Em janeiro de 2005 entrou em funcionamento o Sistema de Apoio à Gestão (SAGe) da FAPESP, que gradativamente informatizou os procedimentos de apresentação e análise de propostas.
Em junho, a FAPESP ganhou o Prêmio Luiz Beltrão de Ciências da Comunicação na categoria Instituição Paradigmática, devido à "política de comunicação pública recentemente instituída, com o objetivo de dar transparência aos programas da instituição e, ao mesmo tempo, disseminar o resultados dos estudos produzidos pelos pesquisadores apoiados".