Em 1988, a Fundação recebeu 5.951 pedidos de auxílios e bolsas e aprovou 3.802, superando os 5.198 pedidos e 3.712 aprovados no ano anterior.
De acordo com o Relatório das Atividades de 1988, 731 dos 1.348 pedidos de auxílios foram aprovados; das bolsas, 1.983 das 3.045.
No primeiro semestre desse ano a FAPESP lançou o Programa de Aquisição de Livros, para o qual recebeu mais de 200 propostas, com predomínio das áreas de ciências da saúde, biológicas, exatas e da terra e engenharias.