Aspectos genéticos da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne em animais da raça Nelore

• Processo: 17/10630-2
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de junho de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de maio de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Lucia Galvão de Albuquerque
• Beneficiário: Lucia Galvão de Albuquerque
• Instituição Sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Pesquisadores principais:( Atuais ): Josineudson Augusto Ii de Vasconcelos Silva ; Maria Eugênia Zerlotti Mercadante
• Pesquisadores principais:( Anteriores ): Roberto Carvalheiro
• Pesquisadores associados: Alexandre Berndt ; Ana Fabrícia Braga Magalhães ; Camila Urbano Braz ; Daiane Cristina Becker Scalez ; Daniel Guariz Pinheiro ; Diercles Francisco Cardoso ; Fernando Sebastián Baldi Rey ; Gerardo Alves Fernandes Júnior ; Guilherme Jordão de Magalhães Rosa ; Henrique Nunes de Oliveira ; Humberto Tonhati ; Jesus Aparecido Ferro ; Joslaine Noely dos Santos Goncalves Cyrillo ; Juliana de Oliveira Santos Marcatto ; Larissa Fernanda Simielli Fonseca ; Luis Artur Loyola Chardulo ; Rafael Espigolan ; Roberta Carrilho Canesin ; Roberto Carvalheiro ; Rosa Toyoko Shiraishi Frighetto
• Auxílio(s) vinculado(s): 23/02356-9 - 56th congress of the international society for applied ethology, AR.EXT; 18/20026-8 - EMU concedido no processo 2017/10630-2: servidor, AP.EMU
• Bolsa(s) vinculada(s): 23/17818-8 - Varredura do genoma completo para identificar assinaturas de seleção e genes candidatos associados à emissão de metano entérico e características de eficiência alimentar em bovinos Nelore usando dados de sequenciamento, BP.DR; 23/11176-4 - Mapeamento de candidatos a haplótipos letais e regiões genômicas associadas a ocorrência de aborto e mortalidade pré-desmame em bovinos da raça Nelore, BP.MS; 22/11852-7 - Modelo de equação estrutural como uma ferramenta para interpretar a interação genótipo-ambiente e estudos de associação genômica (GWAS) para características de crescimento e reprodução em novilhas da raça Nelore usando dados de sequência completa, BP.PD; + mais bolsas vinculadas 21/09942-5 - Estimativa da variância da diversidade gamética para características economicamente importantes de bovinos Nelore, BP.DR; 20/03975-6 - Incorporando variantes de sequência para melhorar a predição genômica de características reprodutivas em bovinos Nelore, BP.PD; 19/11738-7 - Correlações fenotípicas, genéticas e associação genômica ampla entre eficiência alimentar e emissão de metano entérico de bovinos Nelore, BP.DR; 20/02392-7 - Determinação das emissões de metano entérico de bovinos da raça Nelore, BP.TT; 20/02304-0 - Associação do comportamento ingestivo e emissão de metano entérico em bovinos da raça Nelore, BP.IC; 19/06361-1 - Interação genótipo-ambiente em bovinos Nelore para características de crescimento e escores visuais com utilização de dados de sequência, BP.DR; 19/15397-0 - Estudo de associação ampla e detecção de assinaturas de seleção no genoma de bovinos nelore usando dados de sequenciamento, BP.PD; 19/16732-7 - Aplicação da bioinformática na análise do genoma e transcriptoma de bovinos Nelore, integrando informações pública, BP.PD; 19/05165-4 - Avaliação dos fluxos das emissões de metano ruminal de animais da raça Nelore, BP.TT; 18/12504-7 - Fenotipagem de machos Nelore para emissão de metano entérico em teste de eficiência alimentar, BP.TT; 18/10109-3 - Identificação e análise de variantes genéticas obtidas a partir do sequenciamento do genoma de touros da raça Nelore, BP.PD; 18/04313-7 - Avaliação da endogamia e estudo de variantes funcionais usando sequenciamento completo do genoma de bovinos da raça Nelore, BP.PD - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Análise de sequência de DNA Transcriptoma Gado Nelore Qualidade da carne Carcaça Metano Eficiência alimentar
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Características de Carcaça | eficiência alimentar | Emissão de Metano entérico | qualidade de carne | sequenciamento do genoma | Seleção genômica

