Estudos de relevo de superfícies de energia de macromoléculas biológicas

• Processo: 19/22540-3
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Data de Início da vigência: 01 de maio de 2020
• Data de Término da vigência: 30 de novembro de 2022
• Área do conhecimento: Ciências Exatas e da Terra - Física
• Pesquisador responsável: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Beneficiário: Vitor Barbanti Pereira Leite
• Instituição Sede: Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas (IBILCE). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de São José do Rio Preto. São José do Rio Preto , SP, Brasil
• Assunto(s): Física biológica Dobramento de proteína Simulação de dinâmica molecular Macromolécula RNA
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Dinâmica Molecular | Enovelamento de proteínas | modelos simplificados | Relevo de superfícies de energia | RNAs | Transições conformacionais | Física Biológica

Resumo

A abordagem do relevo de superfícies de energia (energy landscapes) tem contribuído significativamente para o entendimento de sistemas moleculares complexos, tais como o problema do enovelamento de proteína. Neste cenário, modelos minimalistas e simplificados têm desempenhado um papel fundamental. Este projeto será focado em macromoléculas biológicas, em que estudaremos o energy landscape de proteínas e RNAs utilizando modelos computacionais simplificados (coarse-grained models) e abordagens de física estatística. A ideia central está relacionada à visualização da superfície de energia explorando uma técnica desenvolvida pelo nosso grupo no IBILCE-UNESP. Este método, chamado Energy Landscape Visualization Method (ELViM), foi concebido para visualização do funil de enovelamento de proteínas, e apresenta grande potencial de detalhamento de mecanismos moleculares por ir além da representação unidimensional. Estenderemos esta metodologia para ser aplicada a sistemas mais complexos e desafiadores. Os tópicos a serem abordados são: (i) visualização das superfícies de energia de proteínas sem estrutura nativa definida, que são as proteínas intrinsecamente desordenadas (IDPs); (ii) RNAs, que apresentam múltiplas estruturas de referências; e (iii) visualização das superfícies de energia de proteínas envolvendo enovelamento hierárquico ou nós topológicos. Paralelamente a estes objetivos específicos, as metodologias desenvolvidas e utilizadas pelo grupo serão aplicadas em problemasfforense envolvendo colaborações externas ao IBILCE-UNESP, tais como o receptor de estrogênio, e estudos de drogas com aplicações no tratamento de malária e em problemas forenses. (AU)

Publicações científicas

(13)

(Referências obtidas automaticamente do Web of Science e do SciELO, por meio da informação sobre o financiamento pela FAPESP e o número do processo correspondente, incluída na publicação pelos autores)

CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; RAMOS, FELIPE CARDOSO; DE MELO, RICARDO RODRIGUES; DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; SCARPASSA, JOSIANE ANIELE; DE SOUSA, AMANDA SILVA; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SLADE, GABRIEL GOUVEA; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI; RULLER, ROBERTO. lectrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanase. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 120, n. 11, p. 2172-2180, JUN 1 2021. (17/09662-7, 17/14253-9, 16/19766-1, 19/22540-3, 18/11614-3, 16/13998-8, 14/06862-7)

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CONTESSOTO, VINICIUS DE GODOI; RAMOS, FELIPE CARDOSO; DE MELO, RICARDO RODRIGUES; DE OLIVEIRA, VINICIUS MARTINS; SCARPASSA, JOSIANE ANIELE; DE SOUSA, AMANDA SILVA; ZANPHORLIN, LETICIA MARIA; SLADE, GABRIEL GOUVEA; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI; RULLER, ROBERTO. Electrostatic interaction optimization improves catalytic rates and thermotolerance on xylanases. BIOPHYSICAL JOURNAL, v. 120, n. 11, p. 9-pg., 2021-06-01. (16/19766-1, 16/13998-8, 17/14253-9, 18/11614-3, 14/06862-7, 19/22540-3, 17/09662-7)

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DE OLIVEIRA, VINICIUS M.; DIAS, MARIELI M. G.; AVELINO, THAYNA M.; VIDEIRA, NATALIA B.; DA SILVA, FERNANDO B.; DORATIOTO, TABATA R.; WHITFORD, PAUL C.; LEITE, VITOR B. P.; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M.. pH and the Breast Cancer Recurrent Mutation D538G Affect the Process of Activation of Estrogen Receptor alpha. BIOCHEMISTRY, v. 61, n. 6, p. 9-pg., 2022-02-21. (18/11614-3, 19/10274-7, 14/50739-5, 16/02348-2, 19/22540-3, 16/19766-1, 19/14465-1)