O Relatório de Atividades destaca a aprovação do Programa de Inovação Tecnológica em Pequenas Empresas, com a implantação prevista para maio de 1997, e o início efetivo do Programa de Melhoria do Ensino Público e do Pró-Ciências – Programa de Apoio ao Aperfeiçoamento de Professores do Segundo Grau em Matemática e Ciências, implantado em São Paulo por meio de um convênio firmado entre a Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes), a FAPESP e a Secretaria de Educação do Estado de São Paulo.
Em 1996 foram solicitados 4.120 pedidos de auxílio a pesquisa e aprovadas 3.071 e 4.177 bolsas no país, das quais 2.773 foram concedidas. Em comparação com o ano anterior, as concessões de bolsas cresceram 49% e as de auxílios, 23,5%.
Em 1996 foram aprovados 101 projetos temáticos e 125 do Programa de Apoio aos Jovens Pesquisadores, lançado em julho de 1995.