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Identificação de CpG SNPs como alvos potenciais para regulação epigenética via Metilação do DNA em bovinos

Processo: 19/19638-1
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Publicações científicas - Artigo
Vigência: 01 de novembro de 2019 - 30 de abril de 2020
Área do conhecimento:Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
Pesquisador responsável:Flavia Lombardi Lopes
Beneficiário:Flavia Lombardi Lopes
Instituição-sede: Faculdade de Medicina Veterinária (FMVA). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Araçatuba. Araçatuba , SP, Brasil
Assunto(s):Epigênese genética  SNP 

Resumo

Os padrões de metilação estabelecidos e mantidos nos sítios CpG podem ser alterados por polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e podem afetar a regulação de genes próximos. Nossos objetivos foram: 1) identificar e gerar um banco de dados de SNPs potencialmente sujeitos a controle epigenético por metilação do DNA através de seu envolvimento na criação, remoção ou deslocamento de sítios CpG (meSNPs), e; 2) investigar a associação destes meSNPs com ilhas CpG (CGIs), e com perfis de metilação do DNA extraído de tecidos de bovinos com eficiência alimentar divergente detectada por MIRA-Seq. Utilizando a anotação para 56.969.697 SNPs identificados no Run5 do Projeto 1000 Bull Genomes Project e o genoma bovino de referência UMD3.1.1, identificamos e classificamos 12.836.763 meSNPs de acordo com a natureza da variação criada nos CpGs. A maioria dos meSNPs estava localizada em regiões intergênicas (68%) ou introns (26,3%). Encontramos um enriquecimento (p <0,01) de meSNPs localizados em CGIs em relação ao genoma como um todo, e também em sequências diferencialmente metiladas em tecidos de animais divergentes para eficiência alimentar. Sete meSNPs, localizados em regiões diferencialmente metiladas, foram fixados alelos para a sítios de metilação criados (MSC) ou destruídos (MSD) nas seqüências genômicas diferencialmente metiladas, de animais diferindo em eficiência alimentar. Estes meSNPs podem ser mecanicamente responsáveis pela criação ou eliminação de alvos de metilação responsáveis pela expressão diferencial de genes relacionados a eficiência alimentar. Nosso banco de dados de SNPs passíveis de causar ateração de metilação (dbmeSNP) é útil para identificar potenciais polimorfismos epigenéticos funcionais associados à variação fenotípica em bovinos. (AU)