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Análise de expressão gênica diferencial de RNA-seq de úbere bovino inoculado experimentalmente por Streptococcus agalactiae

Processo: 18/25644-1
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de março de 2019 - 31 de agosto de 2019
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Danísio Prado Munari
Beneficiário:Danísio Prado Munari
Instituição-sede: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil

Resumo

O objetivo deste estudo foi elucidar a expressão gênica diferencial por sequenciamento de RNA de úberes isolados e perfundidos, coletados a partir de 4 vacas cruzadas Holstein × Zebu e experimentalmente inoculados com Streptococcus agalactiae. Três ferramentas estatísticas diferentes (edgeR, baySeq e Cuffdiff 2) foram estudadas. Em resumo, 2 quartos de cada úbere foram experimentalmente inoculados com Strep. agalactiae e os outros 2 foram utilizados como controle. Amostras de tecido mamário foram coletadas por biópsia nos tempos 0 e 3 horas após a infecção. O RNA total foi extraído e sequenciado com a plataforma Illumina HiSeq 2000 (Illumina Inc., San Diego, CA). Os transcritos foram montados a partir das leituras alinhadas ao genoma de referência bovino UMD 3.1 e as análises estatísticas foram realizadas usando as ferramentas mencionadas anteriormente (edgeR, baySeq e Cuffdiff 2). Finalmente, os genes identificados foram submetidos à análise de enriquecimento funcional. Um total de 1.756, 1.161 e 3.389 genes com expressão gênica diferencial foram identificados quando usamos edgeR, baySeq e Cuffdiff 2, respectivamente. Um total de 122 genes identificados foram sobrepostos pelos 3 métodos; no entanto, apenas a via da ativação plaquetária foi significativamente enriquecida. A partir dos resultados, sugerimos que os genes FCER1G, GNAI2, ORAI1 e VASP compartilhados entre os 3 métodos nessa via sejam submetidos a posterior validação biológica. (AU)

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