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A análise de uma região rica em genes do genoma de Passiflora edulis revela regiões micro sintênicas altamente conservadas em duas espécies relacionadas de Malpighiales

Processo: 18/21400-0
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de novembro de 2018 - 30 de abril de 2019
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
Pesquisador responsável:Maria Lúcia Carneiro Vieira
Beneficiário:Maria Lúcia Carneiro Vieira
Instituição-sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
Assunto(s):Sintenia  Passiflora 

Resumo

Passiflora edulis é a espécie mais amplamente cultivada entre os maracujás, principalmente para a produção de suco industrializado e consumo de fruta fresca. Embora tenha importância comercial, pouco se conhece sobre a estrutura do genoma de P. edulis. Para preencher esta lacuna, uma biblioteca genômica foi construída e mais de 100 insertos foram completamente sequenciados. As sequencias foram montadas a partir de leituras longas, e a anotação estrutural resultou na predição de 1.900 genes, provendo dados para futuras análises funcionais. A abundância de elementos repetitivos foi igualmente avaliada. Regiões micro sintênicas de P. edulis comuns a Populus trichocarpa e Manihot esculenta, duas espécies próximas de Malpighiales, com genomas totalmente sequenciados, foram examinadas. Em geral, a ordem dos genes é bem conservada, mas algumas interrupções na colinearidade são detectadas, tais como eventos de inversão e translocação. O nível de micro sintenia entre as sequencias de P. edulis e aquelas comparadas foi surprendente, dado o longo período de divergência que separa essas espécies do seu ancestral comum. Os segmentos ricos em genes de P. edulis são mais compactos, embora seu genoma seja maior. Este estudo fornece a primeiro conjunto acurado de genes de P. edulis, abrindo perspectivas para novos estudos evolutivos envolvendo os genomas de Malpighiales. (AU)