Desequilíbrio de ligação na raça brasileira Santa Inês,Ovis aries

• Processo: 18/13875-9
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Vigência: 01 de setembro de 2018 - 30 de abril de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Gerson Barreto Mourão
• Beneficiário: Gerson Barreto Mourão
• Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Desequilíbrio de ligação Genômica Ovelhas Melhoramento animal

Resumo

O sucesso da seleção genômica depende de diversos fatores como por exemplo o desequilíbrio de ligação (LD). O mapeamento do desequilíbrio de ligação permite avaliar qual será o poder das estimativas, uma vez que em análises genômicas, assumimos que exista desequilíbrio de ligação entre a mutação causal e o marcador presente no painel utilizado. Baseado nas estimativas do LD é possível sugerir a densidade do painel de marcadores a ser utilizado, sendo essa suficiente para captar todos os efeitos das mutações causais e não apresentando marcadores em excesso que possam causar ruídos às análises. Populações de ovinos mantem um nível relativamente alto de diversidade, ao contrário dos bovinos, o que justifica a importância do mapeamento de LD em muitas raças dentro de espécies. Além disso, as estimativas de LD entre raças diferentes podem ser informativas em relação ao nível geral de diversidade em uma espécie e do nível de seleção aplicado a eles. Logo, os objetivos deste estudo foram avaliar a extensão do desequilíbrio em ovinos da raça Santa Inês e inferir o número mínimo de marcadores genéticos necessários para predizer valores genéticos genômicos confiáveis, ou seja, com acurácias elevadas. No total, foram utilizados 395 animais e 38.168 marcadores do tipo SNP por animal. A média do LD entre pares de marcadores adjacente mensurados pelo r² e |D'| foi 0,166 e 0,617, respectivamente. Os valores de LD entre pares de marcadores adjacentes variaram de 0,135 até 0,194 e de 0,568 até 0,650 para o r² e |D'| para todos os cromossomos. A média do r² entre todos os pares de SNPs dentro de cada cromossomo foi 0,018. Pares de SNPs com distancias variando de 0,10 a 0,20 Mb apresentaram uma estimativa do r² igual a 0,1033. Os blocos de haplótipos identificados apresentaram de 2 a 21 marcadores. Adicionalmente, as médias das estimativas do coeficiente de endogamia e do tamanho efetivo da população foram iguais a 0,04 e 96, respectivamente. O LD estimado nesse estudo foi menor do que encontrado em outras espécies e a população foi caracterizada por blocos de haplótipos pequenos. Nossos resultados sugerem que o uso de painéis de SNP de alta densidade são recomendados para a implementação da seleção genômica em ovinos da raça Santa Inês. (AU)