Dimensions US-BIOTA-Sao Paulo: características preditoras da diversificação adaptativa na Diagonal Seca Brasileira

• Processo: 18/03428-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Programa BIOTA - Temático
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2018
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2025
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética
• Acordo de Cooperação: NSF - Dimensions of Biodiversity e BIOTA
• Pesquisador responsável: Vera Nisaka Solferini
• Beneficiário: Vera Nisaka Solferini
• Pesquisador Responsável no exterior: Scott Vernon Edwards
• Instituição Parceira no exterior: Harvard University, Estados Unidos
• Instituição Sede: Instituto de Biologia (IB). Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Campinas , SP, Brasil
• Pesquisadores principais:( Atuais ): Evandro Marsola de Moraes ; Fábio Sarubbi Raposo do Amaral ; Fernando de Faria Franco ; Luciano Antonio Digiampietri
• Pesquisadores principais:( Anteriores ): Célio Fernando Baptista Haddad
• Pesquisadores associados: Célio Fernando Baptista Haddad ; Danilo Trabuco do Amaral ; Danon Clemes Cardoso ; Evandro Marsola de Moraes ; Fernando de Faria Franco ; Franciane Cedrola Vale ; Guarino Rinaldi Colli ; Isabel Aparecida da Silva Bonatelli ; Jair Francisco Mendes Júnior ; José Paulo Leite Guadanucci ; Luciano Antonio Digiampietri ; Luciano Nicolas Naka ; Maykon Passos Cristiano ; Thiago Gonçalves Souza
• Bolsa(s) vinculada(s): 24/20646-7 - Organização, preparo e manutenção da coleção biológica de Cactaceae do Laboratório de Diversidade Genética e Evolução, BP.TT; 24/00765-1 - Variáveis ambientais associadas à diversificação de linhagens genéticas de Ischnothele annulata (Araneae, Mygalomorphae), BP.IC; 24/01556-7 - Influencia das variáveis ambientais na diversificação das ecorregiões da Caatinga, BP.IC; + mais bolsas vinculadas 23/09628-4 - Organização, preparo e manutenção da coleção biológica de Cactaceae do Laboratório de Diversidade Genética e Evolução, BP.TT; 22/08482-3 - Filogeografia de mandacarus (Cereus Mill.: Cactaceae) associados a afloramentos calcários no leste do Brasil, BP.MS; 22/02373-8 - Identificação de fenótipos associados a adaptações de Ischnothele (Araneae, Ischnothelidae) na diagonal seca brasileira, BP.IC; 22/02669-4 - Filogeografia da espécie de aranhas endêmicas de Cerrado Dolichothele mottai Revollo, Silva & Bertani, 2017 (Araneae, Mygalomorphae, Theraphosidae)., BP.MS; 20/07556-8 - Bases genéticas da adaptação em tangarás e soldadinhos (Passeriformes: Pipridae) aos habitats Neotropicais, BP.PD; 20/08998-4 - Assinaturas genômicas de adaptação em Cereus (Cactaceae) na Diagonal Seca Brasileira, BP.DD; 20/03148-2 - Integrando dados genéticos, características fenotípicas e fatores abióticos para investigar adaptação de aranhas na Diagonal Seca Brasileira, BP.DD; 19/11233-2 - Filogenia, biogeografia e evolução de caracteres dos gêneros Melocactus link & Otto e Discocactus Pfeiff (Cactaceae), BP.DD; 19/17077-2 - Sinais genômicos de adaptação na Diagonal Seca Brasileira, BP.PD; 19/04350-2 - Dimensions US-BIOTA-São Paulo: características preditoras da diversificação adaptativa na Diagonal Seca Brasileira, BP.IC - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Biogeografia Filogenia Filogeografia Biodiversidade Bioma Evolução Adaptação Caatinga Cerrado
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: adaptação | Biogeografia evolutiva | Biomas neotropicais | diversidade funcional | Filogenômica | Filogeografia | Evolução

