O acordo com a Associação Brasileira de Pesquisa e Inovação Industrial - EMBRAPII tem o objetivo de estabelecer condições para selecionar e apoiar projetos de pesquisa científica e tecnológica em universidades ou institutos de pesquisa no Estado de São Paulo. A participação da FAPESP se dará no âmbito do Programa de Apoio à Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE).