Capa da primeira edição de Pesquisa FAPESP, em outubro de 1999
Em 1999 a FAPESP fortaleceu o Programa de Divulgação Científica com o lançamento, em outubro, da revista Pesquisa FAPESP,
Nascida do boletim Notícias FAPESP, publicado desde agosto de 1995, a revista publica reportagens sobre a ciência feita em São Paulo e nos outros estados do Brasil.
A revista completou 20 anos em outubro de 2019 e integra as iniciativas de divulgação cientifica da FAPESP, que abrangem publicação de livros, assessoria de comunicação e a realização de eventos científicos e tecnológicos.
A procura por notícias da Agência FAPESP e da revista Pesquisa FAPESP cresceu durante a pandemia de Covid-19.
Em novembro de 2023, a revista recebeu o Prêmio Einstein +Admirados da Imprensa de Saúde, Ciência e Bem-Estar 2023 na categoria Veículo Especializado em Jornalismo Científico. A premiação é uma iniciativa do Hospital Israelita Albert Einstein com o apoio de Jornalistas&Cia.