Evidencia de Forte Influencia do Parentesco na Extensão do Desequilíbrio de Ligação em Feijões Cultivados

• Processo: 19/00313-5
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
• Vigência: 01 de março de 2019 - 31 de agosto de 2019
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Genética - Genética Vegetal
• Pesquisador responsável: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Beneficiário: Maria Lúcia Carneiro Vieira
• Instituição Sede: Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz (ESALQ). Universidade de São Paulo (USP). Piracicaba , SP, Brasil
• Assunto(s): Genética populacional Desequilíbrio de ligação Parentesco
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Desequilíbrio de Ligação | Estrutura genética de populações | Feijoeiros | Genotyping-by-sequencing | Painel de Genótipos | Parentesco | Genética de Populações

Resumo

Phaseolus vulgaris é uma importante leguminosa para o consumo humano. Recentemente, estudos de mapeamento associativo tem sido conduzidos para a espécie, visando a identificar locos envolvidos no controle de caracteres quantitativos. Assim, se torna imperativo conhecer se o desequilíbrio de ligação (LD) reflete uma verdadeira associação entre o marcador e o loci responsável. O objetivo deste estudo foi estimar e analisar o LD de um painel de diversidade de feijões comuns usando r2 e extensões da medida de r2 que corrigem desvios devidos à estrutura populacional (rS2), ao parentesco (rV2) e a ambos (rVS2). Um total de 10.362 SNPs foram identificados por genotipagem via sequenciamento (GBS) e polimorfismos foram encontrados largamente distribuídos ao longo dos 11 cromossomos. Em termos de r2, altos valores de LD (acima de 0,8) foram identificados entre os SNPs localizados em extremidades opostas dos cromossomos. Estimativas de rV2 foram menores do que aquelas de rS2. Resultados de rV2 e rVS2 foram similares, sugerindo que o parentesco pode incluir informação sobre a estrutura populacional. LD decaiu 0,1 a uma distância de 1 MB considerando rVS2. LD intercromossômico também foi evidenciado. Este estudo mostrou que as estimativas de LD decaem dramaticamente de acordo com a estrutura populacional e especialmente com o parentesco. Importante, as estimativas de LD aqui relatadas podem influenciar a nossa habilidade em conduzir estudos de mapeamento associativo em P. vulgaris. (AU)