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(Referência obtida automaticamente do Web of Science, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores.)

SpidermiR: An R/Bioconductor Package for Integrative Analysis with miRNA Data

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Autor(es):
Cava, Claudia ; Colaprico, Antonio ; Bertoli, Gloria ; Graudenzi, Alex ; Silva, Tiago C. ; Olsen, Catharina ; Noushmehr, Houtan ; Bontempi, Gianluca ; Mauri, Giancarlo ; Castiglioni, Isabella
Número total de Autores: 10
Tipo de documento: Artigo Científico
Fonte: INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES; v. 18, n. 2 FEB 2017.
Citações Web of Science: 2
Resumo

Gene Regulatory Networks (GRNs) control many biological systems, but how such network coordination is shaped is still unknown. GRNs can be subdivided into basic connections that describe how the network members interact e.g., co-expression, physical interaction, co-localization, genetic influence, pathways, and shared protein domains. The important regulatory mechanisms of these networks involve miRNAs. We developed an R/Bioconductor package, namely SpidermiR, which offers an easy access to both GRNs and miRNAs to the end user, and integrates this information with differentially expressed genes obtained from The Cancer Genome Atlas. Specifically, SpidermiR allows the users to: (i) query and download GRNs and miRNAs from validated and predicted repositories; (ii) integrate miRNAs with GRNs in order to obtain miRNA-gene-gene and miRNA-protein-protein interactions, and to analyze miRNA GRNs in order to identify miRNA-gene communities; and (iii) graphically visualize the results of the analyses. These analyses can be performed through a single interface and without the need for any downloads. The full data sets are then rapidly integrated and processed locally. (AU)

Processo FAPESP: 15/07925-5 - Softwares de código aberto contendo ferramentas estatísticas para análise e integração de conjuntos de dados epigenômicos produzidos em alta escala, a fim de decifrar e entender redes reguladoras de câncer
Beneficiário:Houtan Noushmehr
Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Apoio a Jovens Pesquisadores
Processo FAPESP: 16/01389-7 - Ferramenta de bioinformática para integrar e compreender as mudanças epigenômicas e genômicas aberrantes associadas com câncer: métodos, desenvolvimento e análise
Beneficiário:Tiago Chedraoui Silva
Linha de fomento: Bolsas no Brasil - Doutorado Direto