Resumo

De maneira geral, os rebanhos brasileiros precisam melhorar seus índices de eficiência e de qualidade do produto final que é a carne. Além disto, atualmente, existe uma preocupação mundial quanto ao aspecto da sustentabilidade da produção animal, o qual poderá ser melhorado por meio da seleção de animais que emitam menor quantidade de metano entérico para a atmosfera. Com a evolução das técnicas de sequenciamento completo do genoma e a diminuição do custo por animal, o sequenciamento tem sido proposto como alternativa aos chips de SNP, apresentando uma série de vantagens em relação aos mesmos. Assim, o presente projeto visa criar um banco de dados de emissão de metano entérico e utilizar um conjunto de informações de características de eficiência alimentar, qualidade de carne e carcaça bem como de reprodução, para realizar estudos genômicos com base em sequência completa do DNA, visando desenvolver tecnologias que permitam o melhor conhecimento biológico e o melhoramento da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de bovinos da raça Nelore. A princípio, serão desenvolvidos os seguintes tópicos no projeto: a) estudo genético-quantitativo de características relacionadas à emissão de metano entérico e suas associações genéticas com características de eficiência alimentar; b) estudo da acurácia de imputação para a sequência completa a partir de animais genotipados com chips comerciais com diferentes números de SNPs e utilizando diferentes métodos; c) estudo da caracterização do genoma do Nelore utilizando dados de sequenciamento; d) estudo de associação genômica ampla para características de importância econômica utilizando a sequência completa do genoma juntamente com o mapeamento fino de genes candidatos, visando à identificação das mutações causais e busca de mutações deletérias; e) estudo de seleção genômica realizada com base em dados de sequenciamento para características relacionadas com a qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne; f) análise de expressão gênica de características relacionadas com eficiência alimentar (transcriptoma). (AU)

Publicações científicas

(42)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

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MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; DE OLIVEIRA, HINAYAH ROJAS; BALDI, FERNANDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; FERRO, JESUS APARECIDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Identification of novel mRNA isoforms associated with meat tenderness using RNA sequencing data in beef cattle. MEAT SCIENCE, v. 173, MAR 2021. (18/20026-8, 11/21241-0, 18/11154-2, 09/16118-5, 17/10630-2)

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DOS SANTOS, THAIS CRISTINA FERREIRA; SILVA, EVANDRO NEVES; FREZARIM, GABRIELA BONFA; SALATTA, BRUNA MARIA; BALDI, FERNANDO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHAES; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS. Cis-eQTL analysis reveals genes involved in biological processes of the immune system in Nelore cattle. Gene, v. 937, p. 9-pg., 2024-12-04. (18/20026-8, 17/10630-2)

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MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; BECKER SCALEZ, DAIANE CRISTINA; VEGA, AROA SUAREZ; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Characterization of novel lncRNA muscle expression profiles associated with meat quality in beef cattle. EVOLUTIONARY APPLICATIONS, v. 15, n. 4, p. 13-pg., 2022-03-25. (18/11154-2, 18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2, 11/21241-0)

SERNA-GARCIA, MARTA; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; ROMERO, JOAQUIN JAVIER PANADERO; ASUNCION, JULIAN CARRETERO; SILVA, DANIELLY BERALDO DOS SANTOS; SALATTA, BRUNA MARIA; FREZARIM, GABRIELA BONFA; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; FERRO, JESUS APARECIDO; et al. Transcriptome Profiling of the Liver in Nellore Cattle Phenotypically Divergent for RFI in Two Genetic Groups. ANIMALS, v. 13, n. 3, p. 22-pg., 2023-02-01. (18/20026-8, 09/16118-5, 17/10630-2)

