Análise epigenômica integrativa de gliomas: definindo regiões regulatórias associadas ao stemness e ao fenótipo hipermetilador de tumores com mutações nos genes IDH1/2

• Processo: 18/00583-0
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Jovens Pesquisadores
• Data de Início da vigência: 01 de setembro de 2019
• Data de Término da vigência: 31 de agosto de 2025
• Área do conhecimento: Ciências da Saúde - Medicina - Clínica Médica
• Pesquisador responsável: Tathiane Maistro Malta Pereira
• Beneficiário: Tathiane Maistro Malta Pereira
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Ana Valeria Castro ; Fabíola Attié de Castro ; Houtan Noushmehr ; Sergio Akira Uyemura
• Bolsa(s) vinculada(s): 25/02075-5 - Mapeamento da heterogeneidade tumoral utilizando dados epigenômicos de sequenciamento de células únicas (single cell sequencing), BP.TT; 22/16350-0 - Mapeamento da heterogeneidade tumoral utilizando dados epigenômicos de sequenciamento de células únicas (single cell sequencing), BP.TT; 22/11918-8 - Mapeamento de assinaturas epigenômicas de células tronco de gliomas, BP.IC; + mais bolsas vinculadas 21/08190-0 - Mapeamento de assinaturas epigenômicas associadas com mutação IDH, BP.IC; 21/00283-9 - Mapeamento de assinaturas epigenômicas de células-tronco tumorais em gliomas: correlacionando células-tronco de gliomas com dados clínicos e moleculares, BP.MS; 20/13533-0 - Mapeamento de assinaturas transcriptômicas de células-tronco tumorais em gliomas: correlacionando células-tronco de gliomas com dados clínicos e moleculares, BP.MS; 20/09046-7 - Mapeamento de assinaturas epigenômicas de células tronco de gliomas, BP.IC; 20/05492-2 - Identificação de regiões regulatórias associadas com mutação nos genes IDH1/2 em diferentes tipos tumorais, BP.MS; 19/14928-1 - Análise epigenômica integrativa de gliomas - definindo regiões regulatórias associadas ao "stemness" e ao fenótipo hipermetilador de tumores com mutações nos genes IDH1/2, BP.JP - menos bolsas vinculadas
• Assunto(s): Oncologia Biologia computacional Glioma Epigenômica Metilação de DNA Neoplasias
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: DNA methylation | epigenomic | glioma | Idh1 | Omic | stemness | Bioinformática e Oncologia

Resumo

Os Gliomas malignos adultos são tumores cerebrais heterogêneos caracterizados por recorrência e progressão com padrões variáveis. Embora alguns progressos tenham sido observados nos últimos anos, os Gliomas ainda apresentam uma classificação de doença sub-ótima que pode afetar o manejo do paciente e dificultar o tratamento correto. Mutação nos genes IDH, o fenótipo hipermetilador G-CIMP e a co-deleção dos braços cromossômicos 1p/19q são fatores moleculares associados a subtipos de Gliomas e que melhoram sua classificação. Notavelmente, evidências crescentes sugerem que a metilação aberrante do DNA desempenha um papel importante no desenvolvimento e/ou progressão dos Gliomas. Nos glioblastomas, acredita-se que o estado de diferenciação celular afeta as propriedades das células tumorais e que a existência de células-tronco tumorais está associada a progressão tumoral e resistência terapêutica. Pretendemos realizar uma análise epigenômica abrangente e integrada para definir as regiões genômicas regulatórias associadas ao "stemness" nos Gliomas e ao fenótipo hipermetilador ocasionados pela mutação nos genes IDH1/2 em Gliomas e em outros tipos tumorais. Nossos achados podem fornecer: 1) elucidação dos mecanismos de tumorigênese e progressão tumoral; 2) mecanismos potenciais relacionados à metilação do DNA e à desregulação do metabolismo em tumores com mutação em IDH1/2; e 3) potencial aplicação dos resultados, como a identificação de biomarcadores que preveem progressão e resistência a medicamentos, novos alvos para o desenvolvimento de fármacos, o refinamento da classificação tumoral molecular existente permitindo uma melhor estratificação para tratamento personalizado. Finalmente, esta proposta estabelecerá a área inovadora da epigenômica do câncer na FCFRP, que permitirá uma importante colaboração e contribuirá para expandir as ações de pesquisa no FCFRP. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

LARISSA MIYUKI OKANO; LÍVIA MARIA MACIEL DA FONSECA; ISABELA DIAS ERTHAL; TATHIANE MAISTRO MALTA. Epigenomic integrative analysis pinpoint master regulator transcription factors associated with tumorigenesis in squamous cell carcinoma of oral tongue. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY, v. 46, n. 2, 2023-06-19. (21/08190-0, 18/00583-0, 19/14928-1)

XAVIER, PEDRO L. P.; MARCAO, MAYCON; SIMOES, RENAN L. S.; JOB, MARIA EDUARDA G.; STREFEZZI, RICARDO DE FRANCISCO; FUKUMASU, HEIDGE; MALTA, TATHIANE M.. Machine learning determines stemness associated with simple and basal-like canine mammary carcinomas. HELIYON, v. 10, n. 5, p. 12-pg., 2024-02-28. (23/07358-0, 18/00583-0, 23/05099-7, 22/06305-7, 19/14928-1, 22/09378-5, 21/00283-9)

MALTA, TATHIANE M.; SABEDOT, THAIS S.; MOROSINI, NATALIA S.; DATTA, INDRANI; GAROFANO, LUCIANO; VALLENTGOED, WIES; VARN, FREDERICK S.; ALDAPE, KENNETH; D'ANGELO, FULVIO; BAKAS, SPYRIDON; et al. The Epigenetic Evolution of Glioma Is Determined by the IDH1 Mutation Status and Treatment Regimen. Cancer Research, v. 84, n. 5, p. 16-pg., 2024-03-04. (19/14928-1, 18/00583-0)