Em março de 1981 começaram os debates internos para a implantação de coordenações de áreas, propostas pelo Conselho Superior para flexibilizar e agilizar o atendimento às crescentes solicitações de bolsas e auxílios financeiros a pesquisas.
Por meio das 12 coordenadorias de áreas então criadas, mais pesquisadores começam a participar das decisões e avaliações dos pedidos de bolsas e auxílios. As 12 áreas e os respectivos coordenadores eram:
. Arquitetura e Urbanismo: Luiz Gastão de Castro Lima;
. Astronomia e Ciência Espacial: Paulo Benevides Soares;
. Ciências Agrárias: Ernesto Paterniani, Ricardo Pereira Lima Carvalho e Mário Mariano;
. Ciências Biológicas: Gerhard Malnic, Crodowaldo Pavan e Edmundo Juarez;
. Ciências da Saúde: Ricardo Renzo Brentani, Osvaldo Ramos e Eduardo Krieger;
. Ciências Econômicas e Administrativas: Sérgio Baptista Zacarelli;
. Ciências Humanas e Sociais: Oswaldo Porchat de Assis Pereira da Silva;
. Engenharia: Jurandyr Povinelli e Luiz de Queiroz Orsini;
. Física: Luiz Guimarães Ferreira e Henrique Fleming;
. Geociências: Adolpho José Melfi;
. Matemática: Chaim Samuel Hönig e Imre Simon;
. Química: Marco Antonio Cecchini.