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ARIKAWA, LEONARDO MACHESTROPA; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; SCHMIDT, PATRICIA IANA; SALATTA, BRUNA MARIA; NASNER, SINDY LILIANA CAIVIO; SILVA NETO, JOAO BARBOSA DA; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; MAGALHAES, ANA FABRICIA BRAGA; SILVA, DELVAN ALVES; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Genetic Parameter Estimates for Carcass and Meat Quality Traits and Their Genetic Associations With Sexual Precocity Indicator Traits in Nellore Cattle. JOURNAL OF ANIMAL BREEDING AND GENETICS, v. N/A, p. 13-pg., 2025-02-05. (17/10630-2)

ARIKAWA, LEONARDO MACHESTROPA; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; SCHMIDT, PATRICIA IANA; FREZARIM, GABRIELA BONFA; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; MAGALHAES, ANA FABRICIA BRAGA; SILVA, DELVAN ALVES; CARVALHEIRO, ROBERTO; CHARDULO, LUIS ARTUR LOYOLA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Genome-wide scans identify biological and metabolic pathways regulating carcass and meat quality traits in beef cattle. MEAT SCIENCE, v. 209, p. 13-pg., 2023-12-05. (17/10630-2)

SOUZA, LUANA LELIS; DOMINGUEZ-CASTANO, PABLO; GIANVECCHIO, SARAH BERNARDES; SAKAMOTO, LEANDRO SANNOMIYA; RODRIGUES, GUSTAVO ROBERTO DIAS; SOARES, TAINARA LUANA DA SILVA; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; MARCATTO, JULIANA DE OLIVEIRA SANTOS; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; SILVA, JOSINEUDSON AUGUSTO I. I. VASCONCELOS; et al. Heritability estimates and genome-wide association study of methane emission traits in Nellore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 102, p. 10-pg., 2024-07-27. (17/10630-2, 18/20026-8, 23/11176-4, 17/50339-5, 18/17313-5, 19/11738-7)

MUNIZ, MALANE M.; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; CANOVAS, ANGELA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERRO, JESUS APARECIDO; CHARDULO, ARTUR LOYOLA; BALDI, FERNANDO; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Structural variants affecting mRNAs isoforms splice sites associated with marbling in Nellore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 98, p. 2-pg., 2020-11-01. (18/11154-2, 11/21241-0, 09/16118-5, 18/20026-8, 17/10630-2)

MOTA, LUCIO F. M.; ARIKAWA, LEONARDO M.; SANTOS, SAMUEL W. B.; FERNANDES, GERARDO A.; ALVES, ANDERSON A. C.; ROSA, GUILHERME J. M.; MERCADANTE, MARIA E. Z.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; CARVALHEIRO, ROBERTO; ALBUQUERQUE, LUCIA G.. Benchmarking machine learning and parametric methods for genomic prediction of feed efficiency-related traits in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 14, n. 1, p. 14-pg., 2024-03-17. (09/16118-5, 17/10630-2, 18/20026-8, 16/24228-9, 17/13411-0)

GIANVECCHIO, SARAH BERNARDES; SAKAMOTO, LEANDRO SANNOMIYA; SOUZA, LUANA LELIS; BENFICA, LORENA FERREIRA; MARCATTO, JULIANA DE OLIVEIRA SANTOS; DE PAULA, EDUARDO MAROSTEGAN; MALHEIROS, JESSICA MORAES; CANESIN, ROBERTA CARRILHO; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; et al. Is apparent digestibility associated with residual feed intake and enteric methane emission in Nellore cattle?. REVISTA BRASILEIRA DE ZOOTECNIA-BRAZILIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 53, p. 14-pg., 2024-01-01. (19/07626-9, 17/10630-2, 22/12669-1, 17/50339-5, 18/17313-5, 19/11738-7)

