O objetivo do programa Cooperação Interinstitucional de Apoio a Pesquisas sobre o Cérebro (CInAPCe) da FAPESP é promover o desenvolvimento de pesquisas em neurociências e formar uma rede de cooperação entre diversos grupos de pesquisa no Estado de São Paulo, de forma a constituir um instituto virtual dedicado ao estudo do sistema nervoso. Os projetos são desenvolvidos sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção é feita por meio de análise pelos pares. O programa CInAPCe foi encerrado em 2015.