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Development of a model to build genetic maps in autopolyploides, with applications in sugarcane

Grant number: 08/54402-4
Support Opportunities:Scholarships in Brazil - Doctorate
Start date: November 01, 2008
End date: February 29, 2012
Field of knowledge:Agronomical Sciences - Agronomy - Crop Science
Principal Investigator:Antonio Augusto Franco Garcia
Grantee:Marcelo Mollinari
Host Institution: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brazil

Abstract

A cana-de-açúcar (Saccharum spp.) representa para o Brasil uma importante fonte de renda, emprego e energia, com participação significativa na economia nacional. Com o surgimento dos marcadores moleculares, tornou-se possível compreender melhor a herança dos caracteres poligênicos, devido à sua aplicação nos estudos sobre QTL's, ou locos que controlam caracteres quantitativos. Atualmente, existem inúmeras metodologias disponíveis para o mapeamento de QTL's, incluindo mapeamento por intervalo simples e composto, métodos bayesianos e mapeamento por múltiplos intervalos. No entanto, essas metodologias foram desenvolvidas para aplicação em populações experimentais provenientes do cruzamento entre linhagens endogamias, como retrocruzamentos, F2 e RIL's ("Recombinant Inbred Lines"). Para muitas espécies, como é o caso da cana-de-açúcar, é difícil ou impossível obter linhagens homozigóticas, sendo utilizadas populações F1, nas quais um único loco pode apresentar até 4 alelos, resultando em diferentes tipos de segregação e, além disso, as fases de ligação entre marcadores e entre marcadores e QTL's são desconhecidas. Nesse contexto, o presente trabalho tem por objetivo o desenvolvimento de modelos genético-estatísticos que permitam o mapeamento de QTL's em cana-de-açúcar, utilizando a abordagem de modelos mistos, considerando informações de múltiplos caracteres e ambientes simultaneamente. Esse modelo será empregado para a análise de dados reais de cana-de-açúcar: uma progênie F1, que já foi usada para construir um mapa de ligação nessa espécie (Garcia et al. 2006, Oliveira et al. 2007). Os caracteres a serem avaliados são: percentual de POL na cana (POL% cana ou PCC), percentual de matéria seca insolúvel em água contida na cana (fibra%) e produtividade de cana-de-açúcar em toneladas de cana por hectare (TCH). Pretende-se com isso estudar a base genética da correlação entre esses caracteres de grande importância agronômica, bem como a interação entre QTL's e ambientes e, com isso, fornecer subsídios aos programas de melhoramento de cana-de-açúcar. (AU)

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Scientific publications
(The scientific publications listed on this page originate from the Web of Science or SciELO databases. Their authors have cited FAPESP grant or fellowship project numbers awarded to Principal Investigators or Fellowship Recipients, whether or not they are among the authors. This information is collected automatically and retrieved directly from those bibliometric databases.)
MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; VENCOVSKY, R.; GARCIA, A. A. F.. Evaluation of algorithms used to order markers on genetic maps. HEREDITY, v. 103, n. 6, p. 494-502, . (08/54402-4)
SERANG, OLIVER; MOLLINARI, MARCELO; FRANCO GARCIA, ANTONIO AUGUSTO. Efficient Exact Maximum a Posteriori Computation for Bayesian SNP Genotyping in Polyploids. PLoS One, v. 7, n. 2, . (08/52197-4, 08/54402-4)
GAZAFFI, RODRIGO; MARGARIDO, GABRIEL R. A.; PASTINA, MARIA MARTA; MOLLINARI, MARCELO; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO F.. A model for quantitative trait loci mapping, linkage phase, and segregation pattern estimation for a full-sib progeny. Tree Genetics & Genomes, v. 10, n. 4, p. 791-801, . (12/13272-6, 10/00083-5, 08/54402-4)
Academic Publications
(References retrieved automatically from State of São Paulo Research Institutions)
MOLLINARI, Marcelo. Development of a model to build genetic maps in autopolyploides, with applications in sugarcane. 2012. Doctoral Thesis - Universidade de São Paulo (USP). Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALA/BC) Piracicaba.