da diferenciação fenotípica é mutações influenciando a produção de venenos, por meio da investigação detalhada de seis pares de espécies (duas de cada grupo) com divergência recente e diferenças significativas nas ações de seus venenos. Para cada uma delas, avaliaremos a importância dos mecanismos pré-transcricionais (ex.: regulação cis ou o número de cópias) e pós-transcricionais (ex.: eficiência de tradução ou microRNAs) que podem ser determinantes na diversidade de toxinas, além de testar se os efeitos do veneno são presa-específicos. Isto irá fornecer detalhes sem precedentes sobre processos microevolutivos que fundamentam uma característica chave que influencia padrões macroevolutivos. Teremos assim uma perspectiva integrada, do nível molecular ao do organismo, sobre processos fundamentais geradores de biodiversidade. (AU)

Resumo

Análises recentes de endemismo e níveis de ameaça antrópica identificaram regiões-alvo para a conservação, os chamados "hotspots". Entretanto, nosso conhecimento acerca da distribuição da biodiversidade em cada uma dessas áreas, bem como dos fatores que a originaram são escassos. Tal deficiência limita nosso poder de conservação face às rápidas mudanças ambientais causadas pelo homem. Uma das vertentes deste projeto visa estudar o papel das flutuações climáticas do Pleistoceno sobre a riqueza da herpetofauna e os níveis de diversidade genética de anuros e lagartos de regiões elevadas e de baixada da Mata Atlântica. Utilizando técnicas de modelagem de nicho ecológico acopladas ao estudo filogeográfico o projeto irá documentar padrões de diversidade de espécies numa região particularmente pouco estudada, altamente ameaçada e megadiversa e terá importantes aplicações para a conservação do pouco que resta dessa área. Em outra vertente estudamos o papel das montanhas como áreas favorecendo a diversificação adaptativa da herpetofauna, seja atuando como refúgios para espécies de climas frios durante fases quentes, seja como cenário para especiação ecogeográfica. Sob enfoque morfológico, cariotípico, taxonômico, filogenético e filogeográfico, dá-se prosseguimento ao trabalho com táxons de répteis e anfíbios dos vários ecossistemas brasileiros, recolhendo subsídios para melhor compreender sua evolução e a história biogeográfica do continente. Em um caso procura-se estudar a filogeografia comparada de uma linhagem de lagartos sulamericanos e sua equivalente ecológica africana com base em dados moleculares, de modo a procurar estabelecer correlações intercontinentais sobre sua história e origem. As coletas realizadas em áreas pouco ou ainda não amostradas no estado e no país permitirão aprimorar o conhecimento sobre nossa biodiversidade, descrevendo espécies ainda não conhecidas e, associadas aos dados filogenéticos e filogeográficos obtidos, permitirão obter informações importantes para o delineamento de estratégias de conservação adequadas de nossa biota. (AU)

Resumo

Este projeto é orientado pela questão: "A integração das dimensões da função de produção e consumo de metano nos permitirá prever o efeito da mudança do uso da terra no ciclo CH4". Esta proposta visa avaliar aspectos da produção de metano, medindo a taxa de produção ou a concentração de metano no solo. Não obstante, é objetivo verificar como esta taxa/concentração varia com a disponibilidade do substrato e as condições ambientais ou ao longo do tempo, para determinar a sensibilidade da produção de metano às mudanças. A composição isotópica do fluxo ou do gás do solo pode ser utilizada para inferir a contribuição relativa de diferentes caminhos bioquímicos na produção de metano em um determinado local. Em conjunto, essas abordagens podem fornecer informações essenciais sobre a dimensão funcional da biodiversidade microbiana e sua relação com as dimensões taxonômica e genética. Usaremos essas abordagens para determinar a resposta da biodiversidade microbiana à mudança de uso da terra nos solos da floresta amazônica. Nossa hipótese de trabalho é que os solos da Amazônia possuem um conjunto específico de micro-organismos, que têm um funcionamento específico do consumo/emissão de metano de acordo com os ecossistemas. (AU)