Resumo

A Diagonal Seca (DD) contém os biomas Caatinga e Cerrado, que abrangem cerca de 1/3 da área do Brasil, além do Chaco, ao norte da Argentina. Por supostamente possuir uma menor biodiversidade em relação a biomas mais bem estudados, como a Amazônia e a Floresta Atlântica, os processos evolutivos na DD têm recebido relativamente menos atenção, ainda que seus biomas, especialmente o Cerrado, provavelmente estejam entre os ambientes mais ameaçados do Brasil. O Projeto Dimensions Diagonal Seca usará uma abordagem baseada em caracteres em múltiplos níveis para entender as origens e processos adaptativos de plantas, animais e fungos na Diagonal Seca Brasileira. Usaremos metodologias de aprendizagem de máquina para identificar as características que facilitaram ou dificultaram a especiação das linhagens que colonizaram a DD. Também determinaremos de que modo os biomas da DD atuaram no estabelecimento das comunidades a partir dos conjuntos de espécies de habitats adjacentes (Amazônia, Floresta Atlântica, etc.) usando uma abordagem de filogenética de comunidades baseada em caracteres, que leva em conta associações ao acaso, competição e filtragem de habitat. Além disso, por meio de sequenciamento de nova geração conduziremos estudos filogeográficos comparativos de múltiplas linhagens, sequenciamento e re-sequenciamento de genomas totais e transcriptoma para identificar os agentes da adaptação e divergência fenotípica a nível de genoma, nos habitats mais importantes e menos conhecidos do Brasil. (AU)

Publicações científicas

(20)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CARVALHO, THIAGO R.; FOUQUET, ANTOINE; LYRA, MARIANA L.; GIARETTA, ARIOVALDO A.; COSTA-CAMPOS, C. EDUARDO; RODRIGUES, MIGUEL T.; HADDAD, CELIO F. B.; RON, SANTIAGO R.. Species diversity and systematics of the Leptodactylus melanonotus group (Anura, Leptodactylidae): review of diagnostic traits and a new species from the Eastern Guiana Shield. SYSTEMATICS AND BIODIVERSITY, v. 20, n. 1, p. 31-pg., 2022-07-22. (12/15763-7, 03/10335-8, 18/17118-8, 18/03428-5, 11/50146-6, 17/08489-0)

BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES; DO AMARAL, DANILO TRABUCO; RODRIGUES SILVA, GISLAINE ANGELICA; KHAN, GULZAR; MORAES, EVANDRO M.; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; EATON, DEREN A. R.; ALONSO, DIEGO PERES; MARTINS RIBOLLA, PAULO EDUARDO; TAYLOR, NIGEL; et al. The potential of genome-wide RAD sequences for resolving rapid radiations: a case study in Cactaceae. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 151, OCT 2020. (18/03428-5, 14/25227-0)

MITTAN, CINNAMON S.; ZAMUDIO, KELLY R.; THOME, M. TEREZA C.; CAMURUGI, FELIPE; COLLI, GUARINO R.; GARDA, ADRIAN A.; HADDAD, CELIO F. B.; PRADO, CYNTHIA P. A.. Temporal and spatial diversification along the Amazonia-Cerrado transition in Neotropical treefrogs of the Boana albopunctata species group. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 175, p. 12-pg., 2022-07-27. (18/03428-5, 05/00418-9)

ROMEIRO-BRITO, MONIQUE; TELHE, MILENA CARDOSO; AMARAL, DANILO TRABUCO; FRANCO, FERNANDO FARIA; MORAES, EVANDRO MARSOLA. A target Capture Probe Set Useful for Deep- and Shallow-Level Phylogenetic Studies in Cactaceae. GENES, v. 13, n. 4, p. 15-pg., 2022-04-01. (19/11233-2, 18/03428-5, 19/03211-9, 18/06937-8)

AMARAL, DANILO TRABUCO; BOMBONATO, JULIANA RODRIGUES; DA SILVA ANDRADE, SONIA CRISTINA; MORAES, EVANDRO MARSOLA; FRANCO, FERNANDO FARIA. The genome of a thorny species: comparative genomic analysis among South and North American Cactaceae. PLANTA, v. 254, n. 3, SEP 2021. (14/25227-0, 18/03428-5)

