Analysis of single-cell proteomics data.

• Grant number: 23/16779-9
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: March 01, 2024
• End date: February 28, 2026
• Field of knowledge: Health Sciences - Medicine
• Principal Investigator: Adriana Franco Paes Leme
• Grantee: Fábio Malta de Sá Patroni
• Host Institution: Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais (CNPEM). Campinas , SP, Brazil
• Associated research grant: 22/11476-5 - Scientific EMU: Acquisition of a platform for single cell proteomics analysis, AP.INFRA7.CI

Abstract

A análise proteômica de células únicas tem como objetivo identificar e quantificar o proteoma de células individuais isoladas de uma amostra complexa. Para isso, a análise de dados deve ser capaz de superar os desafios decorrentes, por exemplo, de peptídeos com baixa abundância (por baixa representatividade na célula única), resultando em poucos íons fragmentos e dificultando assim a sua identificação. Diferentes ferramentas e algoritmos tem surgido para a análise de dados de SCP, incluindo informações adicionais como o uso do tempo de retenção, anteriormente disponível pela função "match between runs" do programa MaxQuant (Cox and Mann, 2008), e recentemente pelo DART-ID (Data-driven Alignment of Retention Times for IDentification) (Chen et al., 2019) do SCoPE2, o qual implementa frameworks de princípios Bayesianas para o alinhamento global do tempo de retenção e para incorporar essas estimativas de RT para aumentar a confiança em assinalar as sequências de peptídeos aos espectros rigorosamente estimando a taxa de falsos positivos. Assim, o objetivo deste plano de pesquisa é utilizar e/ou adaptar diferentes ferramentas e estratégias de análise de dados de SCP, permitindo caracterizar e compreender a variação biológica associada às múltiplas populações celulares constituintes de uma amostra.

Scientific publications

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TRINO ALBANO, LUCIANA D.; GRANATO, DANIELA C.; ALBANO, LUIZ G. S.; PATRONI, FABIO M. S.; SANTANA, ALINE G.; CAMARA, GUILHERME A.; DE CAMARGO, DAVI H. S.; MORES, ANA L.; BRANDAO, THAIS B.; PRADO-RIBEIRO, ANA C.; et al. Noninvasive and Sensitive Biosensor for the Detection of Oral Cancer Prognostic Biomarkers. SMALL, v. N/A, p. 15-pg., 2025-07-29. (18/12194-8, 18/18496-6, 18/15535-0, 23/16779-9, 17/25553-3, 16/24664-3, 22/14348-8)