Estudo de associação genômica ampla de baixo custo e predições genômicas para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu (Piaractus mesopotamicus)

• Processo: 18/08416-5
• Linha de fomento: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de maio de 2019 - 30 de abril de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Recursos Pesqueiros e Engenharia de Pesca - Aquicultura
• Convênio/Acordo: Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (CONICYT)
• Pesquisador responsável: Diogo Teruo Hashimoto
• Beneficiário: Diogo Teruo Hashimoto
• Pesq. responsável no exterior: Jose Manuel Yanez
• Instituição no exterior: Universidad de Chile, Chile
• Instituição-sede: Centro de Aquicultura (CAUNESP). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Jaboticabal. Jaboticabal , SP, Brasil
• Pesq. associados: Rafael Vilhena Reis Neto
• Auxílios(s) vinculado(s): 19/08972-8 - Avaliação da diversidade genética em Colossoma macropomum para programas de pré-melhoramento genético no Brasil e Peru, AP.R SPRINT
• Bolsa(s) vinculada(s): 21/02592-9 - Análise genômica de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistente contra Aeromonas hydrophila por denso painel de SNP usando ddRADseq, BP.TT; 20/04436-1 - Análise genômica de pacu (Piaractus mesopotamicus) resistente contra Aeromonas hydrophila por denso painel de SNP usando ddRADseq, BP.TT
• Assunto(s): Piscicultura Peixes Pacu Genética aplicada Resistência à doença Marcador molecular

Resumo

A espécie Piaractus mesopotamicus (pacu) ocorre nas bacias hidrográficas do rio Paraná-Paraguai e corresponde a um dos peixes de água doce mais produzidos na aquicultura da América do Sul. Por isso, representa um dos principais peixes candidatos para melhoramento genético, especialmente devido à sua aceitação no mercado (nacional e internacional). Aeromonas hydrophila é uma bactéria gram-negativa considerada nociva para a saúde humana e para peixes de ambientes de água doce. No Brasil, a aeromoniose provoca altas taxas de mortalidade em várias espécies de peixes, incluindo o pacu. Atualmente, a aplicação de antimicrobianos comerciais é o principal tratamento utilizado pelos produtores, como a oxitetraciclina e o florfenicol. No entanto, o uso destas substâncias em piscicultura pode contaminar o ambiente aquático, resultar em resíduos na carne, contribuir para o surgimento de patógenos resistentes, impactar outras espécies e/ou a cadeia alimentar como um todo e, consequentemente, a saúde dos consumidores. Portanto, a seleção de genótipos superiores para resistência a doenças é uma abordagem fundamental para maximizar a produção no contexto da sustentabilidade ambiental e segurança alimentar. Os objetivos deste projeto são: i) realizar um estudo de associação genômica ampla para resistência a Aeromonas hydrophila em pacu e ii) avaliar estratégias de predição genômica utilizando uma estratégia de baixo custo com base na combinação de genotipagem-por-sequenciamento (GBS), baixa densidade de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e imputação de genótipos. Cinquenta famílias do programa de melhoramento do Caunesp serão usadas como material biológico. Esta população do melhoramento foi estabelecida em 2017 (projeto FAPESP 2016/21011-9). As características avaliadas para resistência a doenças serão taxa de sobrevivência e tempo de morte. Em relação à análise genômica, pretendemos obter os genótipos parentais utilizando um painel de alta densidade (10K SNPs) por abordagens de GBS e, em seguida, realizar a imputação de genótipos na progênie usando um painel de baixa densidade (0,5K SNPs) e abordagens de imputação baseadas na genealogia, que fornecerão uma estratégia custo-efetiva para a aplicação de estudos de associação genômica ampla e incorporação de seleção genômica em pacu. O resultado esperado do projeto é auxiliar na seleção de genótipos superiores para aumentar a produtividade, o que contribuirá diretamente para a segurança alimentar da América do Sul, fornecendo peixe de qualidade economicamente acessível para a população, juntamente com o desenvolvimento sustentável da atividade. Além disso, os resultados deste projeto contribuirão na redução do uso descontrolado de antibióticos e na diminuição da ocorrência de surtos de A. hydrohila em empreendimentos de aquicultura, uma vez que é uma bactéria de especial preocupação para a saúde humana. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

MASTROCHIRICO-FILHO, VITO A.; BORGES, CAROLINA H. S.; FREITAS, MILENA V.; ARIEDE, RAQUEL B.; PILARSKI, FABIANA; UTSUNOMIA, RICARDO; CARVALHEIRO, ROBERTO; GUTIERREZ, ALEJANDRO P.; PENALOZA, CAROLINA; YANEZ, JOSE M.; HOUSTON, ROSS D.; HASHIMOTO, DIOGO T. Development of a SNP linkage map and genome-wide association study for resistance to Aeromonas hydrophila in pacu (Piaractus mesopotamicus). BMC Genomics, v. 21, n. 1 SEP 29 2020. Citações Web of Science: 0.

ARIEDE, RAQUEL B.; FREITAS, V, MILENA; AGUDELO, JOHN F. G.; BORGES, CAROLINA H. S.; LIRA, LIESCHEN V. G.; YOSHIDA, GRAZYELLA M.; PILARSKI, FABIANA; YANEZ, JOSE M.; HASHIMOTO, DIOGO T. Genetic (co)variation between resistance to Aeromonas hydrophila and growth in tambaqui (Colossoma macropomum). Aquaculture, v. 523, JUN 30 2020. Citações Web of Science: 1.