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Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos

Processo: 18/15579-8
Modalidade de apoio:Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
Vigência: 01 de maio de 2019 - 30 de abril de 2025
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
Pesquisador responsável:Pedro Alexandre Favoretto Galante
Beneficiário:Pedro Alexandre Favoretto Galante
Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
Pesquisadores associados:Anamaria Aranha Camargo ; Fabiana Bettoni ; Luiz Penalva ; Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz ; Paula Fontes Asprino
Vinculado ao auxílio:12/24731-1 - Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas, AP.JP
Auxílios(s) vinculado(s):20/06091-1 - Análise de variantes genéticas determinantes para a infecção e evolução do quadro clínico em jovens adultos com COVID-19, AP.R
Bolsa(s) vinculada(s):24/00078-4 - Uma investigação abrangente da inter-relação entre retrocópias e câncer, BP.PD
22/12192-0 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores., BP.PD
21/07329-4 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores, BP.PD
+ mais bolsas vinculadas 21/04773-0 - Uma investigação sistemática da interrelação entre as retrocópias e o Câncer, BP.PD
20/08992-6 - Retrocópias intragênicas e seus host gene, uma inter-relação de expressão a ser desvendada em tumores, BP.IC
20/02413-4 - Retrocópias intragênicas como fonte de novos domínios proteicos em humanos, BP.DD - menos bolsas vinculadas
Assunto(s):Biologia computacional  Retroelementos  Genômica  Neoplasias  Expressão gênica 
Palavra(s)-Chave do Pesquisador:bioinformática | câncer | expressão gênica | Genômica | retrocópias | Retroelementos | Bioinformática e genômica

Resumo

A origem de novas regiões gênicas é um fator preponderante na evolução de diversas espécies. As retrocópias (duplicatas gênicas geradas a partir de mRNAs) foram, por muito tempo, classificadas genericamente como não funcionais. Entretanto, atualmente acredita-se que esse tipo de duplicação gênica é uma força motriz preponderante na origem de novidades genéticas. Em humanos e camundongos já foram identificadas ~8000 e ~7200 retrocópias (RTC), respectivamente. Porém, muitas ainda permanecem pouco ou não estudadas, e menos de uma centena estão descritas como funcionais (retrogenes). Aqui, estamos propondo estudar sistematicamente o caráter funcional de todas as RTC de humanos e camundongos. Para isso, iremos utilizar métodos computacionais robustos, conservação genômica, dados de "omicas" e validação experimental. Tudo isso centrado em responder diversas questões sobre os aspectos funcionais das RTC. Desenvolveremos o projeto em quatro frentes de trabalho: i) iremos avaliar as retrocópias fixadas que podem estar criando novas regiões gênicas (codificadoras ou não) nos tecidos humanos e de camundongos. ii) iremos avaliar as retrocópias polimórficas que geram novas regiões gênica na população humana; iii) Em tumores, iremos avaliar a criação de anormalidades na expressão gênica envolvendo retrocópias; iv) Vamos construir e disponibilizar uma plataforma capaz de classificar cada retrocópia em (potencialmente) funcional (ou não). Acreditamos que esse projeto irá contribuir para elucidar o papel funcional dessas duplicatas gênicas, as quais ainda estão negligenciadas na literatura. De maneira mais ampla, esse JP-2 será o propulsor para o crescimento de linhas de pesquisa em bioinformática, genômica e câncer no meu grupo e grupos colaboradores. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Revista Pesquisa FAPESP sobre o auxílio::
La era de la secuenciación completa de genomas 
A era do sequenciamento completo de genomas 
Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Matéria(s) publicada(s) em Outras Mídias (0 total):
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Publicações científicas (11)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
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KOSTI, ADAM; CHIOU, JENNIFER; GUARDIA, GABRIELA D. A.; LEI, XIUFEN; BALINDA, HENRIETTE; LANDRY, TESHA; LU, XIYUAN; QIAO, MEI; GILBERT, ANDREA; BRENNER, ANDREW; et al. ELF4 is a critical component of a miRNA-transcription factor network and is a bridge regulator of glioblastoma receptor signaling and lipid dynamics. NEURO-ONCOLOGY, v. N/A, p. 12-pg., . (17/19541-2, 18/15579-8)
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BARBALHO DE MELLO, LUIS EDUARDO; RIBEIRO CARNEIRO, THAISE NAYANE; ARAUJO, ALINE NEVES; ALVES, CAMILA XAVIER; FAVORETTO GALANTE, PEDRO ALEXANDRE; BUZATTO, VANESSA CANDIOTTI; DE ALMEIDA, MARIA DAS GRACAS; VERMEULEN-SERPA, KARINA MARQUES; DE LIMA VALE, SANCHA HELENA; DE PINTO PAIVA, FERNANDO JOSE; et al. Identification of NID1 as a novel candidate susceptibility gene for familial non-medullary thyroid carcinoma using whole-exome sequencing. ENDOCRINE CONNECTIONS, v. 11, n. 1, p. 16-pg., . (18/15579-8, 14/06570-6, 18/23497-1)
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