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Indo a fundo na regulação da cromatina de Trypanosoma cruzi: identificação de novas moléculas e questionando seu possível impacto no controle da transcrição

Processo: 18/15553-9
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
Vigência: 01 de julho de 2019 - 30 de junho de 2025
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Bioquímica de Microorganismos
Pesquisador responsável:Julia Pinheiro Chagas da Cunha
Beneficiário:Julia Pinheiro Chagas da Cunha
Instituição Sede: Instituto Butantan. Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados: Fabíola Barbieri Holetz ; Maria Carolina Quartim Barbosa Elias Sabbaga ; Simone Guedes Calderano ; Stenio Perdigão Fragoso
Vinculado ao auxílio:11/22619-7 - Alterações nucleares e na cromatina ao longo do ciclo celular e senescência de células de mamíferos, AP.JP
Bolsa(s) vinculada(s):22/15610-8 - Identificação de sítios de início de transcrição e possíveis regiões promotoras em Trypanossoma cruzi, BP.DR
23/08391-0 - Descrevendo novos alvos na cromatina do Trypanosoma cruzi por imunoprecipitação de cromatina locus-específica, BP.PD
22/12897-4 - Evidenciando regiões centroméricas em Trypanosoma cruzi: uma abordagem in silico e experimental, BP.MS
+ mais bolsas vinculadas 19/16033-1 - Estudo nos sítios de início e final de transcrição da RNA polimerase II de Trypanosoma cruzi, BP.DR
21/11419-9 - Cromatina de Trypanosoma cruzi: um caráter ativo ou dormente na transcrição de genes repórteres?, BP.DD
21/03219-0 - Investigação de um potencial regulador de transcrição em Trypanosoma cruzi por avaliação de transcritos nascentes do genoma global, BP.PD
20/02708-4 - Explorando o papel das proteínas associadas à cromatina detectadas no Trypanosoma cruzi, BP.MS
19/19834-5 - Descrevendo novas moléculas na cromatina de Trypanosoma cruzi por imunoprecipitação de cromatina locus específica, BP.PD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Proteômica  Trypanosoma cruzi 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:Chromatin | Epigenetics | histone | Proteomics | Transcription | Trypanosoma cruzi | genética e proteômica

Resumo

No JP1, nosso grupo descreveu muitas proteínas associadas à cromatina além de mais de 40 MPTs em histonas, diferencialmente expressas nas formas replicativas versus não replicativas de Trypanosoma cruzi. Regiões clássicas de eu e heterocromatina estão presentes em seus núcleos e mudam dramaticamente durante a diferenciação de epimastigotas para metacíclicos (EàM). Tradicionalmente, essas regiões de cromatina (e algumas histonas MPTs) estão associadas à regulação da transcrição. No entanto, em tripanossomas, é geralmente aceito que mecanismos pós-transcricionais governam a expressão gênica, já que não foram encontradas regiões promotoras clássicas de RNA Pol II, e a transcrição é principalmente policistrônica. Assim, nosso principal objetivo é entender essa aparente controvérsia, investigando o papel da regulação da cromatina em um potencial controle de transcrição. Assim, usando parasitas durante EàM e em diferentes estágios do ciclo celular, pretendemos avaliar, i. a taxa de transcrição em escala genômica global; ii. se a localização genômica interfere na expressão de um gene repórter posicionado em loci genômicos distintos; iii. o conteúdo da cromatina loci-específicos. Esses objetivos serão alcançados usando metodologias de ponta, como o Global Run on sequencing (GRO-seq), a análise de imunoprecipitação de cromatina locus-específica (CLASP ou enCHIP), inserção locus-específica de genes repórter utilizando sistemas CRISPR / Cas9. Prevemos que o uso desse organismo ancestral, que possui muitas peculiaridades genômicas, será uma ferramenta importantíssima para entender regulação da cromatina/epigenética, possivelmente com a descoberta de novos e importantes mecanismos. (AU)

