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Developing an analytical pipeline for bioinformatic analyses in comparative genomics

Grant number: 21/03325-4
Support Opportunities:Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
Start date: June 01, 2021
End date: October 31, 2022
Field of knowledge:Biological Sciences - Genetics - Animal Genetics
Principal Investigator:Mariana Freitas Nery
Grantee:Agnello César Rios Picorelli
Host Institution: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brazil
Associated research grant:15/18269-1 - Using comparative genomics to understand convergent evolution of mammals: tracking the molecular footprints of the marine and riverine environment colonisation, AP.JP

Abstract

Com o advento dos métodos de sequenciamento massivo e a recente acessibilidade a esses métodos, surgem novas oportunidades de pesquisas que permitirão significativo progresso no nosso conhecimento sobre as bases genômicas da diversidade fenotípica. A disponibilidade de novos genomas também permite que organismos não-modelo emerjam como grupos com alto potencial para responder perguntas sobre a natureza do processo evolutivo. Entre os organismos não-modelo, os mamíferos aquáticos chamam especial atenção pela radical transformação em quase todos seus sistemas ao longo de suas histórias evolutivas e pela notável convergência genotípica que se pode observar entre as linhagens que - de maneira independente - colonizaram o ambiente aquático. Nesse contexto, o projeto Jovem Pesquisador (2015/18269-1) tem como principal objetivo o estudo da evolução molecular das seguintes espécies: o golfinho marinho Sotalia guianensis, o golfinho fluvial amazônico Sotalia fluviatilis, o peixe-boi marinho Trichechus manatus e o peixe-boi fluvial amazônico Trichechus inunguis. Os genomas dessas quatro espécies foram sequenciados e estão sendo submetidos à duas principais estratégias de estudo: (I) análises dos genomas das espécies irmãs, com foco em perguntas relacionadas ao processo de especiação, e (II) comparação entre os genomas de espécies de linhagens independentes que ocupam o mesmo ambiente (marinho ou fluvial) com o fim deinvestigar a existência de convergência molecular por trás de fenótipos convergentes relacionados ao habitat em comum. O grande volume de dados produzidos pelo sequenciamento dos genomas mencionados acima, requer extenso trabalho bioinformático para sua organização, armazenamento, compartilhamento e análises. Este trabalho intenso e minucioso de bioinformática envolve métodos e conhecimentos de Tecnologia da Informação (TI), que muitas vezes fogem do escopo de formação dos biólogos. Este projeto se insere nesse contexto, e tem como objetivo o manejo e organização adequados dos dados genômicos e o desenvolvimento de um pipeline analítico que centralize as análises dos genomas, de modo a acelerar a produção do conhecimento. Além disso, o compartilhamento dos dados gerados com o sequenciamento dos genomas - que é parte importante na disseminação desse conhecimento - também faz parte desse projeto.

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Scientific publications
(The scientific publications listed on this page originate from the Web of Science or SciELO databases. Their authors have cited FAPESP grant or fellowship project numbers awarded to Principal Investigators or Fellowship Recipients, whether or not they are among the authors. This information is collected automatically and retrieved directly from those bibliometric databases.)
MARIANA F. NERY; MATHIAS RENNÓ; AGNELLO PICORELLI; ELISA RAMOS. A phylogenetic review of cancer resistance highlights evolutionary solutions to Peto’s Paradox. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 45, n. 3, . (15/18269-1, 18/01236-1, 21/03325-4)
NERY, MARIANA F.; RENNO, MATHIAS; PICORELLI, AGNELLO; RAMOS, ELISA. A phylogenetic review of cancer resistance highlights evolutionary solutions to Peto's Paradox. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 45, n. 3, p. 10-pg., . (18/01236-1, 21/03325-4, 15/18269-1)
SELLEGHIN-VEIGA, GIOVANNA; MAGPALI, LETICIA; PICORELLI, AGNELLO; SILVA, FELIPE A.; RAMOS, ELISA; NERY, MARIANA F.. Breathing Air and Living Underwater: Molecular Evolution of Genes Related to Antioxidant Response in Cetaceans and Pinnipeds. Journal of Molecular Evolution, v. 92, n. 3, p. 17-pg., . (21/03325-4, 18/01236-1, 20/03588-2)