GHIROTTO, VICTOR MORAIS; INDICATTI, RAFAEL PREZZI; LEITE GUADANUCCI, JOSE PAULO. The genus Stenoterommata Holmberg, 1881 (Araneae, Pycnothelidae) in the Cerrado and Atlantic Forest from Southeastern and Central Brazil: description of four new species. ZOOSYSTEMA, v. 43, n. 17, p. 311-339, JUN 15 2021. (17/11985-9, 12/18287-1, 18/03428-5, 03/05487-3)

DO NASCIMENTO SANTIAGO, CAIO RAFAEL; BARBOSA ASSIS, RENATA DE ALMEIDA; MOREIRA, LEANDRO MARCIO; DIGIAMPIETRI, LUCIANO ANTONIO. Gene Tags Assessment by Comparative Genomics (GTACG ): A User-Friendly Framework for Bacterial Comparative Genomics. FRONTIERS IN GENETICS, v. 10, AUG 26 2019. (18/03428-5)

ROBERTO, IGOR JOVENTINO; LOEBMANN, DANIEL; LYRA, MARIANA L.; HADDAD, CELIOF B.; AVILA, ROBSON WALDEMAR. new species of Pristimantis Jimenez de la Espada, 1870 (Anura: Strabomantidae) from the ``Brejos de Altitude{''} in Northeast Brazi. Zootaxa, v. 5100, n. 4, p. 521-540, FEB 22 2022. (13/50741-7, 17/26162-8, 18/03428-5)

PAZ, ANDREA; BROWN, JASON L.; CORDEIRO, CARLOS L. O.; AGUIRRE-SANTORO, JULIAN; ASSIS, CLAYDSON; AMARO, RENATA CECILIA; RAPOSO DO AMARAL, FABIO; BOCHORNY, THUANE; BACCI, LUCAS F.; CADDAH, MAYARA K.; et al. Environmental correlates of taxonomic and phylogenetic diversity in the Atlantic Forest. Journal of Biogeography, v. 48, n. 6, MAR 2021. (11/50143-7, 13/50297-0, 03/10335-8, 11/50146-6, 18/03428-5, 11/50225-3, 17/26162-8, 11/23155-4)

AMARAL, DANILO T.; BONATELLI, ISABEL A. S.; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE; TELHE, MILENA C.; MORAES, EVANDRO M.; ZAPPI, DANIELA CRISTINA; TAYLOR, NIGEL PAUL; FRANCO, FERNANDO F.. Comparative transcriptome analysis reveals lineage- and environment-specific adaptations in cacti from the Brazilian Atlantic Forest. PLANTA, v. 260, n. 1, p. 16-pg., 2024-07-01. (18/06937-8, 19/11233-2, 22/09910-9, 20/15161-3, 18/03428-5)

ROMEIRO-BRITO, MONIQUE; TAYLOR, NIGEL P.; ZAPPI, DANIELA C.; TELHE, MILENA C.; FRANCO, FERNANDO F.; MORAES, EVANDRO M.. Unravelling phylogenetic relationships of the tribe Cereeae using target enrichment sequencing. ANNALS OF BOTANY, v. 132, n. 5, p. 18-pg., 2023-10-10. (20/15161-3, 18/06937-8, 19/11233-2, 19/03211-9, 18/03428-5)

THOM, GREGORY; SMITH, BRIAN TILSTON; GEHARA, MARCELO; MONTESANTI, JULIA; LIMA-RIBEIRO, MATHEUS S.; PIACENTINI, VITOR Q.; MIYAKI, CRISTINA Y.; DO AMARAL, FABIO RAPOSO. Climatic dynamics and topography control genetic variation in Atlantic Forest montane birds. Molecular Phylogenetics and Evolution, v. 148, JUL 2020. (11/50143-7, 13/50297-0, 11/23155-4, 17/25720-7, 18/17869-3, 18/03428-5)

