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Rastreio do genoma global com bibliotecas de CRISPRko para identificação de fatores essenciais na infecção e replicação SARS-COV2

Processo: 20/04860-8
Linha de fomento:Auxílio à Pesquisa - Regular
Vigência: 01 de maio de 2020 - 30 de abril de 2022
Área do conhecimento:Ciências Biológicas - Farmacologia - Farmacologia Bioquímica e Molecular
Pesquisador responsável:Thiago Mattar Cunha
Beneficiário:Thiago Mattar Cunha
Instituição-sede: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP). Universidade de São Paulo (USP). Ribeirão Preto , SP, Brasil
Pesq. associados:Eurico de Arruda Neto ; Fernando de Queiroz Cunha ; José Carlos Farias Alves Filho
Vinculado ao auxílio:13/08216-2 - CPDI - Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias, AP.CEPID
Bolsa(s) vinculada(s):20/07130-0 - Rastreio do genoma global com bibliotecas de CRISPRko para identificação de fatores essenciais na infecção e replicação SARS-Cov2, BP.PD
Assunto(s):COVID-19  Coronavirus da síndrome respiratória aguda grave 2  Infecções por Coronavirus  Transmissão de doença infecciosa  Replicação viral  Genomas  Biblioteca genômica  Sistemas CRISPR-Cas  Proteína 9 associada à CRISPR  Repetições palindrômicas curtas agrupadas e regularmente espaçadas  Células epiteliais  Mecanismos das infecções  Pandemias 

Resumo

A presente década começa com uma emergência sanitária mundial, a pandemia do novo coronavírus, o causador da síndrome respiratória aguda grave 2 (COVID-19), também conhecido por SARS-Cov2. Até o momento, são mais de 900 mil casos positivos que resultaram em mais de 44 mil mortes em 180 países. Tendo em vista esses dados epidemiológicos, fazem-se necessárias estratégias para contenção da transmissão do vírus e principalmente alternativas eficazes no tratamento desta doença. Nesse contexto, com o projeto visamos avaliar a versatilidade da utilização de uma biblioteca CRISPRko na identificação de fatores críticos para infecção e replicação do SARS-Cov2. Essa biblioteca consiste no agrupamento de 77.441 guias direcionadas para aproximadamente 19 mil genes humanos. Essa ferramenta nos permitirá um rastreio global do genoma humano, por meio deleção gênica mediado por CRISPR/Cas9 em células epiteliais de pulmão humano. Após seleção contra genes essenciais para a viabilidade celular, submetemos as células a cinco rodadas de infecção letal com isolado humano (do Brasil) de uma cepa de SARS-Cov2. Finalmente, poderemos determinar genes e vias envolvidos na replicação e infecção viral, pelo sequenciamento das células sobreviventes e detecção das guias presentes naquela população. Com essa estratégia de alta cobertura, acreditamos que poderemos apontar novos alvos potenciais para o desenvolvimento de terapêuticas para essa doença. (AU)

Matéria(s) publicada(s) na Agência FAPESP sobre o auxílio:
Pesquisadores vão rastrear genes ligados à replicação do novo coronavírus 
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