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A modalidade Auxílio à Pesquisa - Projeto Temático destina-se a apoiar propostas de pesquisa com objetivos suficientemente ousados, que justifiquem a duração de até cinco anos e as condições especialmente favorecidas de apoio e financiamento, incluindo a possibilidade de concessão de solicitações complementares vinculadas ao projeto. Em geral, em um Projeto Temático envolve-se uma equipe de vários pesquisadores, muitas vezes de diversos departamentos ou instituições, visando à obtenção de resultados científicos ou tecnológicos de elevado impacto para o avanço da fronteira do conhecimento.

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