THOM, GREGORY; GEHARA, MARCELO; SMITH, BRIAN TILSTON; MIYAKI, CRISTINA Y.; DO AMARAL, FABIO RAPOSO. Microevolutionary dynamics show tropical valleys are deeper for montane birds of the Atlantic Forest. NATURE COMMUNICATIONS, v. 12, n. 1, NOV 1 2021. (11/50143-7, 17/25720-7, 18/03428-5, 13/50297-0, 11/23155-4, 18/17869-3)

THOME, MARIA TEREZA C.; CARSTENS, BRYAN C.; RODRIGUES, MIGUEL TREFAUT; GALETTI JR, PEDRO MANOEL JR; ALEXANDRINO, JOAO; HADDAD, CELIO F. B.. A role of asynchrony of seasons in explaining genetic differentiation in a Neotropical toad. HEREDITY, v. 127, n. 4, JUL 2021. (11/51392-0, 13/50741-7, 11/50146-6, 12/50255-2, 18/03428-5, 03/10335-8, 12/06611-9)

AMARAL, DANILO T.; OLIVEIRA, JOAO VICTOR M.; MORAES, EVANDRO M.; ZAPPI, DANIELA C.; TAYLOR, NIGEL P.; FRANCO, FERNANDO F.. The potential distribution of Cereus (Cactaceae) species in scenarios of climate crises. JOURNAL OF ARID ENVIRONMENTS, v. 226, p. 10-pg., 2024-11-30. (18/03428-5, 22/09910-9, 20/15161-3)

SOUZA, LUCAS H. B.; PIERSON, TODD W.; TENORIO, RENATA O.; FERRO, JUAN M.; GATTO, KALEB P.; SILVA, BRUNO C.; DE ANDRADE, GILDA V.; SUAREZ, PABLO; HADDAD, CELIO F. B.; LOURENCO, LUCIANA B.. Multiple contact zones and karyotypic evolution in a neotropical frog species complex. SCIENTIFIC REPORTS, v. 14, n. 1, p. 21-pg., 2024-01-11. (18/03428-5, 21/10639-5, 17/15842-8, 16/06030-7)

CAMURUGI, FELIPE; GEHARA, MARCELO; FONSECA, EMANUEL M.; ZAMUDIO, KELLY R.; HADDAD, CELIO F. B.; COLLI, GUARINO R.; THOME, MARIA TEREZA C.; PRADO, CYNTHIA P. A.; NAPOLI, MARCELO F.; GARDA, ADRIAN A.. Isolation by environment and recurrent gene flow shaped the evolutionary history of a continentally distributed Neotropical treefrog. Journal of Biogeography, v. 48, n. 4, DEC 2020. (04/00709-0, 07/50587-7, 13/50741-7, 18/03428-5)

THOME, MARIA TEREZA C.; CARSTENS, BRYAN C.; RODRIGUES, MIGUEL T.; ALEXANDRINO, JOAO; HADDAD, CELIO F. B.. Genomic data from the Brazilian sibilator frog reveal contrasting pleistocene dynamics and regionalism in two South American dry biomes. Journal of Biogeography, v. 48, n. 5, FEB 2021. (13/09088-8, 12/50255-2, 11/50146-6, 11/51392-0, 18/03428-5, 13/50741-7)

AMARAL, DANILO TRABUCO; BONATELLI, ISABEL A. S.; ROMEIRO-BRITO, MONIQUE; MORAES, EVANDRO MARSOLA; FRANCO, FERNANDO FARIA. Spatial patterns of evolutionary diversity in Cactaceae show low ecological representation within protected areas. Biological Conservation, v. 273, p. 12-pg., 2022-08-11. (18/03428-5, 19/03211-9, 18/06937-8)

BRUSQUETTI, FRANCISCO; PUPIN, NADYA C.; HADDAD, CELIO F. B.. Model-Based Analyses Suggest Pleistocene Refugia over Ancient Divergence as Main Diversification Driver for a Neotropical Open-Habitat Treefrog. Evolutionary Biology, v. N/A, p. 15-pg., 2023-08-26. (18/03428-5, 21/10639-5)