A modalidade Genoma capacitou pesquisadores e criou a infra-estrutra necessária para o seqüenciamento e análise de material genético humano e de organismos de interesse científico e relevância para a saúde pública, nos seguintes projetos: Genoma Cana-de-Açúcar (SUCEST), Genoma Funcional, Genoma Funcional do Boi, Genoma Humano do Câncer, Genoma Schistosoma, Genoma Xanthomonas, Genoma Xyllela fastidiosa, Genomas Agronômicos e Ambientais (AEG). O desenvolvimento dos projetos esteve sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção foi feita por meio de análise pelos pares.