ALVES, JACKELINE SANTOS; DIAZ, IARA DEL PILAR SOLAR; DA CRUZ, VALDECY APARECIDA ROCHA; BASTOS, MARISA SILVA; DE OLIVEIRA, LOUISE SARMENTO MARTINS; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; DE CAMARGO, GREGORIO MIGUEL FERREIRA; COSTA, RAPHAEL BERMAL. The effect of mitochondrial DNA polymorphisms on cattle reproduction. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 48, n. 1, JAN 2021. (18/20026-8, 17/10630-2, 09/16118-5)

BENFICA, LORENA FERREIRA; SAKAMOTO, LEANDRO SANNOMIYA; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; VARGAS DE OLIVEIRA, MATHEUS HENRIQUE; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CAVALHEIRO, ROBERTO; BRANCO, RENATA HELENA; DOS SANTOS GONCALVES CYRILLO, JOSLAINE NOELY; ZERLOTTI MERCADANTE, MARIA EUGENIA. Genetic association among feeding behavior, feed efficiency, and growth traits in growing indicine cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 98, n. 11, NOV 2020. (17/10630-2, 18/04313-7, 17/50339-5, 18/17313-5)

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MAGALHAES MUNIZ, MARIA MALANE; SIMIELLI FONSECA, LARISSA FERNANDA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; FERRO, JESUS APARECIDO; LOYOLA CHARDULO, LUIZ ARTUR; BALDI, FERNANDO; CANOVAS, ANGELA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Small genetic variation affecting mRNA isoforms associated with marbling and meat color in beef cattle. FUNCTIONAL & INTEGRATIVE GENOMICS, v. N/A, p. 16-pg., 2022-03-19. (09/16118-5, 17/10630-2, 18/11154-2, 11/21241-0, 18/20026-8)

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FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; DE OLIVEIRA, HENRIQUE NUNES; CARVALHEIRO, ROBERTO; CARDOSO, DIERCLES FRANCISCO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; VENTURA, RICARDO VIEIRA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Whole-genome sequencing provides new insights into genetic mechanisms of tropical adaptation in Nellore (Bos primigenius indicus). SCIENTIFIC REPORTS, v. 10, n. 1, JUN 10 2020. (09/16118-5, 19/12434-1, 18/10109-3, 18/20026-8, 17/10630-2)

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BENFICA, LORENA F.; BRITO, LUIZ F.; DO BEM, RICARDO D.; DE OLIVEIRA, LETICIA F.; MULIM, HENRIQUE A.; BRAGA, LARISSA G.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; BONILHA, SARAH F. M.; MERCADANTE, MARIA EUGENIA Z.. Detection and characterization of copy number variation in three differentially-selected Nellore cattle populations. FRONTIERS IN GENETICS, v. 15, p. 14-pg., 2024-04-17. (17/50339-5, 17/10630-2)

SCHMIDT, PATRICIA IANA; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FREZARIM, GABRIELA BONFA; ARIKAWA, LEONARDO MACHESTROPA; DE ABREU SANTOS, DANIEL JORDAN; MAGALHES, ANA FABRICIA BRAGA; COLE, JOHN BRUCE; CARVALHEIRO, ROBERTO; et al. Identification of candidate lethal haplotypes and genomic association with post-natal mortality and reproductive traits in Nellore cattle. SCIENTIFIC REPORTS, v. 13, n. 1, p. 12-pg., 2023-06-27. (09/16118-5, 17/10630-2, 18/20026-8, 18/17812-1, 19/10123-9, 21/09942-5)

SOARES VALENTE, JULIA DE PAULA; DE-SOUSA, KAROLINI TENFFEN; DENIZ, MATHEUS; BONILHA, SARAH FIGUEIREDO MARTINS; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; DIAS, LAILA TALARICO. Heritability and genetic association of social organization traits with feeding behavior, feed efficiency and growth in Bos indicus. APPLIED ANIMAL BEHAVIOUR SCIENCE, v. 265, p. 6-pg., 2023-06-13. (17/50339-5, 17/10630-2)

