New Tools Management and Implementation for the CeTICSDB Platform

• Grant number: 20/11468-7
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: January 01, 2021
• End date: October 31, 2021
• Field of knowledge: Interdisciplinary Subjects
• Principal Investigator: Hugo Aguirre Armelin
• Grantee: Afrânio Maia da Silva
• Host Institution: Instituto Butantan. São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 13/07467-1 - CeTICS - Center of Toxins, Immune-response and Cell Signaling., AP.CEPID

Abstract

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de altodesempenho para análise e integração entre bancos de dados biológicos como Gene Ontology[1], Vias Metabólicas (Reactome [2]), Vias de Sinalização e regulações (SignaLink [3]), entre outros.O projeto CeTICS tem um dos objetivos entender o comportamento dos sistemasbiológicos baseado em análises de modelos matemáticos de vias de sinalização e dados delarga escala de expressão de genes e proteínas por RNA-seq e Espectrometria de massas,incluindo pesquisas em diversas áreas para estudar mecanismos bioquímicos, moleculares ecelulares de toxinas que tem potencial terapêutico.O projeto CeTICS possui uma plataforma de repositório e disponibilização de dados detranscriptômica e proteômica, a qual pode armazenar e disponibilizar resultados obtidos porsequenciamentos de transcriptomas e proteomas de organismos venenosos entre outros. Aplataforma permitir acesso e análises de expressão gênica e de proteínas, além dadisponibilização de ferramentas e acesso a colaboradores e comunidade científica geral,pretende-se desenvolver novas ferramentas para a análise e integração dos dados -ômicos ebancos de vias metabólicas e de sinalização que poderão ser acessadas por meio da interfaceweb desenvolvida pelo grupo (http://cetics.butantan.gov.br/ceticsdb/).O bolsista estará envolvido no gerenciamento da plataforma, no desenvolvimento de novasferramentas e abordagens para processamento, e análise dos dados provenientes de novastecnologias produzindo grandes volumes de dados como Genômica, RNA-seq e Proteômica.Pretendemos incorporar abordagens de mineração de texto, buscando por agentesmitogênicos e vias mitigadoras de stresse celular que possam se relacionadas a mecanismosde reposta a divisão, dano ou reparo do DNA e resposta ao Câncer.O projeto tem o objetivo a aplicação e desenvolvimento de novas metodologias na plataforma CeTICSdb para integração de dados biológicos de larga escala e curados, sendo eles:(1) Manutenção e atualização da plataforma CeTICSDB para integração de dados -ômicos de organismos venenosos;(2) Atualização do banco de dados para comportar e integrar dados heterogêneos e dediferentes fontes (genômica, transcriptômica e proteômica);(3) Avaliação e aplicação de métodos e ferramentas de mineração de textos em artigoscientíficos;(4) Implementação de pipelines e módulos de bioinformática, para a plataforma webCeTICSDB, através da linguagen Django/Python;