Desequilíbrio de ligação e estrutura de população de seringueiras cultivadas e selvagens

• Processo: 18/13913-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Vigência: 01 de outubro de 2018 - 31 de março de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Anete Pereira de Souza
• Beneficiário: Anete Pereira de Souza
• Instituição Sede: Centro de Biologia Molecular e Engenharia Genética (CBMEG). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Assunto(s): Melhoramento genético Variação genética Seringueira Marcador molecular Predição genômica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: marcadores moleculares | melhoramento molecular | Predição genômica | seringueira | Variabilidade Genética | Melhoramento Genético

Resumo

Entre as espécies de seringueira, pertencentes ao gênero Hevea da família Euphorbiaceae, Hevea brasiliensis (Willd. Ex. Adr.de Juss.) Muell. Arg. é a principal fonte comercial de produção de borracha natural em todo o mundo. O conhecimento da estrutura populacional e do desequilíbrio de ligação (LD) dessa espécie é essencial para a organização e exploração eficientes dos recursos genéticos. Aqui, obtivemos polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) usando uma abordagem de genotipagem por seqüenciamento (GBS) e, em seguida, empregamos os SNPs para os seguintes objetivos: (i) identificar as posições de SNPs em um mapa genético de uma população de mapeamento segregante. , (ii) avaliar a estrutura populacional de uma coleção de germoplasma e (iii) detectar padrões de decaimento de LD entre cromossomos para futuros estudos de associação genética em seringueira. Um total de 626 genótipos, incluindo ambos os acessos de germoplasma (368) e indivíduos de uma população de mapeamento genético (254), foram genotipados. Um total de 77.660 e 21.283 SNPs foram detectados por GBS no germoplasma e mapeamento de populações, respectivamente. A população de mapeamento, previamente mapeada, foi construída com 1.062 marcadores, dos quais apenas 576 SNPs vieram do GBS, reduzindo o intervalo médio entre dois marcadores adjacentes para 4,4 cM. Os SNPs da genotipagem GBS foram utilizados para análise da estrutura genética e estimativa de LD nos acessos de germoplasma. Dois grupos, que em grande parte corresponderam às populações cultivadas e selvagens, foram detectados usando ESTRUTURA e via análise de coordenadas principais (PCoA). A análise de LD, também usando os SNPs mapeados, revelou que as associações não aleatórias variavam ao longo dos cromossomos, com regiões de alto LD intercaladas com regiões de baixo LD. Considerando o comprimento do mapa genético (4.693 cM) e a média de LD (0,49 para cultivadas e 0,02 para populações selvagens), um grande número de SNPs uniformemente espaçados seria necessário para realizar estudos de associação genômica ampla na seringueira, e os mais selvagens Nos genótipos utilizados, mais difícil é a saturação do mapeamento. (AU)