Association analysis using SSR and SNP loci to find QTL for seed oil content in soybean

• Grant number: 09/02208-2
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - BIOEN - Young Researchers
• Start date: February 01, 2009
• End date: January 31, 2012
• Field of knowledge: Agronomical Sciences - Agronomy - Crop Science
• Principal Investigator: Regina Helena Geribello Priolli
• Grantee: Regina Helena Geribello Priolli
• Host Institution: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brazil
• Associated research grant: 08/56249-9 - Association analysis using SSR and SNP loci to find QTL for seed oil content in soybean, AP.BIOEN.JP

Abstract

O presente projeto tem por objetivo identificar regiões genômicas e genes candidatos em soja associados ao teor de óleo e composição de seus ácidos graxos por meio de mapeamento associativo. O material vegetal objeto de estudo será constituído de duas subpopulações, com 48 acessos cada, divergentes no conteúdo de óleo. Inicialmente, serão determinadas as composições dos ácidos graxos dos 96 genótipos selecionados. As mesmas plantas serão caracterizadas pelo polimorfismo de 100 locos SSR (ou microssatélites), que serão escolhidos por serem locos de caracteres quantitativos (QTL) para conteúdo de óleo e também pelo alto polimorfismo apresentado em estudos prévios. Concomitantemente, serão sequenciados cerca de 10 genes associados à biossíntese de óleo em soja numa amostra de 10 acessos selecionados para alto e baixo teor de óleo. O sequenciamento permitirá a identificação de single nucleotide polymorphisms (SNP), os quais poderão ser associados a marcadores daqueles genes. Todos os 96 genótipos também serão caracterizados para os mesmos SNPs selecionados. Serão estimados os coeficientes de desequilíbrio (D') e de correlação (r2) para todos os locos SSR e SNP a fim de ser obtido o desequilíbrio de ligação (LD) destes mesmos locos nas duas subpopulações. Diferenças apresentadas nas frequências dos alelos nas duas subpopulações poderão ser associadas a supostos QTLs para conteúdo de óleo, os quais poderão servir de marcadores para seleção assistida em programas de melhoramento de soja para teor de óleo. (AU)