Management and Implementation of new tools for the CeTICSDB platform.

• Grant number: 23/12213-0
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: November 01, 2023
• End date: June 30, 2024
• Field of knowledge: Interdisciplinary Subjects
• Principal Investigator: Hugo Aguirre Armelin
• Grantee: Wesley Freitas Mantovani
• Host Institution: Instituto Butantan. São Paulo , SP, Brazil
• Associated research grant: 13/07467-1 - CeTICS - Center of Toxins, Immune-Response and Cell Signaling, AP.CEPID

Abstract

A bioinformática é um campo em expansão que requer ferramentas computacionais de alto desempenho para análise e integração entre bancos de dados biológicos como Gene Ontology, Vias Metabólicas (Reactome), Vias de Sinalização e regulações (SignaLink), entre outros . O projeto CeTICS tem um dos objetivos entender o comportamento dos sistemas biológicos baseado em análises de modelos matemáticos de vias de sinalização e dados de larga escala de expressão de genes e proteínas por RNA-seq e Espectrometria de massas, incluindo pesquisas em diversas áreas para estudar mecanismos bioquímicos, moleculares e celulares de toxinas que tem potencial terapêutico.O projeto CeTICS possui uma plataforma de repositório e disponibilização de dados de transcriptômica e proteômica, a qual pode armazenar e disponibilizar resultados obtidos porsequenciamentos de transcriptomas e proteomas de organismos venenosos entre outros. A plataforma permitir acesso e análises de expressão gênica e de proteínas, além da disponibilização de ferramentas e acesso a colaboradores e comunidade científica geral, pretende-se desenvolver novas ferramentas para a análise e integração dos dados -ômicos e bancos de vias metabólicas e de sinalização que poderão ser acessadas por meio da interface web desenvolvida pelo grupo (http://cetics.butantan.gov.br/ceticsdb/).O bolsista estará envolvido no gerenciamento da plataforma, no desenvolvimento de novas ferramentas e abordagens para processamento, e análise dos dados provenientes de novas tecnologias produzindo grandes volumes de dados como Genômica, RNA-seq e Proteômica. Pretendemos incorporar abordagens de mineração de texto, buscando por agentes mitogênicos e vias mitigadoras de stresse celular que possam se relacionadas a mecanismos de reposta a divisão, dano ou reparo do DNA e resposta ao Câncer.