Em 1999 foi instituído o Programa Biblioteca Eletrônica (ProBE), sob forma de consórcio da FAPESP com as cinco universidades públicas no Estado (USP, Unesp, Unicamp, Unifesp e UFSCar) e com o Centro Latino-Americano e do Caribe de Informações em Ciências Sociais (Bireme).
No mesmo ano, 12.000 pesquisadores e 115.000 estudantes de pós-graduação do Estado de São Paulo puderam acessar, via internet, por meio do ProBE, os conteúdos de 606 periódicos internacionais da Elsevier Science Inc., 170 da Academic Press e 58 da High Wire Press.
Em 2000, o número de pesquisadores passou para 19.000, como resultado da incorporação dos 14 institutos de pesquisa e da Fundação Sistema Estadual de Análise de Dados (Seade). O número de títulos de publicações também cresceu: 829 da Elsevier, 505 da Gate Group, 512 da Ebsco On-Line e 51 brasileiras e 20 chilenas da SciELO (Scientific Eletronic Library OnLine).
Em 2002, o ProBE foi incorporado ao Portal de Periódicos, implementado pela Capes, oferecendo acesso a mais de 2.000 títulos a instituições de ensino e pesquisa do país, mediante acesso regulamentado.