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Planejamento molecular e síntese de inibidores da principal protease do coronavírus SARS-CoV-2 Mpro

Resumo

O presente surto mundial do coronavírus com pandemia declarada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) começa a assolar em terras brasileiras. Essa pandemia instou-nos a iniciar um projeto emergencial na busca de novos inibidores de proteases da principal protease do coronavírus (SARS Cov-2 Mpro) como agentes antivirais de ação sobre o coronavírus. Vários inibidores de cisteíno proteases (CPs) em desenvolvimento em nosso grupo tem similaridade 60-70% na protease SARS 3C do coronavírus (CHEMBL3927), diretamente no coronavírus SARS (CHEMBL612575) e também em coronavírus de felino (CHEMBL612744). Principalmente, nossos inibidores são similares aos novos inibidores de SARS Cov-2 Mpro. Dessa forma, vamos, inicialmente, testar todo o banco de dados do NEQUIMED/IQSC/USP em ensaios fenotípicos que serão realizados no Instituto de Ciências Biomédicas, ICB/USP. Concomitantemente, vamos modificar as estruturas dos nossos inibidores de CPs para melhorar o percentual de similaridade aos melhores inibidores conhecidos e para os quais buscaremos evidências de ação sobre o coronavírus disseminado no Brasil. Além disso, vamos, imediatamente, empregar nossas ferramentas de inteligência artificial com aprendizado de máquinas para selecionar candidatos a testes dentre os fármacos atualmente na terapêutica, fármacos experimentais e investigacionais e aqueles candidatos a fármacos que estão em fases clínicas. (AU)

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Publicações científicas
(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)
BONATTO, VINICIUS; SHAMIM, ANWAR; ROCHO, FERNANDA DOS R.; LEITAO, ANDREI; LUQUE, F. JAVIER; LAMEIRA, JERONIMO; MONTANARI, CARLOS A.. Predicting the Relative Binding Affinity for Reversible Covalent Inhibitors by Free Energy Perturbation Calculations. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, v. 61, n. 9, p. 4733-4744, . (20/04653-2, 20/06543-0, 18/15904-6)
BONATTO, VINICIUS; LAMEIRO, RAFAEL F.; ROCHO, FERNANDA R.; LAMEIRA, JERONIMO; LEITAO, ANDREI; MONTANARI, CARLOS A.. Nitriles: an attractive approach to the development of covalent inhibitors. RSC MEDICINAL CHEMISTRY, v. 14, n. 2, p. 18-pg., . (21/01633-3, 20/04653-2, 18/15904-6)

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