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Publicações científicas (11)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
LUND, PEDER J.; LOPES, MARIANA; SIDOLI, SIMONE; CORADIN, MARIEL; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; CHAGAS DA CUNHA, JULIA PINHEIRO; GARCIA, BENJAMIN A.. FGF-2 induces a failure of cell cycle progression in cells harboring amplified K-Ras, revealing new insights into oncogene-induced senescence. MOLECULAR OMICS, v. 17, n. 5, p. 725-739, . (16/24881-4, 15/04867-4, 13/07467-1, 17/15835-1, 18/15553-9, 11/22619-7, 17/18344-9)
LIMA, ALEX R. J.; DE ARAUJO, CHRISTIANE B.; BISPO, SALOE; PATANE, JOSE; SILBER, ARIEL M.; ELIAS, M. CAROLINA; DA CUNHA, JULIA P. C.. Nucleosome landscape reflects phenotypic differences in Trypanosoma cruzi life forms. PLOS PATHOGENS, v. 17, n. 1, . (18/15553-9, 19/19690-3, 18/14432-3, 16/50050-2, 13/07467-1)
JERONIMO LIMA, ALEX RANIERI; DE SOUSA SILVA, HERBERT GUIMARAES; POUBEL, SALOE; ROSON, JULIANA NUNES; OLIVEIRA DE LIMA, LOYZE PAOLA; COSTA-SILVA, HELLIDA MARINA; GONCALVES, CAMILA SILVA; GALANTE, PEDRO A. F.; HOLETZ, FABIOLA; MOTTA, MARIA CRISTINA MACHADO M.; et al. Open chromatin analysis in Trypanosoma cruzi life forms highlights critical differences in genomic compartments and developmental regulation at tDNA loci. EPIGENETICS & CHROMATIN, v. 15, n. 1, p. 16-pg., . (13/07467-1, 18/15553-9, 20/02708-4, 18/14432-3, 19/19834-5, 19/19690-3)
FLORENTINO, P. T. V.; VITORINO, F. N. L.; MENDES, D.; DA CUNHA, J. P. C.; MENCK, C. F. M.. Trypanosoma cruzi infection changes the chromatin proteome profile of infected human cells. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 272, p. 11-pg., . (13/07467-1, 19/19435-3, 17/18344-9, 13/08028-1, 18/15553-9)
AZEVEDO, HATYLAS; PESSOA, GUILHERME CAVALCANTE; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; NSENGIMANA, JEREMIE; NEWTON-BISHOP, JULIA; REIS, EDUARDO MORAES; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Gene co-expression and histone modification signatures are associated with melanoma progression, epithelial-to-mesenchymal transition, and metastasis. CLINICAL EPIGENETICS, v. 12, n. 1, p. 24-pg., . (17/18344-9, 18/15553-9, 18/20775-0, 14/13663-0, 18/04254-0)
LUND, PEDER J.; LOPES, MARIANA; SIDOLI, SIMONE; CORADIN, MARIEL; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; CHAGAS DA CUNHA, JULIA PINHEIRO; GARCIA, BENJAMIN A.. FGF-2 induces a failure of cell cycle progression in cells harboring amplified K-Ras, revealing new insights into oncogene-induced senescence. MOLECULAR OMICS, . (11/22619-7, 16/24881-4, 17/15835-1, 18/15553-9, 15/04867-4, 17/18344-9, 13/07467-1)
AZEVEDO, HATYLAS; PESSOA, GUILHERME CAVALCANTE; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; NSENGIMANA, JEREMIE; NEWTON-BISHOP, JULIA; REIS, EDUARDO MORAES; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS; JASIULIONIS, MIRIAM GALVONAS. Gene co-expression and histone modification signatures are associated with melanoma progression, epithelial-to-mesenchymal transition, and metastasis. CLINICAL EPIGENETICS, v. 12, n. 1, . (17/18344-9, 18/20775-0, 14/13663-0, 18/04254-0, 18/15553-9)
DE LIMA, LOYZE P.; POUBEL, SALOE BISPO; YUAN, ZUO-FEI; ROSON, JULIANA NUNES; DE LUNA VITORINO, FRANCISCA NATHALIA; HOLETZ, FABIOLA BARBIERI; GARCIA, BENJAMIN A.; CHAGAS DA CUNHA, JULIA PINHEIRO. Improvements on the quantitative analysis of Trypanosoma cruzi histone post translational modifications: Study of changes in epigenetic marks through the parasite's metacyclogenesis and life cycle. JOURNAL OF PROTEOMICS, v. 225, . (18/21785-0, 17/06104-3, 18/14432-3, 18/15553-9, 13/07467-1, 17/18344-9)
ROSON, JULIANA NUNES; VITARELLI, MARCELA DE OLIVEIRA J.; COSTA-SILVA, HELLIDA MARINA; PEREIRA, KAMILLE SCHMITT; PIRES, DAVID DA SILVA; LOPES, LETICIA DE SOUSA; CORDEIRO, BARBARA; KRAUS, AMELIE; CRUZ, KARIN NAVARRO TOZZI; CALDERANO, SIMONE GUEDES; et al. 2B.V demarcates divergent strand-switch regions, some tDNA loci, and genome compartments in Trypanosoma cruzi and affects parasite differentiation and host cell invasio. PLOS PATHOGENS, v. 18, n. 2, . (18/15553-9, 16/50050-2, 17/06104-3, 19/04483-2, 19/16033-1, 13/07467-1, 19/19834-5)
MENEZES, ANA PAULA; MURILLO, ANA MILENA; DE CASTRO, CAMILA GACHET; BELLINI, NATALIA KARLA; TOSI, LUIZ RICARDO ORSINI; THIEMANN, OTAVIO HENRIQUE; ELIAS, MARIA CAROLINA; SILBER, ARIEL MARIANO; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS. Navigating the boundaries between metabolism and epigenetics in trypanosomes. Trends in Parasitology, v. 39, n. 8, p. 14-pg., . (21/12469-0, 18/14432-3, 18/15553-9, 21/03219-0, 19/21354-1, 20/00694-6)
FRAGOSO, MARIANA SAYURI ISHIKAWA; DE SIQUEIRA, CAROLINE MORAES; VITORINO, FRANCISCA NATHALIA LUNA; VIEIRA, ALEXANDRE ZANATTA; MARTINS-DUARTE, ERICA SANTOS; FAORO, HELISSON; DA CUNHA, JULIA PINHEIRO CHAGAS; AVILA, ANDREA RODRIGUES; NARDELLI, SHEILA CRISTINA. TgKDAC4: A Unique Deacetylase of Toxoplasma's Apicoplast. MICROORGANISMS, v. 11, n. 6, p. 16-pg., . (18/15553-9)

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