Rastreio do genoma global com bibliotecas de CRISPRko para identificação de fatores essenciais na infecção e replicação SARS-COV2

• Processo: 20/04860-8
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de maio de 2020 - 30 de abril de 2023
• Área do conhecimento: Ciências Biológicas - Farmacologia - Farmacologia Bioquímica e Molecular
• Pesquisador responsável: Thiago Mattar Cunha
• Beneficiário: Thiago Mattar Cunha
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Eurico de Arruda Neto ; Fernando de Queiroz Cunha ; José Carlos Farias Alves Filho
• Vinculado ao auxílio: 13/08216-2 - CPDI - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias, AP.CEPID
• Bolsa(s) vinculada(s): 20/07130-0 - Rastreio do genoma global com bibliotecas de CRISPRko para identificação de fatores essenciais na infecção e replicação SARS-Cov2, BP.PD
• Assunto(s): Infecções por Coronavirus COVID-19 SARS-CoV-2 Transmissão de doença infecciosa Replicação viral Genomas Biblioteca genômica Sistemas CRISPR-Cas Proteína 9 associada à CRISPR Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas Células epiteliais Mecanismos das infecções Pandemias Controle de doenças transmissíveis
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Cas9 | Celulas Epiteliais | Covid-19 | Crispr | infecção viral | Sars-Cov2 | Mecanismos de infecção

Resumo

A presente década começa com uma emergência sanitária mundial, a pandemia do novo coronavírus, o causador da síndrome respiratória aguda grave 2 (COVID-19), também conhecido por SARS-Cov2. Até o momento, são mais de 900 mil casos positivos que resultaram em mais de 44 mil mortes em 180 países. Tendo em vista esses dados epidemiológicos, fazem-se necessárias estratégias para contenção da transmissão do vírus e principalmente alternativas eficazes no tratamento desta doença. Nesse contexto, com o projeto visamos avaliar a versatilidade da utilização de uma biblioteca CRISPRko na identificação de fatores críticos para infecção e replicação do SARS-Cov2. Essa biblioteca consiste no agrupamento de 77.441 guias direcionadas para aproximadamente 19 mil genes humanos. Essa ferramenta nos permitirá um rastreio global do genoma humano, por meio deleção gênica mediado por CRISPR/Cas9 em células epiteliais de pulmão humano. Após seleção contra genes essenciais para a viabilidade celular, submetemos as células a cinco rodadas de infecção letal com isolado humano (do Brasil) de uma cepa de SARS-Cov2. Finalmente, poderemos determinar genes e vias envolvidos na replicação e infecção viral, pelo sequenciamento das células sobreviventes e detecção das guias presentes naquela população. Com essa estratégia de alta cobertura, acreditamos que poderemos apontar novos alvos potenciais para o desenvolvimento de terapêuticas para essa doença. (AU)

Publicações científicas

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

SILVA, BRUNA M.; GOMES, GIOVANNI F.; VERAS, FLAVIO P.; CAMBIER, SEPPE; SILVA, GABRIEL V. L.; QUADROS, ANDREZA U.; CAETITE, DIEGO B.; NASCIMENTO, DANIELE C.; SILVA, CAMILLA M.; SILVA, JULIANA C.; et al. C5aR1 signaling triggers lung immunopathology in COVID-19 through neutrophil extracellular traps. Journal of Clinical Investigation, v. 133, n. 12, p. 18-pg., 2023-06-15. (13/08216-2, 20/04860-8, 18/10990-1)

PUHL, ANA C.; GOMES, GIOVANNI F.; DAMASCENO, SAMARA; FRITCH, ETHAN J.; LEVI, JAMES A.; JOHNSON, NICOLE J.; SCHOLLE, FRANK; PREMKUMAR, LAKSHMANANE; HURST, BRETT L.; LEE-MONTIEL, FELIPE; et al. Vandetanib Blocks the Cytokine Storm in SARS-CoV-2-Infected Mice. ACS OMEGA, v. 7, n. 36, p. 10-pg., 2022-09-13. (13/08216-2, 20/04860-8)