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Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos

Resumo

A origem de novas regiões gênicas é um fator preponderante na evolução de diversas espécies. As retrocópias (duplicatas gênicas geradas a partir de mRNAs) foram, por muito tempo, classificadas genericamente como não funcionais. Entretanto, atualmente acredita-se que esse tipo de duplicação gênica é uma força motriz preponderante na origem de novidades genéticas. Em humanos e camundongos já foram identificadas ~8000 e ~7200 retrocópias (RTC), respectivamente. Porém, muitas ainda permanecem pouco ou não estudadas, e menos de uma centena estão descritas como funcionais (retrogenes). Aqui, estamos propondo estudar sistematicamente o caráter funcional de todas as RTC de humanos e camundongos. Para isso, iremos utilizar métodos computacionais robustos, conservação genômica, dados de "omicas" e validação experimental. Tudo isso centrado em responder diversas questões sobre os aspectos funcionais das RTC. Desenvolveremos o projeto em quatro frentes de trabalho: i) iremos avaliar as retrocópias fixadas que podem estar criando novas regiões gênicas (codificadoras ou não) nos tecidos humanos e de camundongos. ii) iremos avaliar as retrocópias polimórficas que geram novas regiões gênica na população humana; iii) Em tumores, iremos avaliar a criação de anormalidades na expressão gênica envolvendo retrocópias; iv) Vamos construir e disponibilizar uma plataforma capaz de classificar cada retrocópia em (potencialmente) funcional (ou não). Acreditamos que esse projeto irá contribuir para elucidar o papel funcional dessas duplicatas gênicas, as quais ainda estão negligenciadas na literatura. De maneira mais ampla, esse JP-2 será o propulsor para o crescimento de linhas de pesquisa em bioinformática, genômica e câncer no meu grupo e grupos colaboradores. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
GUARDIA, GABRIELA D. A.; CORREA, BRUNA R.; ARAUJO, PATRICIA ROSA; QIAO, MEI; BURNS, SUZANNE; PENALVA, LUIZ O. F.; GALANTE, PEDRO A. F. Proneural and mesenchymal glioma stem cells display major differences in splicing and lncRNA profiles. NPJ GENOMIC MEDICINE, v. 5, n. 1 JAN 16 2020. Citações Web of Science: 0.

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