Resumo

A presente proposta constitui parte do estudo da biodiversidade de Gastrotricha marinho e de água do Brasil, e tem como principais finalidades à identificação das espécies deste táxon encontradas no litoral de São Paulo, por meio do estudo da anatomia interna e externa e formulação de uma hipótese filogenética mais consistente para uma das famílias de gastrótricos marinhos mais abundantes do litoral de São Paulo. Ainda com relação ao estudo taxonômico, além de ampliar o conhecimento sobre esse grupo, sobretudo no que se refere às distribuições geográficas, será o passo inicial para estudos filogenéticos e ecológicos posteriores. Serão realizadas coletas em Ubatuba, Caraguatatuba, São Sebastião e Santos. O estudo da morfologia utilizará técnicas de microscopia óptica, microscopia eletrônica de varredura (MEV), transmissão (MET) e laser confocal. Para a reconstrução filogenética serão utilizados dados morfológicos e moleculares, sendo a última análise realizada através do uso de protocolos padrões de extração e amplificação de genes de nucleares e mitocondriais. Os exemplares encontrados serão depositados no Museu de Zoologia da UNICAMP. (AU)

Resumo

O bolsista será responsável pelo desenvolvimento web trabalhará no desenvolvimento de manutenção dos sistemas web que serão responsáveis por todo o gerenciamento do laboratório remoto, recebendo dados dos sensores, controlando dispositivos diversos e gerenciando os experimentos. Trabalhará com PHP e MySQL para o desenvolvimento dos sistemas e ficará responsável pela administração do servidor web.Este desenvolvedor programará a base de todo o sistema de informação que será usado, incluindo toda interface de cadastro, acesso, acompanhamento e avaliação das atividades que serão realizadas no laboratório. (AU)

Resumo

Bacteriófagos ou fagos são vírus que infectam bactérias e vastamente abundantes na natureza. Desde sua descoberta, no início do século 20, os fagos têm sido ferramentas valiosas no desenvolvimento da biologia molecular e da biotecnologia. Os fagos também foram sempre considerados como agentes antimicrobianos potenciais, sendo que o interesse no uso de fagos como agentes terapêuticos ressurgiu nos últimos anos, principalmente, como alternativa para o controle biológico de bactérias multirresistentes a antibióticos. Em trabalho anterior de nosso grupo de pesquisa [Amgarten, Martins et al. (2017) BMC Genomics 18: ARTN346], foi realizada a caracterização genômica e morfológica de três novos fagos (ZC01, ZC03 e ZC08) isolados da compostagem termofílica do Parque Zoológico de São Paulo utilizando-se Pseudomonas aeruginosa PA14 como hospedeira. Dentre 30 linhagens bacterianas avaliadas, os três fagos foram altamente eficientes na lise apenas de P. aeruginosa PA14 e H6044 (um isolado de hemocultura humana). O objetivo deste projeto de iniciação científica é ampliar e aprofundar a caracterização dos fagos ZC01, ZC03 e ZC08 visando explorar, em maior detalhe, seu potencial como candidatos a fago-terapia. Esta caracterização adicional inclui testar a infectividade desses fagos contra um número mais abrangente de isolados clínicos e ambientais de P. aeruginosa, avaliar sua eficiência em dissolver biofilmes de PA14 mais maduros (e 5 dias) e verificar a estabilidade desses fagos em diferentes temperaturas e pHs. (AU)

Resumo

A febre amarela é uma febre hemorrágica que afeta aproximadamente 200.000 pessoas anualmente nas regiões endêmicas, e que é transmitida, em seu ciclo silvestre, através da picada dos mosquitos Haemagogus spp. e Sabethes spp. infectados. Esses mosquitos se tornam mais abundantes em paisagens fragmentadas e degradadas, elevando o risco de transmissão dessa doença. Além disso, fatores climáticos também podem influenciar positivamente no ciclo de vida dos vetores, acelerando o desenvolvimento das fases iniciais de vida, a longevidade das fêmeas, e aumentando a disponibilidade de habitats larvários. Porém, nossa compreensão sobre como esses fatores afetam o risco de transmissão dessa doença ainda permanece limitada. Para entender esses efeitos, primatas não-humanos constituem um elemento privilegiado de estudo, pois junto com o homem constituem um dos principais hospedeiros do vírus, servindo de alerta aos órgãos de saúde sobre a circulação do agente e a necessidade de vacinação imediata em humanos. Com isso, os objetivos desse projeto são: 1) avaliar quais fatores da estrutura da paisagem e do clima estão relacionados com o risco de infecção pelo vírus da febre amarela em primatas não-humanos, identificando áreas de maior risco para transmissão do vírus e 2) prever os riscos de transmissão do vírus em cenários futuros de mudanças climáticas. Para isso iremos utilizar um modelo Bayesiano e relacionar a distribuição espacial das epizootias de 2007-2008 com a quantidade de cobertura de vegetação nativa, densidade de bordade vegetação, temperatura e precipitação. Os resultados dessa pesquisa poderão contribuir para uma maior compreensão da dinâmica de transmissão da febre amarela no Brasil, e para um menor custo e maior eficácia de implementação de sistemas de vigilância e alocação de recursos em campanhas de vacinação das comunidades humanas de áreas endêmicas. (AU)

