Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos

• Processo: 18/15579-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores - Fase 2
• Vigência: 01 de maio de 2019 - 30 de abril de 2024
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Bioquímica - Biologia Molecular
• Pesquisador responsável: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Beneficiário: Pedro Alexandre Favoretto Galante
• Instituição Sede: Hospital Sírio-Libanês. Sociedade Beneficente de Senhoras (SBSHSL). São Paulo , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Anamaria Aranha Camargo ; Fabiana Bettoni ; Luiz Penalva ; Maria Isabel Alves de Souza Waddington Achatz ; Paula Fontes Asprino
• Vinculado ao auxílio: 12/24731-1 - Retrocópias: origens, polimorfismos e variações somáticas, AP.JP
• Auxílios(s) vinculado(s): 20/06091-1 - Análise de variantes genéticas determinantes para a infecção e evolução do quadro clínico em jovens adultos com COVID-19, AP.R
• Bolsa(s) vinculada(s): 22/12192-0 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores., BP.PD; 21/07329-4 - Uma investigação sistemática da atividade de retrocópias de genes codificadores em primatas e roedores, BP.PD; 21/04773-0 - Uma investigação sistemática da interrelação entre as retrocópias e o Câncer, BP.PD; 20/08992-6 - Retrocópias intragênicas e seus host gene, uma inter-relação de expressão a ser desvendada em tumores, BP.IC; 20/02413-4 - Retrocópias intragênicas como fonte de novos domínios proteicos em humanos, BP.DD
• Assunto(s): Biologia computacional Retroelementos Genômica Neoplasias Expressão gênica
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: bioinformática | câncer | expressão gênica | Genômica | retrocópias | Retroelementos | Bioinformática e genômica

Resumo

A origem de novas regiões gênicas é um fator preponderante na evolução de diversas espécies. As retrocópias (duplicatas gênicas geradas a partir de mRNAs) foram, por muito tempo, classificadas genericamente como não funcionais. Entretanto, atualmente acredita-se que esse tipo de duplicação gênica é uma força motriz preponderante na origem de novidades genéticas. Em humanos e camundongos já foram identificadas ~8000 e ~7200 retrocópias (RTC), respectivamente. Porém, muitas ainda permanecem pouco ou não estudadas, e menos de uma centena estão descritas como funcionais (retrogenes). Aqui, estamos propondo estudar sistematicamente o caráter funcional de todas as RTC de humanos e camundongos. Para isso, iremos utilizar métodos computacionais robustos, conservação genômica, dados de "omicas" e validação experimental. Tudo isso centrado em responder diversas questões sobre os aspectos funcionais das RTC. Desenvolveremos o projeto em quatro frentes de trabalho: i) iremos avaliar as retrocópias fixadas que podem estar criando novas regiões gênicas (codificadoras ou não) nos tecidos humanos e de camundongos. ii) iremos avaliar as retrocópias polimórficas que geram novas regiões gênica na população humana; iii) Em tumores, iremos avaliar a criação de anormalidades na expressão gênica envolvendo retrocópias; iv) Vamos construir e disponibilizar uma plataforma capaz de classificar cada retrocópia em (potencialmente) funcional (ou não). Acreditamos que esse projeto irá contribuir para elucidar o papel funcional dessas duplicatas gênicas, as quais ainda estão negligenciadas na literatura. De maneira mais ampla, esse JP-2 será o propulsor para o crescimento de linhas de pesquisa em bioinformática, genômica e câncer no meu grupo e grupos colaboradores. (AU)

Publicações científicas

(11)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

GUARDIA, GABRIELA D. A.; CORREA, BRUNA R.; ARAUJO, PATRICIA ROSA; QIAO, MEI; BURNS, SUZANNE; PENALVA, LUIZ O. F.; GALANTE, PEDRO A. F.. Proneural and mesenchymal glioma stem cells display major differences in splicing and lncRNA profiles. NPJ GENOMIC MEDICINE, v. 5, n. 1, JAN 16 2020. (18/15579-8, 13/07159-5, 17/19541-2, 13/25483-4)

DE SOUZA, ANACLETO SILVA; DE FREITAS AMORIM, VITOR MARTINS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FILIPE F.; ULRICH, HENNING; GALANTE, PEDRO A. F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; GUZZO, CRISTIANE RODRIGUES. Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants of Concern: A Perspective for Emerging More Transmissible and Vaccine-Resistant Strains. Viruses-Basel, v. 14, n. 4, p. 21-pg., 2022-04-01. (18/07366-4, 20/06091-1, 19/00195-2, 16/09047-8, 20/14158-9, 20/04680-0, 17/18246-7, 17/19541-2, 18/15579-8)

MILLER, THIAGO L. A.; REGO, FERNANDA ORPINELLI; BUZZO, JOSE LEONEL L.; GALANTE, PEDRO A. F.. sideRETRO: a pipeline for identifying somatic and polymorphic insertions of processed pseudogenes or retrocopies. Bioinformatics, v. 37, n. 3, p. 419-421, FEB 1 2021. (15/25020-0, 12/24731-1, 18/15579-8)

