Adaptation of the LAMP protocols implemented in DotDx for targets of agricultural interest

• Grant number: 25/07317-7
• Support Opportunities: Scholarships in Brazil - Technical Training Program - Technical Training
• Start date: August 01, 2025
• End date: January 31, 2027
• Field of knowledge: Biological Sciences - Genetics - Plant Genetics
• Principal Investigator: Gabriella Dias Arena
• Grantee: Camila Rodrigues Carvalho
• CNAE: Pesquisa e desenvolvimento experimental em ciências físicas e naturais
• Associated research grant: 24/10466-1 - DotDx: Molecular platform for point-of-care detection of phytopathogens, transgenes, and resistance genes in plants, AP.PIPE

Abstract

A tecnologia desenvolvida é adaptável para a detecção potencial de qualquer gene alvo encontrado em amostras foliares, bastando adaptar o protocolo de extração de DNA para a cultura de interesse e alterar os conjuntos de primers utilizados nas reações. Com base neste potencial tecnológico, a plataforma será a princípio adaptada para a detecção de outros alvos, entre eles o patógeno Ralstonia solanacearum em eucalipto, em função do interesse de empresas de papel e celulose na detecção da bactéria em viveiros de mudas. Para isso, o bolsista desenvolverá ensaios para LAMP para a detecção de genes alvos, e estes serão avaliados com relação à especificidade, sensibilidade e condições ideais de reações. As reações de LAMP serão inicialmente realizadas em microtubos com detecção de fuorescência via equipamento de qPCR e, uma vez padronizadas, serão validadas em chip com detecção por sensor no DotDx e comprovação de amplificação em gel de agarose. Objetiva-se obter uma tecnologia validada para detecção de R. solanacearum em campo, com uma taxa de erro abaixo de 0.1%.