Nelson de Jesus Parada, diretor-presidente de 1993 a 1996.
Em 1993 Nelson de Jesus Parada assumiu como diretor-presidente (permaneceu no cargo até 1996), José Fernando Perez como novo diretor científico (no cargo até 2004) e Joaquim José de Camargo Engler como diretor administrativo (no cargo até 2017).
Nelson de Jesus Parada formou-se em Engenharia Eletrônica em 1963 no Instituto de Tecnologia da Aeronáutica (ITA), onde fez o mestrado e lecionou até 1965. Completou o doutorado em 1968 no Instituto de Tecnologia de Massachusetts (MIT), Estados Unidos.
De volta ao Brasil, Parada foi professor e pesquisador na USP, na Unicamp e na Universidade Federal da Bahia (UFBA) até 1976, quando assumiu a direção geral do Inpe. Em 1986 voltou para a Unicamp, foi diretor administrativo da Embraer, secretário de Ciência e Tecnologia e depois secretário de Tecnologia Industrial no Ministério da Indústria, Comércio, Ciência e Tecnologia. Em 1988 voltou para Unicamp. Parada foi um dos entrevistados no livro "Fapesp 40 anos, Abrindo fronteiras".
José Fernando Perez graduou-se em 1967 em Engenharia Eletrônica na Escola Politécnica e em Física no Instituto de Física, ambos da USP. Fez o doutoramento na Alemanha e na Suécia, concluindo-o em 1973. Voltou ao Brasil e ingressou como professor de Física da USP. Foi diretor-científico da FAPESP de 1993 a 2005. Perez foi entrevistado para o livro "Fapesp 40 anos, Abrindo fronteiras" e em janeiro de 2005 pela revista Pesquisa FAPESP.
Joaquim José de Camargo Engler é engenheiro agrônomo formado pela Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (Esalq) da Universidade de São Paulo (USP), na qual é professor titular do Departamento de Economia, Administração e Sociologia.
Engler foi diretor da ESALQ-USP, coordenador da Comissão de Especialistas de Ensino de Ciências Agrárias do Ministério da Educação, coordenador de Administração Geral da USP, coordenador e Prefeito do Campus da USP em Piracicaba, diretor do Centro de Energia Nuclear na Agricultura (Cena) e Chefe de Gabinete do reitor da USP.
Engler foi reconduzido sucessivamente ao cargo nos anos de 1996, 1999, 2002, 2005, 2008, 2011 e 2014 pelo governador do Estado de São Paulo.
José Fernando Perez, diretor científico de 1993 a 2005.
Joaquim José de Camargo Engler, diretor administrativo da FAPESP de 1993 a 2017.