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Retroelementos: uma força motriz criando novidades genéticas no genoma humano e de camundongos

Resumo

A origem de novas regiões gênicas é um fator preponderante na evolução de diversas espécies. As retrocópias (duplicatas gênicas geradas a partir de mRNAs) foram, por muito tempo, classificadas genericamente como não funcionais. Entretanto, atualmente acredita-se que esse tipo de duplicação gênica é uma força motriz preponderante na origem de novidades genéticas. Em humanos e camundongos já foram identificadas ~8000 e ~7200 retrocópias (RTC), respectivamente. Porém, muitas ainda permanecem pouco ou não estudadas, e menos de uma centena estão descritas como funcionais (retrogenes). Aqui, estamos propondo estudar sistematicamente o caráter funcional de todas as RTC de humanos e camundongos. Para isso, iremos utilizar métodos computacionais robustos, conservação genômica, dados de "omicas" e validação experimental. Tudo isso centrado em responder diversas questões sobre os aspectos funcionais das RTC. Desenvolveremos o projeto em quatro frentes de trabalho: i) iremos avaliar as retrocópias fixadas que podem estar criando novas regiões gênicas (codificadoras ou não) nos tecidos humanos e de camundongos. ii) iremos avaliar as retrocópias polimórficas que geram novas regiões gênica na população humana; iii) Em tumores, iremos avaliar a criação de anormalidades na expressão gênica envolvendo retrocópias; iv) Vamos construir e disponibilizar uma plataforma capaz de classificar cada retrocópia em (potencialmente) funcional (ou não). Acreditamos que esse projeto irá contribuir para elucidar o papel funcional dessas duplicatas gênicas, as quais ainda estão negligenciadas na literatura. De maneira mais ampla, esse JP-2 será o propulsor para o crescimento de linhas de pesquisa em bioinformática, genômica e câncer no meu grupo e grupos colaboradores. (AU)

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Publicações científicas (4)
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
SEQUEIRA BARREIRO, RODRIGO ARAUJO; SABBAGA, JORGE; ROSSI, BENEDITO M.; ACHATZ, MARIA ISABEL W.; BETTONI, FABIANA; CAMARGO, ANAMARIA A.; ASPRINO, PAULA F.; GALANTE, PEDRO A. F.. Monoallelic deleterious MUTYH germline variants as a driver for tumorigenesis. JOURNAL OF PATHOLOGY, v. 256, n. 2, . (18/15579-8, 20/06091-1, 19/04927-8)
MILLER, THIAGO L. A.; REGO, FERNANDA ORPINELLI; BUZZO, JOSE LEONEL L.; GALANTE, PEDRO A. F.. sideRETRO: a pipeline for identifying somatic and polymorphic insertions of processed pseudogenes or retrocopies. Bioinformatics, v. 37, n. 3, p. 419-421, . (15/25020-0, 12/24731-1, 18/15579-8)
BARONI, MIRELLA; GUARDIA, GABRIELA D. A.; LEI, XIUFEN; KOSTI, ADAM; QIAO, MEI; LANDRY, TESHA; MAU, KARL; GALANTE, PEDRO A. F.; PENALVA, LUIZ O. F.. The RNA-Binding Protein Musashi1 Regulates a Network of Cell Cycle Genes in Group 4 Medulloblastoma. CELLS, v. 11, n. 1, . (17/19541-2, 18/15579-8)
GUARDIA, GABRIELA D. A.; CORREA, BRUNA R.; ARAUJO, PATRICIA ROSA; QIAO, MEI; BURNS, SUZANNE; PENALVA, LUIZ O. F.; GALANTE, PEDRO A. F.. Proneural and mesenchymal glioma stem cells display major differences in splicing and lncRNA profiles. NPJ GENOMIC MEDICINE, v. 5, n. 1, . (18/15579-8, 13/07159-5, 17/19541-2, 13/25483-4)

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