O Acordo com o CNPq tem o objetivo de cofinanciar, no Estado de São Paulo, projetos de pesquisa, desenvolvimento e inovação que visem a ampliar o conhecimento, entendimento e uso da biodiversidade brasileira e melhorar a capacidade preditiva de respostas às mudanças de cobertura e uso da terra e mudanças climáticas -, associando as pesquisas à formação de recursos humanos, educação ambiental e divulgação do conhecimento científico -, bem como integrar competências para a consolidação do Sistema Nacional de Pesquisa em Biodiversidade - SISBIOTA.