BARONI, MIRELLA; GUARDIA, GABRIELA D. A.; LEI, XIUFEN; KOSTI, ADAM; QIAO, MEI; LANDRY, TESHA; MAU, KARL; GALANTE, PEDRO A. F.; PENALVA, LUIZ O. F.. The RNA-Binding Protein Musashi1 Regulates a Network of Cell Cycle Genes in Group 4 Medulloblastoma. CELLS, v. 11, n. 1, JAN 2022. (17/19541-2, 18/15579-8)

KOSTI, ADAM; CHIOU, JENNIFER; GUARDIA, GABRIELA D. A.; LEI, XIUFEN; BALINDA, HENRIETTE; LANDRY, TESHA; LU, XIYUAN; QIAO, MEI; GILBERT, ANDREA; BRENNER, ANDREW; et al. ELF4 is a critical component of a miRNA-transcription factor network and is a bridge regulator of glioblastoma receptor signaling and lipid dynamics. NEURO-ONCOLOGY, v. N/A, p. 12-pg., 2022-07-21. (17/19541-2, 18/15579-8)

DE SOUZA, ANACLETO SILVA; AMORIM, VITOR MARTINS DE FREITAS; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FELIPE R. C.; DOS SANTOS, FILIPE F.; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO; JUVENAL, GUILHERME DE ARAUJO; HUANG, YIHUA; GE, PINGJU; JIANG, YINAN; et al. Molecular Dynamics Analysis of Fast-Spreading Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants and Their Effects on the Interaction with Human Angiotensin-Converting Enzyme 2. ACS OMEGA, v. 7, n. 35, p. 10-pg., 2022-08-24. (20/06091-1, 17/18246-7, 17/19541-2, 20/04680-0, 19/00195-2, 16/09047-8, 18/15579-8, 18/07366-4, 20/14158-9)

BARREIRO, RODRIGO A. S.; GUARDIA, GABRIELA D. A.; MELISO, FABIANA M.; LEI, XIUFEN; LI, WEI-QING; SAVIO, ANDRE; FELLERMEYER, MARTIN; CONCEICAO, HELENA B.; MERCURI, RAFAEL L. V.; LANDRY, TESHA; et al. The paralogues MAGOH and MAGOHB are oncogenic factors in high-grade gliomas and safeguard the splicing of cell division and cell cycle genes. RNA BIOLOGY, v. 20, n. 1, p. 12-pg., 2023-12-31. (18/15579-8)

SEQUEIRA BARREIRO, RODRIGO ARAUJO; SABBAGA, JORGE; ROSSI, BENEDITO M.; ACHATZ, MARIA ISABEL W.; BETTONI, FABIANA; CAMARGO, ANAMARIA A.; ASPRINO, PAULA F.; GALANTE, PEDRO A. F.. Monoallelic deleterious MUTYH germline variants as a driver for tumorigenesis. JOURNAL OF PATHOLOGY, v. 256, n. 2, NOV 2021. (18/15579-8, 20/06091-1, 19/04927-8)

BARBALHO DE MELLO, LUIS EDUARDO; RIBEIRO CARNEIRO, THAISE NAYANE; ARAUJO, ALINE NEVES; ALVES, CAMILA XAVIER; FAVORETTO GALANTE, PEDRO ALEXANDRE; BUZATTO, VANESSA CANDIOTTI; DE ALMEIDA, MARIA DAS GRACAS; VERMEULEN-SERPA, KARINA MARQUES; DE LIMA VALE, SANCHA HELENA; DE PINTO PAIVA, FERNANDO JOSE; et al. Identification of NID1 as a novel candidate susceptibility gene for familial non-medullary thyroid carcinoma using whole-exome sequencing. ENDOCRINE CONNECTIONS, v. 11, n. 1, p. 16-pg., 2022-01-01. (18/15579-8, 14/06570-6, 18/23497-1)

NASLAVSKY, MICHEL S.; SCLIAR, MARILIA O.; YAMAMOTO, GUILHERME L.; WANG, JAQUELINE YU TING; ZVERINOVA, STEPANKA; KARP, TATIANA; NUNES, KELLY; MAGLIOCCO CERONI, JOSE RICARDO; DE CARVALHO, DIEGO LIMA; DA SILVA SIMOES, CARLOS EDUARDO; et al. Whole-genome sequencing of 1,171 elderly admixed individuals from Sao Paulo, Brazil. NATURE COMMUNICATIONS, v. 13, n. 1, p. 11-pg., 2022-03-04. (12/24731-1, 20/02413-4, 14/50649-6, 13/08028-1, 18/15579-8, 15/25020-0, 17/19223-0, 13/17084-2)

DOS SANTOS, FELIPE R. C.; GUARDIA, GABRIELA D. A.; DOS SANTOS, FILIPE F.; OHARA, DANIEL T.; GALANTE, PEDRO A. F.. Reboot: a straightforward approach to identify genes and splicing isoforms associated with cancer patient prognosis. NAR CANCER, v. 3, n. 2, p. 15-pg., 2021-06-01. (17/18246-7, 18/15579-8, 17/19541-2, 17/17974-9)