Imputação, desequilíbrio de ligação, blocos de haplótipos e endogamia em bovinos Nelore

Resumo

Atualmente as informações de segmentos de homozigose (ROH) e de desequilíbrio de ligação (DL) têm contribuido para estudos de aplicação direta da informação genômica e para compreensão da estrutura da população, promovendo avanços na área de melhoramento genético animal. No entanto, devido a diferenças de histórico e estrutura populacional, revelou-se que mesmo em pequenas distâncias no genoma, os animais Bos taurus indicus apresentam menor DL comparado aos animais Bos taurus taurus e cruzados, sugerindo-se utilização de painéis de maiores densidades de SNPs para melhor desempenho ao utilizar abordagens genômicas para esta subespécie. A imputação é amplamente estudada para determinar marcadores não conhecidos com a finalidade de reduzir custos da aplicação de seleção genômica e pode ser utilizada com a finalidade de obter genótipo de animais não genotipados. Esta também é importante ferramenta para combinar dados genotipados com diferentes painéis, podendo fornecer maior densidade de SNPs com alto DL para animais Bos taurus indicus. O uso combinado de painéis de alta densidade pode melhorar a cobertura do genoma quando comparada ao uso de cada painel de genotipagem independentemente. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho são: estudar os segmentos de homozigose (ROH), realizar estudos de imputação utilizando painéis de alta densidade (Ilumina e Affymetrix) e painel customizado em uma população de bovinos da raça Nelore e estimar o desequilíbrio de ligação (DL) e conformação de blocos de haplótipos para estes painéis de alta densidade individualmente e após a imputação.