Resumo

As oxazolinas podem ser aplicadas como grupo protetor de ácidos carboxílicos, auxiliares quirais e ligantes em catálise assimétrica. Devido à reatividade e suas atividades biológicas, os compostos naturais e sintéticos que possuem um anel oxazólico se tornam interessantes do ponto de vista químico. No desenvolvimento de novos métodos para a preparação desses compostos, a espectrometria de massas pode auxiliar nos estudos dos intermediários de reação e produtos. Em recente estudo, a ionização por eletrospray (IES) acoplada à espectrometria de massas utilizando analisadores sequenciais (EM/EM) contribuiu para o aprimoramento e caracterização estrutural de derivados da 2-oxazolina que possuíam interesse biológico e farmacológico. A química computacional, em corroboração a técnicas experimentais, pode ser usada como uma ferramenta para obter informações sobre o composto estudado, compreender e analisar dados experimentais ou até mesmo prever algumas propriedades. Os avanços na química moderna têm contribuído para uma popularização no uso de modelos computacionais que servem como ferramenta útil para estudos sinergísticos entre teoria e experimento. O objetivo do presente trabalho é o de estudar o sítio protonação e desprotonação para algumas oxazolinas aplicando modelos químicos computacionais, na obtenção dos valores da afinidade protônica e basicidade em fase gasosa. Esses resultados serão comparados aos mapas do potencial eletrostático molecular, análise topológica por QTAIM, cargas atômicas e orbitais de fronteira. Os resultados obtidos serão de extrema importância para compreender a reatividade das moléculas estudadas quando analisadas por espectrometria de massas e/ou síntese de novos derivados. (AU)

Resumo

Resumo do projeto Dimensions US-BIOTA São Paulo: Escalas da Biodiversidade: estudos integrados de evolução e função de venenos ofídicos nos múltiplos níveis da diversidade, no qual o técnico desenvolverá suas atividades conforme plano de trabalho: O entendimento da rápida diversificação dentro de uma linhagem evolutiva requer a determinação dos fatores e características que a promoveram. O veneno tem sido hipotetizado como sendo a inovação iniciadora da irradiação das serpentes, pois expandiu suas oportunidades tróficas. Já o subsequente recrutamento de toxinas e neofuncionalização de seus genes teriam promovido a diversificação seguinte. Este projeto irá determinar como inovações secundárias fundamentais dentro dos venenos contribuem com a diversificação nas serpentes avançadas e testar possíveis vieses nos caminhos genéticos que moldaram a rápida evolução fenotípica dos venenos, de forma a compreender o mecanismo que norteia a diversificação no grupo. Primeiro, testaremos a relação entre diversidade e ações de venenos e as taxas de diversificação genética, utilizando mais de 100 espécies das três famílias de serpentes venenosas que ocorrem nos Estados Unidos e no Brasil, coletadas em áreas de biodiversidade excepcionalmente alta. Usando dados de transcriptômica, espectrometria de massas quantitativa e ensaios funcionais vamos estimar a filogenia, quantificar a função e complexidade de venenos, além de testar a relação entre a diversificação dos clados e a composição dos venenos. Em seguida, iremos avaliar a genética da diferenciação fenotípica e mutações influenciando a produção de venenos, por meio da investigação detalhada de seis pares de espécies (duas de cada grupo) com divergência recente e diferenças significativas nas ações de seus venenos. Para cada uma delas, avaliaremos a importância dos mecanismos pré-transcricionais (ex.: regulação cis ou o número de cópias) e pós-transcricionais (ex.: eficiência de tradução ou microRNAs) que podem ser determinantes na diversidade de toxinas, além de testar se os efeitos do veneno são presa-específicos. Isto irá fornecer detalhes sem precedentes sobre processos microevolutivos que fundamentam uma característica chave que influencia padrões macroevolutivos. Teremos assim uma perspectiva integrada, do nível molecular ao do organismo, sobre processos fundamentais geradores de biodiversidade. (AU)

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