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Desenvolvimento de método de identificação e detecção rápida de genes de resistência a claritromicina para o grupo Mycobacterium abscessus por PCR em tempo real

Processo: 18/10725-6
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2019 - 30 de novembro de 2021
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Microbiologia
Pesquisador responsável:Erica Chimara Silva
Beneficiário:Erica Chimara Silva
Instituição-sede: Instituto Adolfo Lutz (IAL). Coordenadoria de Controle de Doenças (CCD). Secretaria da Saúde (São Paulo - Estado). São Paulo , SP, Brasil
Pesq. associados:Ana Marcia de Sá Guimarães ; Carlos Henrique Camargo ; Monique Ribeiro Tiba Casas
Assunto(s):Mycobacterium abscessus  Diagnóstico  Reação em cadeia da polimerase em tempo real  Resistência  Claritromicina  Sequenciamento 

Resumo

Mycobacterium abscessus é a espécie entre as micobactérias de crescimento rápido (MCR) que mais causa infecções pulmonares e extrapulmonares. Este micro-organismo possui a capacidade de persistir em ambientes hospitalares e está entre as espécies mais resistentes aos antimicrobianos. O fármaco claritromicina é a base da terapia combinada contra infecções por M. abscessus, no entanto, a resposta terapêutica está associada a mecanismos de resistência induzida e adquirida. Para que a resistência fenotípica a claritromicina seja determinada, o teste padronizado é o método de concentração inibitória mínima (CIM), com leitura em três dias. No entanto, uma vez que a leitura em três dias não detecta a resistência induzida e esse resultado pode levar a uma falsa sensibilidade a claritromicina, é necessária uma segunda leitura estendida para 14 dias. A leitura estendida aumenta o tempo de espera do diagnóstico pelo paciente que faz uso de terapia combinada. Em laboratórios clínicos, os testes devem ser rápidos e precisos, com o menor custo possível. No intuito de diminuir o tempo de realização desses testes e fornecer bases laboratoriais para o estabelecimento do tratamento correto, este trabalho tem como objetivo a elaboração de um método baseado em PCR em tempo real (multiplex) para identificação do grupo M. abscessus e detecção rápida dos genes de resistência erm(41) e rrl, a partir de isolados clínicos encaminhados ao Instituto Adolfo Lutz no período entre 2010 e 2012. Serão realizados os testes de suscetibilidade a claritromicina pelo CIM. Os isolados identificados como M. abscessus pelo método PRA-hsp65 serão submetidos ao sequenciamento do gene rpoB para identificação das três subespécies do grupo M. abscessus e dos genes erm(41) e rrl para identificação de mutações. O desenvolvimento da PCR em tempo real será feito com base nas análises das sequências dos genes erm(41) e rrl para o desenho de primers e probes e a validação será realizada pela comparação dos resultados entre PCR convencional e PCR em tempo real. (AU)