Por reconhecer a importância do intercâmbio de pesquisadores em formação com grupos de pesquisa de outros países, a FAPESP lançou em outubro de 2011 uma nova modalidade de apoio à pesquisa: a Bolsa Estágio de Pesquisa no Exterior (BEPE).
O estágio no exterior deve ser parte integrante do projeto de pesquisa dos bolsistas de iniciação científica, mestrado, doutorado/doutorado direto e pós-doutorado da FAPESP. A duração máxima da bolsa é de quatro meses para Iniciação Científica, seis para Mestrado e 12 para doutorado ou pós-doutorado.