Prosseguiu a estabilidade macroeconômica, com aumento das transferências tanto do Tesouro Estadual quanto do governo federal, por meio de convênios com o Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) e a Financiadora de Estudos e Projetos (Finep) visando o apoio ao programas federais no Estado de São Paulo.
O desembolso total com a pesquisa científica e tecnológica foi 22,2% acima do realizado no ano anterior, como detalhado no Relatório de Atividades 2005. Ilustrado com pinturas, gravuras e desenhos de Francisco Rebolo (1902-1980), foi o primeiro relatório de uma série em homenagem a artistas que nasceram ou viveram em São Paulo.
Proporcionalmente, o dispêndio nos Programas Especiais e de Pesquisa para Inovação Tecnológica foi o que registrou a maior variação, de 73,73%, como resultado da reativação do Programa Especial Equipamentos Multiusuários, atendendo a demandas da comunidade científica para recuperação da infraestrutura de pesquisa do Estado de São Paulo.
Dos novos projetos, 4.002 foram Bolsas (queda de 3,15% em relação a 2004), 2.999 foram Auxílios Regulares (queda de 3,57%) e 1.161 foram auxílios no âmbito dos Programas Especiais e Programas de Pesquisa para Inovação Tecnológica (11,31% a mais que no ano anterior).
A categoria pesquisa básica recebeu 66,65% dos recursos desembolsados no ano e representou 81,09% do número de projetos aprovados. A pesquisa com objetivo primordial de aplicação prática de seus resultados recebeu 33,36% dos recursos desembolsados no ano e representou 18,90% dos auxílios aprovados.