A FAPESP aprovou em 1962, seu primeiro ano de funcionamento, a possibilidade de apoio financeiro a projetos de pesquisa por meio de duas modalidades, as Iniciativas e os Programas Especiais.
As propostas das Iniciativas e dos Programas Especiais partiam da própria Fundação, geralmente com base em recomendações de pesquisadores, eram analisadas pela Diretoria Científica e depois submetidas ao CTA e ao Conselho Superior.
As Iniciativas tratavam de um tema específico, geralmente apresentado por pesquisadores. Os Programas Especiais promovem a pesquisa científica e a formação de recursos humanos no Estado de São Paulo.
A partir de 1962, a FAPESP financiou 24 Iniciativas de interesse científico, social ou econômico. Outra modalidade, os programas de projetos especiais e temáticos, substituiu as Iniciativas em 1994. Iniciados efetivamente em 1970, os Programas Especiais prosseguiram.