Expressão gênica diferencial ampla e alterações epignéticas em bovinos da raça Nelore submetidos a diferentes protocolos de desmama e seus efeitos sobre a carcaça e qualidade de carne

• Processo: 19/12851-1
• Modalidade de apoio: Auxílio à Pesquisa - Regular
• Vigência: 01 de novembro de 2020 - 31 de julho de 2023
• Área do conhecimento: Ciências Agrárias - Zootecnia - Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos
• Pesquisador responsável: Guilherme Luis Pereira
• Beneficiário: Guilherme Luis Pereira
• Instituição Sede: Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia (FMVZ). Universidade Estadual Paulista (UNESP). Campus de Botucatu. Botucatu , SP, Brasil
• Pesquisadores associados: Henrique Nunes de Oliveira ; Luis Artur Loyola Chardulo ; Otávio Rodrigues Machado Neto ; Philipe Moriel ; Rogério Abdallah Curi ; Welder Angelo Baldassini
• Assunto(s): Bovinos Gado Nelore Desmame Metabolismo Análise de sequência de RNA Metilação de DNA Transcriptoma Sequenciamento de bissulfito representação reduzida (RRBS)
• Palavra(s)-Chave do Pesquisador: Desmame precoce | metabolismo | Metiloma | RNA-seq | Sequenciamento bissulfito | Transcriptoma | Análises genômicas aplicadas a produção animal

Resumo

A raça Nelore é de grande importância na pecuária de corte nacional. De origem indiana (raça zebuína), é extremamente adaptada às condições de clima tropical predominante no país. Contudo, no geral, animais desta raça têm baixos índices produtivos, como baixa eficiência alimentar e reprodutiva, e carne com menor qualidade, sobretudo se comparado à raças taurinas, de origem europeia. Tais características de difícil mensuração e de baixa herdabilidade têm sido melhoradas com o auxílio da biotecnologia, incluindo a utilização de dados genômicos na seleção, análises de genes diferencialmente expresso. Contudo, pouco se tem feito no sentido de entender mecanismos epigenéticos na regulação de expressão de genes dentro de raças zebuínas. Já, como técnicas de manejo, a desmama precoce, que consiste na desmama de bezerros entre 60 e 90 dias de idade, tem auxiliado na melhoria da eficiência reprodutiva de fêmeas, com a precocidade sexual em novilhas, redução de intervalo entre partos e aumento do número de bezerros nascidos por vaca. Além disso, em raças taurinas, este tipo de manejo tem grande impacto no metabolismo dos bezerros desmamados precocemente, principalmente por modificações de padrões epigenéticos, ocasionados pela mudança de ambiente, de ordem social e nutricional. Tais alterações ocorrem dentro de uma janela nutricional importante no período pós-parto levando ao imprinting metabólico que pode alterar o modo como o tecido muscular se desenvolve e como os lipídeos se depositam até a fase adulta. Tal manejo, abre a possibilidade de aporte nutricional de boa qualidade, rica em energia, o que pode levar a melhorias na carcaça e na qualidade da carne, além de, se bem conduzido, diminuir o ciclo para o abate, isso, principalmente quando comparados aos que permanecem a pasto sob regime de desmama convencional. Dada a quase completa falta de informação sobre alterações epigenéticas e da expressão de genes em bezerros submetidos à desmama precoce na raça Nelore, bem como a relação destas alterações com a qualidade da carne, este estudo tem por objetivo analisar de forma ampla as diferenças na expressão gênica e nos perfis de metilação do DNA nas fases de desmama e adulta, entre bovinos nelores submetidos à desmama precoce e à desmama convencional. Além disso, visa avaliar diferenças de carcaça e de aspectos físico-químicas da carne de animais submetidos aos diferentes protocolos de desmama, bem como a relação destas características com diferentes níveis de expressão gênica. Para isso, serão utilizados 12 animais desmamados de forma precoce e 12 animais desmamados de forma convencional, com coletas de tecido muscular por meio biópsia realizados em três diferentes pontos no tempo, a saber: no manejo de desmama precoce (90 dias idade), no manejo de desmama convencional (210 dias de idade) e imediatamente após o abate (540 dias de idade). Tais coletas serão realizadas em ambos os tratamentos e sempre nos mesmos animais. As diferenças na expressão gênica e padrões de metilação do DNA entre tratamentos serão analisados por meio do sequenciamento do RNA mensageiro utilizando a técnica de RNA-Seq e por meio do sequenciamento do DNA genômico utilizando a técnica RRBS (reduced regions bisulfite sequencing), respectivamente. Após, será avaliada a relação entre genes diferencialmente expressos e regiões diferencialmente metiladas adjacentes; diferenças de carcaça e aspectos físico-quimicos da carne entre os tratamentos; e a possível relação entre genes diferencialmente expressos e características da carcaça e da carne. (AU)