As Fundações de Amparo à Pesquisa (FAPs) estaduais, reunidas no Conselho Nacional das Fundações Estaduais de Amparo à Pesquisa (CONFAP), compartilham de um Memorando de Entendimento para Cooperação em ações de Ciência, Tecnologia e Inovação. As FAPs vão fomentar projetos cooperativos de pesquisa a serem propostos nas respectivas Unidades da Federação, em qualquer área de conhecimento, e que estejam de acordo com a política científica das fundações. Estão previstos projetos conjuntos de pesquisa conduzidos por cientistas de diferentes estados, além de atividades de intercâmbio científico. Nas parcerias decorrentes deste Memorando de Entendimento não há obrigatoriedade da atuação de todas as FAPs signatárias para a realização de projetos, respeitada assim a autonomia de cada FAP.
Dentre as ações colaborativas da FAPESP, o acordo com o Newton Fund visa implementar a cooperação científica e tecnológica entre pesquisadores britânicos e do Estado de São Paulo, mediante o financiamento de projetos conjuntos de pesquisa.