SILVA, THALES DE LIMA; GONDRO, CEDRIC; FONSECA, PABLO AUGUSTO DE SOUZA; DA SILVA, DELVAN ALVES; VARGAS, GIOVANA; NEVES, HAROLDO HENRIQUE DE REZENDE; FILHO, IVAN CARVALHO; TEIXEIRA, CAIO DE SOUZA; DE ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO; CARVALHEIRO, ROBERTO. Feet and legs malformation in Nellore cattle: genetic analysis and prioritization of GWAS results. FRONTIERS IN GENETICS, v. 14, p. 10-pg., 2023-08-16. (18/20026-8, 17/10630-2)

VALENTE, JULIA DE PAULA SOARES; DENIZ, MATHEUS; DE SOUSA, KAROLINI TENFFEN; MERCADANTE, MARIA EUGENIA ZERLOTTI; DIAS, LAILA TALARICO; YILDIRIM, ARDA. socialh: An R package for determining the social hierarchy of animals using data from individual electronic bins. PLoS One, v. 17, n. 8, p. 15-pg., 2022-01-01. (17/50339-5, 17/10630-2)

SALATTA, BRUNA MARIA; MUNIZ, MARIA MALANE MAGALHAES; FONSECA, LARISSA FERNANDA SIMIELLI; MOTA, LUCIO FLAVIO MACEDO; TEIXEIRA, CAIO DE SOUZA; FREZARIM, GABRIELA BONFA; SERNA-GARCIA, MARTA; ARIKAWA, LEONARDO MACHESTROPA; SCHMIDT, PATRICIA IANA; NASNER, SINDY LILIANA CAIVIO; et al. Differentially expressed messenger RNA isoforms in beef cattle skeletal muscle with different fatty acid profiles. MEAT SCIENCE, v. 222, p. 14-pg., 2025-01-10. (09/16118-5, 17/10630-2, 11/21241-0)

RODRIGUES, GUSTAVO R. D.; BRITO, LUIZ F.; MOTA, LUCIO F. M.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; VALENTE, JULIA P. S.; BENFICA, LORENA F.; NETO, JOAO B. SILVA; BORGES, MARCELO S.; MONTEIRO, FABIO M.; EL FARO, LENIRA; et al. Genome-wide association studies and functional annotation of pre-weaning calf mortality and reproductive traits in Nellore cattle from experimental selection lines. BMC Genomics, v. 25, n. 1, p. 17-pg., 2024-12-18. (24/01909-7, 24/05697-4, 17/10630-2, 23/11176-4, 22/11852-7, 17/50339-5)

BEM, RICARDO D.; BENFICA, LORENA F.; SILVA, DELVAN A.; CARRARA, EULA R.; BRITO, LUIZ F.; MULIM, HENRIQUE A.; BORGES, MARCELO S.; CYRILLO, JOSLAINE N. S. G.; CANESIN, ROBERTA C.; BONILHA, SARAH F. M.; et al. Assessing different metrics of pedigree and genomic inbreeding and inbreeding effect on growth, fertility, and feed efficiency traits in a closed-herd Nellore cattle population. BMC Genomics, v. 25, n. 1, p. 14-pg., 2024-07-30. (17/50339-5, 17/10630-2)

BRAGA MAGALHAES, ANA FABRICIA; ZERLOTTI MERCADANTE, MARIA EUGENIA; DOS SANTOS SILVA, DANIELLY BERALDO; FERNANDES JUNIOR, GERARDO ALVES; HERRERA RIOS, ANA CRISTINA; MACEDO MOTA, LUCIO FLAVIO; ALBUQUERQUE, LUCIA GALVAO. Study of functional variants in homozygous islands in Nelore cattle. JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE, v. 97, p. 2-pg., 2019-12-01. (17/10630-2, 18/04313-7)