A modalidade Museus, Centros Depositários de Informações e Documentos e de Coleções Biológicas destina-se à recuperação e à modernização de parte das coleções e instalações de pesquisa das instituições paulistas. Os projetos são desenvolvidos sob a responsabilidade de um Pesquisador Principal, vinculado a instituições superiores de ensino e pesquisa no Estado de São Paulo. A seleção é feita por meio de análise pelos pares.